เดิมได้มีคริสตังผู้หนึ่งเปิดโรงเรียนอยู่ที่ตลาดดอนเมือง แต่เนื่องจากเหตุผลต่างๆ เขาจึงบอกขายกิจการโรงเรียนพร้อมที่ดินพระอ
ัครสังฆราช มีชัย กิจบุญชู ได้แนะนำให้ภคินีพระหฤทัยแห่งกรุงเทพฯรับซื้อโรงเรียนดังกล่าว และให้ซื้อที่ดินข้างเคียงเพิ่มอีกสัก 3 ไร่ เพื่อจะได้สร้างวัดในอนาคตด้วย ดังนั้นในปี ค.ศ. 1981 เมื่อภคินีพระหฤทัยแห่งกรุงเทพฯ ได้เข้าดำเนินกิจการโรงเรียนต่อจากเจ้าของเดิมโดยตั้งชื่อโรงเรียนใหม่ว่า โรงเรียนมารีสวรรค์ จึงได้ขออนุญาตจากพระอัครสังฆราชจัดตั้งวัดน้อยภายในโรงเรียน พ
ร้อมทั้งขอพระสงฆ์มาเป็นผู้ดูแลโดยใช้ห้องเรียนเป็นวัดชั่วคราว ให้บรรดาคริสตังมาร่วมมิสซาและรับศีลศักดิ์สิทธิ์ได้ ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1982 ส่วนบัญชีวัดก็ให้เริ่มเปิดในปี ค.ศ. 1982 นี้เอง จำนวนคริสตังในขณะนั้นมีราว 100 คน คุณพ่อลออ สังขรัตน์ เป็นผู้ดูแลวัดชั่วคราวนี้ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1982-1983 ต่อมาได้มีสัตบุรุษที่มาอาศัยอยู่ในบริเวณนี้ ได้มาร่วมพิธีมิสซามากขึ้น จึงทำใ
ห้สถานที่เดิมคับแคบเกินไป ในขณะเดียวกันทางคณะฯ ได้ก่อสร้างตึกพระหฤทัยอุปถัมภ์ขึ้น เพื่อเป็นสถานที่รับเลี้ยงเด็กที่ยากจน รวมทั้งบรรดาเด็กที่สนใจจะเข้าเป็นสมาชิกของคณะในอนาคต ซึ่งตึกดังกล่าวมีทั้งสิ้น 4 ชั้น ทางคณะจึงใช้บริเวณชั้นล่างของตึกดังกล่าวเป็นสถานที่ถวายบูชามิสซาทุกวันและทุกวันอาทิตย์
คุณพ่อลออ สังขรัตน์
เป็นผู้ดูแลในปี ค.ศ. 1982-1983
คุณพ่อบัณฑิต ปรีชาวุฒิ เป็นผู้ดูแลในปี ค.ศ. 1983-1984
คุณพ่อบัญชา ศรีประมงค์ เป็นผู้ดูแลในปีค.ศ. 1984-1986
คุณพ่อบัณฑิต ปรีชาวุฒิ (สมัยที่สอง) เป็นผู้ดูแลในปีค.ศ. 1986-1991
คุณพ่อเสวียง ศุระศรางค์ เป็นผู้ดูแลในปี ค.ศ. 1991
คุณพ่อสุรพันธ์ ดาวพิเศษ ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสในปี ค.ศ. 1999 2004
คุณพ่อวิจิตร ลิขิตธรรม ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสในปี ค.ศ. 2004 -2006
คุณพ่อพงศ์เทพ ประมวลพร้อม ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสในปี ค.ศ. 2006 วันที่ 5 พฤษภาคม 2012 ย้ายไปเป็นผู้จัดการแผนกสื่อมวลชนกรุงเทพฯ ผู้จัดการโรงพิมพ์อัสสัมชัญ จิตตาธิการวัดประจำโรงเรียนมาแตร์เดอีวิทยาลัย และช่วยงานอภิบาลวัดเซนต์จอห์น
คุณพ่อธนากร เลาหบุตร ( 5 พฤษภาคม 2012 - 30 เมษายน 2013 )เจ้าอาวาสวัดมารีย์สวรรค์ ดอนเมือง และ ช่วยงานฝ่ายการศึ
กษา อัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯ และย้ายไปเป็นเจ้าอาวาส วัดนักบุญเปาโล บ้านนา
คุณพ่อสุทศ ประมวลพร้อม ( 1 พฤษภาคม 2013 - ปัจจุบัน ) ย้ายมาเป็นเจ้าอาวาสองค์ปัจจุบัน | 
