ถูกฟ้องในข้อหาเป็นแนวที่ 5 พระสังฆราชแปร์รอสได้มีจดหมายลงวันที่ 23 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1941 ไปถึงหลวงอดุล
อดุลเดชจรัส อธิบดีกรมตำรวจ เพื่อชี้แจงว่าคุณพ่อนิโคลาสไม่มีความผิด ดังมีใจความว่าดังนี้ "บาทหลวงบุญเกิดนั้นถูกขังอยู่ที่สีคิ้วเป็นเวลาหลายวัน แล้วต้องไปติดอยู่ที่คุกนครราชสีมาจนถึงวันที่ 18 กุมภาพันธ์นี้ ได้ถูกย้ายมาที่พระนคร
ถูกขังอยู่ที่สถานีตำรวจศาลาแดงขอท่านอธิบดีโปรดพิจารณา ความ จะได้ทราบว่าบาทหลวงบุญเกิดไม่มีความผิด ถูกคนเกลียดมาใส่ความว่าเป็นแนวที่ 5 ที่จริงไม่เคยเป็นเลย จึงเมื่อไม่มีผิด ก็ขอให้ปล่อยตามข้อ 13 แห่ง รัฐธรรมนูญ..." ในจดหมายของพระสังฆราชแปร์รอส ซึ่งเขียนถึงเพื่อนมิชชันนารีที่กรุงปารีส ประเทศฝรั่งเศส ลงวันที่ 24 มีนาคม ค.ศ. 1941 ได้พูดถึงการถูกจับกุมของคุณพ่อนิโคลาส และเพื่อน พระสงฆ์ไทยดังมีใจความดังนี้ "คุณพ่อนิโคลาสถูกจับที่บ้านหันเมื่อวันที่ 12 มกราคม ถูกกล่าวหาเช่นเดียวกัน (เช่นเดียวกับคุณพ่อ 2 องค์) ว่าเป็นแนวที่ 5 ถูกขังคุกที่โคราชเป็นเวลา 2 เดือน ต่อมาถูกส่งตัวมาที่กรุงเทพฯถูกขังที่สถานีตำรวจใหม่ศาลาแดง กำลังคอยคำตัดสิน
ผลคำตัดสินนั้นจะเป็นอย่างไร? พระเป็นเจ้าแต่ผู้เดียวที่ทรงทราบ ระหว่างนั้น ท่านยินดีทนทุกข์ทรมานเพื่อพระศาสนาเช่นเดียวกับพระสงฆ์อื่นอีก 2 องค์ มีการส่งอาหารจากเซนต์โยเซฟคอนแวนต์ไปให้ท่านทุกๆ วัน แต่ห้ามมิให้พูดคุยกันเด็ดขาด" ในจดหมายฉบับหนึ่งซึ่งพระสังฆราชแปร์รอสเขียนเป็นภาษาฝรั่งเศสถึงนายโรเชร์ การ์โร (GARREAU) กงศุลฝรั่งเศสประจำประเทศไทย เมื่อวันที่ 17 พฤษภาคม ค.ศ. 1941 มีรายละเอียดดังนี้
"ข้าพเจ้ามีความเสียใจที่จะแจ้งให้ท่านทราบว่า คุณพ่อนิโคลาส ชุนกิม บุญเกิด พระสงฆ์คาทอลิกไทย ไ ด้ถูกตัดสินจำคุก 15 ปี โดยศาลพิเศษ โดยถูกกล่าวหาว่าท่านได้ช่วยเหลือฝรั่งเศสในสงครามอินโดจีนต่อต้านไทย คุณพ่อนิโคลาสองค์นี้
ได้รับหน้าที่ดูแลคริสตังที่โคราชและโนนแก้วมาเป็นเวลาหลายปีแล้ว เมื่อวันที่ 11 มกราคมที่ผ่านมา ท่านได้ไปที่บ้านหันซึ่งเป็นกลุ่มคริสตชนอีกกลุ่มหนึ่งที่อยู่ห่างจากสีคิ้วไปทางตะวันตกของเมืองโคราช เพื่อพบกับเพื่อนพระสงฆ์องค์หนึ่งของท่านคือคุณพ่ออัมบรอซิโอ แต่คุณพ่ออัมบรอซิโอได้ออกเดินทางไปกรุงเทพ ฯ แล้วก่อนหน้านี้เล็กน้อย วันรุ่งขึ้นซึ่งเป็นวันอาทิตย์ คุณพ่อนิโคลาสได้ตีระฆังเพื่อเรียกคริสตังมาวัดฟังมิสซาในเวลา 8.30 นาฬิกาตอนเช้า ด้วยการกระทำอันนี้ ท่านได้ถูกกล่าวหาว่าฝ่าฝืนคำสั่งของนายอำเภอ
ซึ่งห้ามตีระฆังในระหว่างเวลากลางคืน คุณพ่อนิโคลาสได้ถูกจับกุมและถูกนำตัวไปที่สีคิ้วพร้อมกับพวกคริสตังคนอื่นๆ ที่นั่น ท่านต้องอยู่ในคุกเป็นเวลาหลายวัน ต่อมาได้ถูกส่งตัวมายังกรุงเทพฯ ที่สถานีตำรวจศาลาแดง ท่านถูกควบคุมตัวอย่างเข้ มงวดเป็นเวลาเกือบ 4 เดือน โดยปราศจากการติดต่อกับบุคคลภายนอก ทั้งห้ามเยี่ยมโดยเด็ดขาด ในที่สุด วันที่ 15 พฤษภาคม ศาลพิเศษ (ไม่อนุญาตให้มีทนาย และตัดสิทธิ์ห้ามอุทธรณ์) ได้พิพากษาว่า คุณพ่อและคริสตัง 8 คน ถูกฟ้องกล่าวหาว่า "ได้ปฏิเสธ โดยไม่ยอมมอบปืนเพื่อช่วยเหลือในการสร้างทางรถไฟและสายโทรเลข, ได้ทำการประชุมลั บเพื่อปลุกปั่นผู้สมรู้ร่วมคิดคนอื่นๆ ไม่ให้ช่วยเหลือรัฐบาลไทยต่อสู้กับอินโดจีน, ได้สวดภาวนาเพื่อชัยชนะของฝรั่งเศส, ได้มีเจตนาในการตัดเส้นทางการคมนาคมและสายโทรเลข" พยานทุกคนปฏิเสธข้อกล่าวหาเหล่านี้ทุกข้อว่าไม่เป็นความจริง (คุณพ่อนิโคลาสไม่ได้อยู่หรือผ่านไปที่บ้านหันในระหว่าง 2 วันที่ผ่านมา)
ศาลได้ยืนยันว่าคุณพ่อมิได้เอ่ยอ้างถึงพยานเลย แต่ความจริงแล้วท่านได้อ้างถึงพยาน 9 คนเพื่อการต่อสู้คดี พยาน 4 คนได้ยืนยันว่า ในตอนแรกพวกเขา ถูกนายอำเภอบังคับให้ฟ้องกล่าวหาคุณพ่อที่ศาลอำเภอสีคิ้ว แต่คำให้การของพยานที่ศาลนั้นเป็นคำให้การที่นายอำเภอเขียนขึ้นมาให้พวกเขาท่องจนขึ้นใจ เพื่อใช้ในการปรักปรำ การกลับคำให้การของพวกเขาที่กรุงเทพฯ ไม่มีประโยชน์สักนิดเดียว ศาลไม่ยอมรับคำให้การตามความจริงของพวกเขา กระบวนการพิจารณาคดีเช่นนี้ เป็นการกระทำที่ไม่น่าเชื่อถือ และยากที่จะเข้าใจได้โดยเฉพาะหลังจากท ี่ได้มีการลงนามในสัญญาข้อตกลงระหว่างฝรั่งเศส-ไทย แม้ว่าคุณพ่อจะเป็นชาวพื้นเมือง
(คนไทย) ข้าพเจ้าเชื่อตามหน้าที่ของข้าพเจ้าในปัจจุบันนี้ในฐานะตัวแทนของชาวฝรั่งเศส เพราะว่าเหตุจูงใจในการเรียกร้องเพื่อการตัดสินลงโทษพระสงฆ์องค์นี้และพวกคริสตัง (แม้กระทั่งการตัดสินลงโทษคุณพ่อฟรังซิสเซเวียร์ สงวน และคุณพ่อมีแชล ส้มจีน ที่ได้รับการตัดสินลงโทษจำคุกไปแล้วคนละ 2 ปี) คือสาเหตุที่พวกเขาต้องการช่วยเหลือฝรั่งเศส ยิ่งกว่านั้น พระสงฆ์ไทยอีกองค์หนึ่งได้แจ้งให้ข้าพเจ้าทราบว่า ที่แปดริ้วมีใบประกาศโฆษณาในหัวข้อ "เลือดไทยของชาวฉะเชิงเทรา" ห้ามไม่ให้ใครทำการติดต่อกับพวกคาทอลิก เหตุจูงใจในการเรียกร้องคือ "การบีบบังคับให้ทิ้งศาสนามีมานานแล้ว พวกคาทอลิกมีความมั่นคงและไม่ปฏิบัติตัวตามความต้องการของชาติ ซึ่งคณะเลือดไทยได้บังคับให้ทำ" | 