คุณพ่อยอแซฟ  ชิน พระสงฆ์เชื้อสายจีน  ซึ่งเป็นเจ้าอาวาสวัดดอนกระเบื้องอยู่ในเวลานั้น  ท่านคิดที่จะไปแพร่ธรรมในหมู่ชาวจ ีน   และได้เดินทางมาพบชุมชนชาวจีนคือหมู่บ้านหนองหิน        เกิดมีความสนใจที่จะเผยแพร่ศาสนาให้แก่ชาวจีนเหล่านี้   ในช่วงแรกนับว่าเป็นความยากลำบาก  เนื่องจากชาวจีนเหล่านี้ต่างก็เป็นเจ้าของสวนมีที่ดินของตน พวกเขาจึงไม่เห็นความจำเป็นอันใดที่จะต้องละทิ้งความเชื่อเดิมของพวกเขา เพื่อเข้าถือศาสนาคาทอลิก   แต่คุณพ่อยอแซฟก็ไม่ท้อถอยยังคงมาแพร่ธรรมอยู่เรื่อย ๆ จนในที่สุด ในปี 1890 ท่านได้สร้างวัดน้อยหลังแรก ผนังทำด้วยไม้ไผ่ หลังคามุงด้วยใบตาล ด้านหลังพระแท่นมีห้อ งเล็กๆ สำหรับพระสงฆ์ไว้พักแรม วัดหลังนี้สร้างในที่ดินติดกับสุสานปัจจุบัน ในเดือนกันยายน 1890 คุณพ่อยอแซฟก็ได้ทำพิธีโปรดศีลล้างบาปให้กับชาวจีนเหล่านี้หลายคน      และได้บันทึกในบัญชีศีลล้างบาปของวัดดอนกระเบื้อง  วัดหนองหินจึงเป็นสาขาหนึ่งของวัดดอนกระเบื้องด้วย

 ปี 1891 ท่านมีความยินดีเป็นอย่างมากที่ได้โปรดศีลล้างบาปให้แก่ผู้ใหญ่หลายคนที่วัดนี้ แล้วอีกไม่กี่เดือนต่อมาท่านก็ขอย้ายไ ปจันทบุรี คุณพ่อตารดิแวล ได้รับแต่งตั้งให้เป็นเจ้าอาวาสวัดดอนกระเบื้องและวัดสาขา ในปี 1897 ท่านส่งคุณพ่อดอมินิก พระสงฆ์บวชใหม่ปลัดของท่านมาดูแลปกครองวัดหนองหินแทน จนถึงปี  1900 คุณพ่อดอมินิกได้ย้ายไปเป็นปลัดที่วัดเพลง คุณพ่อแอสเตวังจึงย้ายมาเป็นปลัดแทนที่หนองหินคุณพ่อตารดิแวลได้จัดซื้อที่ดินหลายแปลงเพื่อเตรียมสำหรับสร้างวัด ในปี 1903 ท่านได้รื้อวัดเก่าที่ดอนกระเบื้องและสร้างใหม่เป็นอิฐ   ส่วนไม้และวัสดุอื่นของวัดเก่าที่ยังคงอยู่ในสภาพดี ท่านก็จัดส่งมายังวัดหนองห ิน       เพื่อใช้สร้างวัดบนที่ดินที่ท่านได้ซื้อไว้ และมอบธุระให้คุณพ่อแอสเตวังสร้างวัดหนองหินหลังที่สอง  ซึ่งสร้างเสร็จและทำการเสกในวันฉลองพระตรีเอกภาพของปี 1903    วัดหลังนี้ใช้เป็นโรงเรียนด้วย

 ต่อมาในปี 1906 คุณพ่อตารดิแวลเกิดล้มป่วยลง และได้ถึงแก่มรณะภาพกลางทางในเรือซึ่งท่านกำลังเดินทางเพื่อไปรักษาตัวท ี่ประเทศฝรั่งเศส       คุณพ่อฟูยาต์ ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสวัดหนองหินต่อมา คุณพ่อฟูยาต์พยายามซื้อสวนผักและสวนผลไม้   เพื่อขยายที่ดินของวัดหนองหิน ท่านได้ส่งปลัดของท่าน      คือคุณพ่อเอมมานูแอลมาประจำที่หนองหินจนถึงปี 1910  บัญชีศีลล้างบาปเล่มแรกของวัดหนองหินเปิดในสมัยของคุณพ่อเอมมานูแอลผู้นี้เอง

ในวันที่21ธันวาคม1906  เมื่อคุณพ่อฟูยาต์ย้ายไปเป็นเจ้าอาวาสวัดกาลหว่าร์  คุณพ่อริชารด์ก็มาเป็นเจ้าอาวาสแทนในปี 1912 ค ุณพ่อเอมมานูแอลกลับไปอยู่ที่วัดดอนกระเบื้อง  และคุณพ่อทั้งสองก็ผลัดกันมาดูแลวัดหนองหินอย่างสม่ำเสมอเพื่อทำมิสซาโปรดศีล       และเยี่ยมเยือนสัตบุรุษที่นี่เนื่องจากมีพระสงฆ์มาพักอยู่ที่หนองหินเป็นเวลาหลายๆวัน คุณพ่อริชารด์จึงได้สร้างศาลาห่างอออกไปจากตัววัดเล็กน้อยเพื่อใช้เป็นโรงเรียน  ปี 1912 คุณพ่อเอมมานูแอลย้ายไป  คุณพ่อริชารด์ส่งคุณพ่อมาร์แซลมาช่วยที่หนองหิน  ปี 1918 ตามสถิติมิสซัง วัดหนองหินมีคริสตังถึง 254 คน

• ในปี 1927 มีการแบ่งแยกมิสซัง  คุณพ่อริชารด์มอบวัดดอนกระเบื้อง บ้านโป่ง และบางตาล  ซึ่งท่านเป็นผู้บุกเบิก  ให้คณะซาเลเซียนปกครอง และตัวท่านเองก็มาอยู่ที่หนองหิน   ทำการสร้างวัดหลังใหม่แทนหลังเก่าที่กำลังผุพังลงไปตามกาลเวลา  นอกจากนี้ยังสร้างบ้านพักพระสงฆ์  บ้านพักซิสเตอร์    และโรงเรียนด้วย อาคารทั้งหมดนี้ล้วนสร้างด้วยไม้อย่างดี และแข็งแรง ทำการเสกอย่างสง่าในวันที่ 2 กรกฎาคม 1928 โดยพระสังฆราชแปร์รอส ถวายแด่ "พระตรีเอกภาพ" ตามทีบันทึกไว้ที่หน้าแรกของบัญชีศีลล้างบาปเล่มแรกปี1939 เมื่อคุณพ่อริชารด์ย้ายไปแล้วพระสังฆราชแปร์รอสได้แต่งตั้งคุณพ่อวิกตอร์ ลารเกเป็นเจ้าอาาสวัดนครชัยศรี และให้ดูแลวัดหนองหินด้วย ส่วนมากคุณพ่อยอลี ซึ่งเป็นปลัดจะมาดูแลแทน
• ปี  1941 เกิดกรณีพิพาทอินโดจีน มีการเบียดเบียนศาสนาและบังคับให้คริสตังวัดหนองหินทิ้ง ศาสนา นอกจากนี้ยังได้รื้อโรงเรียนที่คุณพ่อริชารด์สร้างแล้วนำไปปลูกที่ลำพระยา พระสังฆราชแปร์รอส ได้มีจดหมายถึงพระสังฆราชปาซ็อตตี ให้ช่วยส่งพระสงฆ์ซาเลเซียนมาเยี่ยมคริสตังที่หนองหินบ้าง พระสงฆ์ที่มาได้แก่  คุณพ่ออุลลิอานา,  คุณพ่อเลาแรนเต, คุณพ่อมาตรี, คุณพ่อเชกาเรลลี  ในปี 1942 คุณพ่อริชารด์ได้กลับมาเป็นเจ้าอาวาสอีกครั้งหนึ่งจนถึงปี 1945 
• ปี 1949 คุณพ่อยอแซฟ เดอซูซา ได้มาเป็นเจ้าอาวาส ท่านพักประจำที่หนองหิน ได้ขอเปิดโรงเรียนอย่างเป็นทางการ และได้สร้างโรงเรียนไม้ 3 ชั้นๆละ 3 ห้อง 
• ปี 1958  คุณพ่อบรูซ์ มาเป็นเจ้าอาวาส ท่านได้รื้อโรงเรียน 3 ชั้นของคุณพ่อเดอซูซา  และสร้างเป็นโรงเรียนชั้นเดียวยาวตลอด
• ตั้งแต่ ปี 1968-1984 วัดหนองหินมีพระสงฆ์คณะ O.M.I. เป็นเจ้าอาวาสมาตลอด ในสมัยของคุณพ่อฮาแบสโตรเจ้าอาวา ส พระอัครสังฆราชยวง นิตโย ได้มอบหมายให้คุณพ่อสร้างวัดหนองหินใหม่เป็นตึก แทนวัดไม้หลังเดิมของคุณพ่อริชารด์  ห้องใหญ่หลังพระแท่นแบ่งเป็น 2 ห้อง ใช้เป็นห้องซาคริสเตีย และห้องพักพระสงฆ์ วัดหลังนี้ทำพิธีเสกวันที่ 3 มีนาคม 1969
• หลังจากปี 1984 เป็นต้นมาพระคาร์ดินัลมีชัย กิจบุญชู ได้แต่งตั้งพระสงฆ์ไทยของอัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯเป็นเจ้าอาวาส  โดยมี
• คุณพ่ออติญาณ พงศ์หว่าน (1984-1989)  เป็นเจ้าอาวาส ในสมัยคุณพ่ออติญาณ พระคาร์ดินัลมีชัย กิจบุญชู ได้แยกวัดนครปฐมออกจากวัดหนองหิน เมื่อวันที่ 11 เมษายน 1986 
• คุณพ่อสุรชัย กิจสวัสดิ์ (1989-1994)มาเป็นเจ้าอาวาส  พระคาร์ดินัลมีชัย ได้มอบหมายให้คุณพ่อจัดสร้างบ้านพักพระสงฆ์ใหม่ สร้างกำแพงรอบวัดและโรงเรียน พร้อมกับทำการบูรณะวัดและจัดฉลองสมโภช 100 ปี เมื่อเดือนมิถุนายน 1990
• คุณพ่อประมวล พุฒตาลศรี (1994-1995) คุณพ่อประมวลได้ย้ายไปประจำที่บ้านเณรเล็ก สามพราน
• คุณพ่อกิตติศักดิ์ กาญจนธานินทร์ (1995-1998) เป็นเจ้าอาวาส ทางอัครสังฆมณฑลกรุงเทพ ฯ ได้อนุมัติให้สร้างอาคารเรียนใหม่ 5 ชั้น ยาว 87 เมตร ชั้นละ 10 ห้องเรียน มี 1 ห้องน้ำ พร้อมปรับปรุงบริเวณใหม่ทั้งหมด  แล้วเสร็จในเดือนธั นวาคม 1997 ทำพิธีเสกและเปิดอาคารเรียนใหม่ โดยพระคาร์ดนัลเมื่อวันที่ 14 กุมภาพันธ์ 1998
• คุณพ่อสานิจ สถะวีระวงส์ (1999-2004 ) เป็นเจ้าอาวาส
• คุณพ่อวรวุฒิ กิจสกุล ( 10 พฤษภาคม 2004 -  12 พฤษภาคม 2009 ) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส และได้รับแต่งตั้งให้เป็นเจ้าอาวาสวัดเซนต์ร็อค ท่าไข่
• คุณพ่อไพริน เกิดสุมทร ( 13 พฤษภาคม 2009 - ปัจจุบัน ) คุณพ่อทำหน้าที่เจ้าอาวาสวัดพระคริสตประจักษ์ เกาะใหญ่ และปี 2009 ได้รับแต่งตั้งให้มาทำหน้าที่คุณพ่อเจ้าอาวาส องค์ปัจจุบัน