วาระสุดท้าย (The Last Time) ในปี
ค.ศ. 1988-1989 คุณแม่เทเรซาป่วยเป็นโรคหัวใจ และต้องเข้าโรงพยาบาลถึง 2 ครั้ง มิใช่เป็นครั้งแรกที่คุณแม่เทเรซาตรากตรำทำงานหนักจนถึงขั้นหมดเรี่ยวแรง และต้องถูกส่งโรงพยาบาล แม้สมเด็จพระสันตะปาปา ก็ยังทรงขอร้องคุณแม่ให้ดูแลเอาใจใส่สุขภาพของตัวเธอเองบ้าง แพทย์คอยตรวจสอบเธอเป็นระยะ ๆ แล้วยังสั่งให้คุณแม่พักรักษาตัวเป็นเวลา 6 เดือนในวันที่ 16 เมษายน 1990 คุณแม่เทเรซาลาออกจากตำแหน่งคุณแม่มหาธิการิณีของคณะธรรมทูตแห่งเมตตาธรรม เนื่องจากสุขภาพไม่ดี เมื่อผ่อนคลายจากภาระรับผิดชอบต่าง ๆ แล้ว
คุณแม่เทเรซาก็สามารถเดินทางไปเยี่ยมบ้านซิสเตอร์ของคณะในที่ต่าง ๆ ได้มากขึ้น ต่อมาในเดือนกันยายน 1990 คุณแม่เทเรซาได้รับการเรียกร้องให้พักจากการเกษียณและได้รับเลือกเป็นมหาธิการิณีของคณะธรรมทูตแห่งเมตตาธรรมอีกครั้ง เนื่องจากบรรดาซิสเตอร์ทราบเป็นอย่างดีถึงอัจฉริยภาพความเป็นผู้นำฝ่ายจิตของคุณแม่เทเรซาในคณะซิสเตอร์ ธรรมทูตแห่งเมตตาธรรม
จึงได้เลือกคุณแม่เป็นผู้นำอีกครั้งหนึ่ง แม้ว่าคุณแม่จะมีอายุ 80 ปีและสุขภาพไม่สู้ดีนักก็ตาม
ในปี 1997 คุณแม่เทเรซา ได้ลาออกจากผู้นำคณะ เนื่องจากเจ็บป่วยมาก ในวันที่ 13 มีนาคม ซิสเตอร์นิรุมารา ได้รับเลือกเป็นผู้นำคณะคนใหม่ คุณแม่เทเรซาแห่งกัลกัตตา ได้มรณะอย่างสงบเมื่อวันที่ 5 กันยายน 1997 อายุ 87 ปี | 
