เมื่อปี 1911 คุณพ่อริชารด์ได้รับแต่งตั้งให้เป็นเจ้าอาวาสวัดดอนกระเบื้อง ท่านได้เดินทางมาเยี่ยมคริสตังที่วัดหนองหินบ่อยๆ และตั้งใจที่จะเปิดวัดที่นครปฐมเพื่อรวบรวมคริสตังที่กระจัดกระจายอยู่ในเมืองนี้ โดยหวังว่าจะหาผู้เตรียมตัวรับศีลล้างบาปได้ เป็นต้น       จากชาวสวนในหมู่บ้านใกล้เคียง

ปี1912 ท่านได้พยายามหาซื้อที่ดินในบริเวณเมืองนี้ แต่ไม่สามารถหาซื้อได้ ต่อมาปี 1932      ท่านสามารถซื้อที่ดินแปลงหนึ่ งใกล้  พระราชวังสนามจันทร์ได้ แต่ยังไม่สามารถสร้างอะไรได้เนื่องจากขาดปัจจัยหลายอย่าง ที่สุดในเดือนกันยายน-ตุลาคม 1936 ท่านก็สร้างวัดน้อยและบ้านพักพระสงฆ์บนที่ดินที่ท่านซื้อไว้ โดยอาศัยเงินบริจาคของคุณพ่อเออเยนเล็ตแชร์เจ้าอาวาสวัดนครชัยศรี วันที่ 25 ตุลาคม 1936     ซึ่งตรงกับวันฉลองพระคริสตกษัตริย์ท่านได้ทำมิสซาแรกที่วัดสร้างใหม่นี้

ต่อมาในวันที่ 24 พฤษภาคม 1937 พระสังฆราชแปร์รอส ประมุขมิสซังฯ ได้ประกอบพิธีเสกวัดอย่างสง่า         และท่านได้ถวาย นามชื่อวัดว่าวัดพระคริสตกษัตริย์ วัดนครปฐมเป็นสาขาหนึ่งของวัดหนองหิน    เมื่อคุณพ่อริชารด์กลับฝรั่งเศสแล้วพระสังฆราชแปร์รอสได้มอบหมายให้     คุณพ่อเจ้าอาวาสวัดนครชัยศรีเป็น   ผู้มาดูแลวัดนครปฐมจนถึงปี 1941 เมื่อคุณพ่อริชารด์กลับมาแล้วก็ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดหนองหินอย่างเดิม และมาดูแลวันครปฐมด้วยจนถึงปี 1945 ตั้งแต่ปี 1946 เป็นต้นมาพระสงฆ์ที่เ ป็นเจ้าอาวาสวัดหนองหินก็จะเป็นเจ้าอาวาสวัดนครปฐมด้วยได้แก่ คุณพ่อเลาแรนเต (1946-1949)      คุณพ่อองค์นี้ภายหลังเมื่อลาพัก เกษียณแล้วในปี 1956 ท่านยังมาพักอยู่ที่วัดนครปฐมจนถึงปี 1967, คุณพ่อเดอซูซา (1949-1954) ปกติท่านจะพักประจำอยู่ที่หนองหิน และไปทำมิสซาวันอาทิตย์ที่นครปฐมเป็นครั้งคราว, คุณพ่อเลโอนารด์ กลิ่น (1954-1958), คุณพ่อบรูซ์ (1958-1968) ท่านพักประจำที่วัดนครปฐมเป็นส่วนมาก, คุณพ่อฮาแบสโตร (1968-1976) ท่านส่งปลัดของท่านที่หนองหินคือ คุ ณพ่อบรูโน มาดูแลวัดนครปฐมและพักประจำที่วัดนี้

ปี 1976 ในสมัยที่คุณพ่อจิลล์ เป็นเจ้าอาวาส ทางอัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯ โดยพระอัครสังฆราช มีชัย กิจบุญชู ได้ทำการบูรณะกลุ่มคริสตชนนครปฐม โดยการสร้างวัดใหม่เป็นตึกทันสมัย มีพิธีเสกอย่างสง่าในวันฉลองพระคริสตกษัตริย์ปี 1981 โดยพระอัครสังฆราช   มีชัย กิจบุญชู เป็นประธาน มีพระสงฆ์มาร่วมฉลองกว่า 60 องค์ นอกจากนี้ยังได้จัดสร้างหอระฆัง และบ้านพักพระสงฆ์เป็นตึกหลังใหญ่อีกด้วย

เนื่องจากไม่มีพระสงฆ์ประจำอยู่ที่วัดนครปฐม จึงมีพระสงฆ์จากบ้านเณรเล็ก สามพราน มาทำมิสซาให้เป็นประจำทุกวันอาทิตย์

• จนถึงปี 1984คุณพ่ออติญาณ พงษ์หว่าน เจ้าอาวาสวัดหนองหินได้มาดูแลวัดนครปฐม
• จนถึงวันที่ 11 เมษายน 1986 พระคาร์ดินัลมีชัย กิจบุญชู  ได้แยกวัดนครปฐม จากวัดหนองหิน โดยแต่งตั้ง คุณพ่อศักดิ์ชัย ทรัพย์อัประไมย (1986-1990)มาเป็นเจ้าอาวาสดูแลเฉพาะวัดนครปฐมเป็นครั้งแรกจนถึงปี 1990
• คุณพ่อบรรจบ โสภณ (1990-1994)ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสในปี 1990 คุณพ่อได้ดำเนินงานจัดสร้างอนุสาวรีย์พระคริสตกษัตริย์ขึ้นจนสำเร็จในปี 1991
• คุณพ่อสุรชัย ชุ่มศรีพันธ์(1994-1995) เป็นเจ้าอาวาส
• คุณพ่อเอกพงษ์  พงษ์สูงเนิน(1995-1996) เป็นเจ้าอาวาส
• คุณพ่อพงษ์เกษม สังวาลย์เพชร(1997-1998) เป็นเจ้าอาวาส
• คุณพ่อวิทยา  ลัดลอย (1998-2002) เป็นเจ้าอาวาส
• คุณพ่อ มาโนช สมสุข (2003-2005 ) เป็นเจ้าอาวาส และย้ายไปเป็นเจ้าอาวาส วัดนักบุญยอแซฟ หนองรี
• คุณพ่อคมสันท์ ยันต์เจริญ ( 1พฤษภาคม 2005 - 12 พฤษภาคม  2009 ) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส และได้รับแต่ตั้งให้ทำำหน้าที่คุณพ่อเจ้าอาวาสวัดหลุยส์ มารี บางแค
• คุณพ่อประสาร คูรัตนสุวรรณ ( 13 พฤษภาคม 2009 - ปัจจุบัน ) คุณพ่อทำหน้าที่เจ้าอาวาสวัดหลุยส์ มารี บางแค ปี 2009 ได้รับแต่งตั้งให้ทำหน้าที่คุณพ่อเจ้าอาวาสวัดองค์ปัจจุบัน