ปี 1949 คุณพ่อบรัวซาต์ เจ้าอาวาสวัดบ้านปลายนา ได้มาซื้อที่ดินผืนใหญ่บริเวณตลาดบ้านแพนเพื่อต้องการจะย้ายวัดบ้านปลาย นาม
าอยู่ที่นี่เนื่องจากท่านเห็นว่าบริเวณนี้เป็นแหล่งชุมชน ทำมาหากินสะดวก เป็นประโยชน์ต่องานแพร่ธรรม ปี 1950 ท่านจึงรื้ออาคาร ต่างๆของวัดบ้านปลายนา ไม่ว่าจะเป็นวัด โรงเรียน บ้านพักพระสงฆ์ บ้านพักซิสเตอร์แล้วมาสร้างโรงเรียนที่บ้านแพนสร้างบ้านพักพระสงฆ์ สร้างอาคารใหญ่อีกหลังหนึ่ง ใช้เป็นบ้านพักพระสงฆ์และวัดชั่วคราว และได้เตรียมสร้างวัดถาวรแต่ยังไม่ทันลงมือสร้าง ท่านก็ต้องกลับไป ประเทศฝรั่งเศสในต้นเดือนกุมภาพันธ์ 1954
พระสังฆราชโชแรงได้แต่งตั้งคุณพ่อมิแชล ส้มจีน ปลัดของคุณพ่อบรัวซาต์ที่บ้านปลายนาให้ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดบ้านแพนและเจ้าเจ็ด แต่คุณพ่อมิแชลได้ส่งคุณพ่อเลโอนารด์ เดอเยซู ปลัดของท่านมาดูแลวัดบ้านแพนตั้งแต่ปี 1954 และให้จัดสร้างวัดแม่พระบังเกิดอย่างถาวร ส่วนตัวท่านเองมาดูแลในบางครั้ง คุณพ่อเลโอนารด์ได้เอาใจใส่และบริหารโรงเรียนราษฎร์บำรุงศิลป์ ซึ่งเป็นโรงเรียนที่คุณพ่อบรัวซาต์เป็นผู้สร้าง อย่างใกล้ชิด จนทำให้โรงเรียนเจริญก้าวหน้ามาก ปี 1954 นี้เอง ท่านได้ขออนุอนุญาตทางราชการขยายโรงเรียน โดยก่อสร้างอาคารเรียนเพิ่มขึ้นอีก 2 หลัง จึงมีอาคารเรียนรวมทั้งสิ้น 3 หลัง ต่อมาในปี 1955 จำนวนนักเรียนเพิ่มขึ้นเรื่อยๆ จึงได้ต่อเติมอาคารเรียนหลังเดิมออกไปอีก 5 ห้อง และเปิดสอนถึงชั้นมัธยมปีที่ 6 วันที่ 8 กันยายน1954 ท่านได้จัดฉลองแม่พระบังเกิด ที่บ้านแพนเป็นครั้งแรก มีพระสงฆ์มาร่วมในวันฉลองจำนวนมาก
โดยมีคุณพ่อโอลลิเอร์ อธิการของคณะ M.E.P. แขวงกรุงเทพฯ เป็นประธานในพิธีมิสซาซึ่งถวายกันกลางแจ้ง คุณพ่อเลโอนารด์ได้เริ่มลงมือก่อสร้างวัดใหม่ในวันที่ 2 มีนาคม 1955 ท่านเป็นผู้คุมการก่อสร้างเองทั้งหมด สร้างเสร็จและทำพิธีเสกในวันที่ 19 สิงหาคม 1956 โดยพระสังฆราชโชแรงเป็นประธาน มีพระสงฆ์และสัตบุรุษจากวัดต่างๆมาร่วมในพิธีจำนวนมาก ในวันที่ 16 มีนาคม 1958 วัดแม่พระบังเกิดก็ได้รับเกียรติจัดพิธีบวชสังฆานุกร ศวง ศุระศรางค์ เป็นพระสงฆ์ โดยมีพระสังฆราชโชแร
งเป็นผู้ประกอบพิธี ซึ่งนำความปลื้มปิติยินดีมาสู่คริสตังวัดแม่พระบังเกิดและในเขตจังหวัดอยุธยาเป็นอย่างยิ่ง และต่อมาในวันที่ 26 มีนาคม 1960 ก็ได้รับเกียรติอีกครั้งหนึ่งให้จัดพิธีบวชสังฆานุกร บุญเลิศ ธาราฉัตร ลูกวัดเจ้าเจ็ด เป็นพระสงฆ์โดยมีพระสังฆราชโชแรงเป็นผู้ประกอบพิธี ในโอกาสนี้มีพระสงฆ์จำนวนมาก และสัตบุรุษตามวัดต่างๆมาร่วมในพิธี
- ในสมัยคุณพ่อเสวียง ศุระศรางค์ เป็นเจ้าอาวาส ในปี 1970 พระอัครสังฆราชยวง นิตโย ได้อนุมัติให้จัดสร้างอาคารเรียนใหม่ 3 ชั้น จำนวน 30 ห้อง เพื่อรองรับจำนวนนักเรียนที่เพิ่มมากขึ้นทุกปี ๆ อาคารหลังนี้มีชื่อว่าอาคารมาดารนิจจานุเคราะ
ห์ เปิดใช้ในเดือนกรกฎาคม 1971 คุณพ่อสมศักดิ์ ธิราศักดิ์ เป็นเจ้าอาวาสในปี 1973- 1979 ท่านได้รื้อบ้านพักพระสงฆ์หลังเก่า และโรงเรียนไม้ 2 หลังของคุณพ่อบรัวซาต์ แล้วจัดสร้างเป็นโรงเรียนไม้ 2 ชั้นหลังใหม่ นอกจากนี้ยังได้ซ่อมแซมวัดทำพื้นวัดใหม่
- คุณพ่อลออ สังขรัตน์
(1979-1981) มาเป็นเจ้าอาวาสท่านได้ทาสีวัดเสียใหม่ให้สวยงาม และย้ายสุสานบ้านปลายนามาฝังในที่ใหม่
- คุณพ่อทวีศักดิ์ กิจเจริญ (1981-1982) เป็นเจ้าอาวาเพียงปีเดียว
- คุณพ่อวิศิษฏ์ หริพงศ์ (1982-1987) ได้ทำรั้วรอบบริเวณวัดและโรงเรียน ปรับปรุงการบริหารงานโรงเรียนให้ดีขึ้น ในสมัยของคุณพ่อวิศิษฏ์นี้ สถิติของ นักเรียนมีจำนวน 1006 คน
- คุณพ่อประมวล พุฒตาลศรี (1987-1994)ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสในปี 1987 คุณพ่อให้ความสนใจในงานด้านอภิบาลเป็นพิเศษในสมัยของคุณพ่อ จำนวนนักเรียนเพิ่มขึ้นทุกปี ทำให้อาคารเรียนไม่เพียงต่อจำนวนนักเรียน อัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯ โดยพระคาร์ดินัลไมเกิล มีชัย กิจบุญชู จึงได้สร้างอาคารเรียนเพิ่ม อีก 1 หลังเป็นอาคารคอนกรีต 4 ชั้น คือ อาคารเซนต์ไมเกิ้ล และได้สร้างโรงอาหารใหม่พร้อมด้วย
- คุณพ่อศุภกิจ เลิศจิตรเลขา(1994-1995) เป็นเจ้าอาวาสเพียงปีเดียว
- คุณพ่อศุภศิลป์ สุขสุศิลป์(1995-1999) ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสในปี 1995 เป็นต้นมา
- เมื่อคุณพ่อมารับตำแหน่งเจ้าอาวาสในปีแรก บริเวณวัดและโรงเรียนพบปัญหาน้ำท่วม ทำให้เสียหายเป็นอย่างมาก ทั้งทรัพย์ส
ินและบริเวณวัด โรงเรียนไม่ว่าจะเป็นสนาม สวนหย่อม ต้นไม้ ดังนั้นคุณพ่อได้ทำการทาสีวัดใหม่และได้ทำค้นดินกั้นน้ำอย่างถาวร ทำให้ในปีต่อมาบริเวณวัดและโรงเรียนรอดพ้นจากอุทกภัยได้ ทั้ง ๆ ที่อ.เสนาและอำเภอใกล้เคียงได้รับความเสียหายอย่างหนัก
- นอกจากนี้คุณพ่อยังได้สร้างสนามบาสเก็ตบอล สนามวอลย์เลย์บอลและยังได้ปลูกต้นไม้ดอก ไม้ประดับ ทำให้บริเวณวัดและโรงเรียนร่มรื่นและสวยงามอีก ด้วย
- คุณพ่อศรีปราชญ์ ผิวเกลี้ยง (พฤษภาคม 1999-2004 ) เป็นเจ้าอาวาส
- คุณพ่อบัณฑิต ประจงกิจ ( 10 พฤษภาคม 2004 - 12 พฤษภาคม 2009 ) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส ปี 2009 คุณพ่อได้รับแต่งตั้งให้ทำหน้าที่เจ้าอาวาสวัดนักบุญเทเรซา หนองจอก
- คุณพ่อวิทยา แก้วแหวน
( 13 พฤษภาคม 2009 - ปัจจุบัน ) คุณพ่อทำหน้าที่ผู้ช่วยพระสังฆราชฝ่ายงานอภิบาลและธรรมทูต ปี 2009 ได้รับแต่งตั้งให้ทำหน้าที่คุณพ่อเจ้าอาวาสองค์ปัจจุบัน และวันที่ 1 พฤษภาคม 2013 ได้รับหน้าที่เพิ่มเติมให้เป็นเจ้าอาวาสวัดนักบุญคลารา เดิมบางนางบวช ด้วย
- คุณพ่อทัศมะ กิจประยูร ( 2012- 30 เมษายน 2013 )ผู้ช่วยเจ้าอาวาส และ วันที่ 1 พฤษภาคม 2013 ย้ายไปเป็นผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดนักบุญยอแซฟ ตรอกจันทน์
- คุณพ่อเทิดศักดิ์ กิจสวัสดิ์ ( 1 พฤษภาคม 2013 - ปัจจุบัน ) ย้ายไปเป็นผู้ช่วยเจ้าอาวาส วัดมารีย์สมภพ บ้านแพน
| 
