หมู่บ้านคริสตังสองพี่น้องเกิดจากครอบครัวญวณหลายครอบครัว  อพยพมาจากสามเสนมาทำมาหากินเป็นชาวประมงแ ละชาวนาตั้งแต่ปี 1850 คุณพ่อยิบาร์ตา เจ้าอาวาสวัดสามเสนเคยมาเยี่ยม สอนคำสอน ทำมิสซา และโปรดศีลศักดิ์สิทธิ์ให้เป็นระยะๆไป จนถึงปี 1869 คุณพ่อดอนต์ เจ้าอาวาสวัดสามเสนได้ส่งพ่อปลัดมาช่วยดูแลนานๆครั้งจนถึงปี 1893

 ปี  1893  คุณพ่อกิยู เจ้าอาวาสวัดนครชัยศรี  รับหน้าที่มาดูแลคริสตังที่สองพี่น้องด้วย นอกจากนี้ท่านยังได้ส่งพ่อปลัดของท่านคือ ค ุณพ่ออัมบรอซิโอ แก้ว มาเยี่ยมคริสตังที่สองพี่น้องบ่อยๆ จนถึงปี 1895 ท่านได้มอบคริสตังที่สองพี่น้องให้คุณพ่ออัมบรอซิโอปกครองดูแล และให้สร้างวัดขึ้นที่นี่ด้วย คุณพ่ออัมบรอซิโอได้สร้างวัดและบ้านพักพระสงฆ์เป็นไม้ ท่านต้องเดินทางไปมาระหว่างนครชัยศรี  สองพี่น้องและวัดดอน เป็นประจำ  คุณพ่อหลุยส์ เล็ตแชร์ ซึ่งเป็นปลัดของคุณพ่อกิยู ได้รับหน้าที่เป็นมิชชันนารีเคลื่อนที่ไปแพร่ธร รมตามแม่น้ำลำคลอง  ผ่านสองพี่น้องได้แวะเยี่ยมคุณพ่ออัมบรอซิโอที่ สองพี่น้องบ้าง  และแพร่ธรรมตั้งแต่สุพรรณบุรีถึงอู่ทอง

  สมัยคุณพ่อปิโอ เป็นเจ้าอาวาสวัดนครชัยศรี (1896-1899) ท่านได้ส่งพ่อปลัดของท่านคือ คุณพ่ออัมบรอซิโอ แก้ว และคุณพ่อฟรังซัว ทอ ผลัดกันมาดูแลที่วัดสองพี่น้อง ในปี 1899 คุณพ่อฟรังซัวได้รับแต่งตั้งให้เป็นเจ้าอาวาสวัดสองพี่น้อง  ในโอกาสวันฉลองแม่ พระแห่งภูเขาการ์แมล วันที่ 16 กรกฎาคม  1903      ท่านได้เชิญพระสังฆราชเวย์ มาเสกวัดซึ่งคุณพ่ออัมบรอซิโอได้สร้างไว้เมื่อประมาณปี 1895 และตั้งชื่อวัดว่า   วัดแม่พระแห่งภูเขาการ์แมล   คุณพ่อฟรังซัวปกครองดูแลวัดสองพี่น้องจนถึงปี 1906 เมื่อพ้นจากตำแหน่งเจ้าอาวาสแล้วท่านก็ยังคงพักประจำอยู่ที่วัดสองพี่น้องต่อไป

• คุณพ่อตาปี (1906-1926) ได้รับแต่งตั้งให้มาเป็นเจ้าอาวาสวัดสองพี่น้องจนถึงปี 1926 ท่านได้ซ่อมแซมวัดของคุณพ่ออัมบรอซิโอ และสร้างโรงสวด     ใหญ่ที่บ้านดอน       
• คุณพ่อบริสซอง (1955-1965) ในระหว่างปี 1955-1965 มาเป็นเจ้าอาวาส ได้จัดสร้างวัดใหม่อย่างถาวรและหอระฆัง โดยม ีคุณพ่อเลออง (รักษาการณ์ แทนเวลาที่เจ้าอาวาสไปพักผ่อนที่ฝรั่งเศส) ได้ช่วยดำเนินการและควบคุมการก่อสร้างด้วย
• คุณพ่อสมสุข แดงเดช(1983) เจ้าอาวาสในปี 1983 คุณพ่อได้เดินสายไฟในวัดเสียใหม่แทนของเก่า  นอกจากนี้ยังได้จัดสร้างแท็งค์น้ำสำหรับโรงเรียนเพื่อ ให้มีน้ำใช้อย่างเพียพอ
• คุณพ่อชวลิต กิจเจริญ มารักษาการณ์แทนเจ้าอาวาสในระหว่างปี 1983-1984 คุณพ่อได้ปรับปรุงการบริหารงานด้านโรงเรียนให้มีประสิทธิภาพดีขึ้น       ซ่อมแซมบ้านพักพระสงฆ์ และหอพักสำหรับเด็กประจำ จัดตั้งกลุ่ม ฌาปณกิจของวัดสองพี่น้อง จัดตั้งกลุ่มพลมารี และติดต่อให้มีการขยายถนนเข้ามาทางฝั่งตรงข้ามของวัดเพื่อให้การเดินมาวัดสองพี่น้องสะดวกยิ่งขึ้น
• คุณพ่อวิชัย บุญเผ่า (1984-1986) เมื่อคุณพ่อย้ายมาเป็นเจ้าอาวาสก็ได้สานงานเรื่องการทำถนนต่อจากคุณพ่อชวลิต    ปรับปรุงงานของโรงเรียนในด้านวิชาการ ทำประตูวัดใหม่แทนของเก่าที่ชำรุด   ทางด้านงานอภิบาล คุณพ่อได้จัดตั้งกลุ่มเด็กช่วยมิสซาเอาใจใส่เด็กนักเรียนให้มาวัดและเรียนคำสอน
• คุณพ่อชาญชัย ทิวไผ่งาม(1986) เป็นเจ้าอาวาส คุณพ่อได้ซ่อมแซมบ้านพักซิสเตอร์ ปรับปรุงเครื่องเสียงภายในวัดให้ดี ขึ้น จัดสร้างแท็งค์น้ำเพิ่มอีกหนึ่ง  แท็งค์ ถมดินบริเวณรอบวัดเพื่อป้องกันน้ำท่วมและขยายโรงอาหารเด็กอนุบาลให้ใหญ่ขึ้น
• คุณพ่อพ่อวิศิษฏ์ หริพงศ์ (1987)ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสคุณพ่อได้ปรับพื้นที่บริเวณรอบวัด เริ่มทำถนนด้านหลังหมู่บ้านคริสตัง สร้างสะพานข้ามคลอง ขุดใหม่ และติดต่อกับชาวบ้านขอทำถนนตั้งแต่บริเวณหลังหมู่บ้านคริสตังไปจนถึงวัดดงตา ล  ซึ่งจะมีถนนและสะพานข้ามไปยังฝั่งตลาดบางลี่ ซึ่งเป็นทางที่รถสามารถเข้าถึงตัววัดได้ นอกจากนี้คุณพ่อยังได้ทาสีบ้านพักพระสงฆ์  บ้านพักซิสเตอร์ หอพักเด็กประจำ และโรงเรียน ทำสวนและตกแต่งบริเวณรอบวัดให้สวยงามขุดบ่อบาดาลเพื่อให้วัดและโรงเรียนมีน้ำใช้  ปรับปรุงสุสาน ถมดิน และจัดระเบียบให้เรียบร้อย  จัดสร้างบ้านพักพระสงฆ์และบ้านพักซิสเตอร์สำหรับคริสตชนอู่ทอง
• คุณพ่อวรวุฒิ กิจสกุล (1994-1997) ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส ผู้รับใบอนุญาตและผู้จัดการ มีซิสเตอร์อนงค์ สุขสุถ้อย เป็นครูใหญ่ คุณพ่อได้สร้าง ความเจริญให้กับโรงเรียนในทุก ๆ ด้านเช่น ขออนุญาตสร้างอาคารเรียนใหม่ 2 หลัง เป็นตึก 5 ชั้น 1 หลัง และตึก 4 ชั้น 1 หลัง และหอประชุมขนาดใหญ่อีก 1 หลัง พร้อมกับจัดสร้างสนามกีฬาไว้อย่างเพียงพอ ทั้งสนามฟุตบอล สนามตะกร้อ สนามกรีฑา เป็นการจัดทำ Master Plan ของวัดและโรงเรียนทั้งหมด
• ณ วันนี้ โรงเรียนมีห้องเรียนจำนวน 58 ห้อง ห้องประกอบการอีก 31 ห้อง นักเรียนจำนวน 2,417 คน ครูและบุคลากรจำนวน 103 คน               พร้อมกับนำเทคโนโลยีที่ทันสมัยมาใช้ในด้านบริหาร ธุรการ และวิชาการอย่างเป็นจริงเป็นจัง เช่น ออกใบเสร็จในการเก็บค่าเล่าเรียนโดยใช้คอมพิวเตอร์ และจัดทำข้อสอบโดย ใช้เครื่องก๊อปปี้ ปริ๊นเตอร์ ( Copy Printer) ซึ่งสะดวกและรวดเร็ว จัดทำโต๊ะครูและนักเรียนใหม่ทั้งหมด จัดทำห้องประกอบการต่าง ๆ ให้เหมาะสม และทันสมัย  เพื่อให้สอดคล้องกับการเรียนการสอนในปัจจุบัน
• ส่วนทางด้านวัฒนธรรมคุณพ่อได้รณรงค์ให้บุคลากรในโรงเรียนเห็นคุณค่าของวัฒนธรรมไทย โดยการจัดแต่งกายแบบไทยในวั นศุกร์ ตลอดปี 1995       ได้ปรับพื้นที่ให้สูงขึ้นเพื่อให้พ้นจากสภาพน้ำท่วม และปลูกต้นไม้ยืนต้นจำนวนมาก เพื่อความร่มรื่นของสถานที่ทั้งหมด
• ในเดือนตุลาคม ค.ศ. 1995 ได้ยื่นหนังสือของบประมาณทำถนนราดยางทางเข้าโรงเรียน ต่อ ฯพณฯ บรรหาร ศิลปอาชา นายกรัฐมนตรี       ขณะนั้นได้รับอนุมัติและสร้างถนนราดยางเข้าโรงเรียนแล้วเสร็จในปี 1997
• คุณพ่อพงษ์เกษม สังวาลย์เพ็ชร (1998-ปัจจุบัน) ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส ผู้รับใบอนุญาต ผู้จัดการและมีซิสเตอร์พัชรา นันทจินดา เป็นครูใหญ่   คุณพ่อได้เริ่มสร้างบรรยากาศภายในบริเวณโรงเรียนให้ร่มรื่นโดยการปลูกต้นไม้ใหญ่ตามบริเวณต่าง ๆ เป็นการเพิ่มเติม  และยังคงดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส
• คุณพ่อวุฒิเลิศ แห่ล้อม ปฏิบัติการแทนเจ้าอาวาส
• คุณพ่อเดชา อาภรณ์รัตน์ ( 10 พฤษภาคม 2004 - 2007  ) ย้ายไปเป็นเจ้าอาวาสวัดพระเยซูเจ้าเสด็จขึ้นสวรรค์
• คุณพ่อปรีชา รุจิพงษ์ (2007 - 5 พฤษภาคม 2012 ) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส และย้ายไปเป็นผู้ช่วยเจ้าอาวาส วัดนักบุญฟรังซิสเซเวียร์ สามเสน
• คุณพ่อถนอมศักดิ์ เลื่อนประไพ ( 5 พฤษภาคม 2012 - ปัจจุบัน ) ย้ายจากเจ้าอาวาสวัดนักบุญ ยวงบัปติสตา เจ้าเจ็ด  มาดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส องค์ปัจจุบัน