บางครั้งพระสังฆราชซีเปรียนไม่เห็นด้วยกับพระสันตะปาปา
แต่ท่านยังคงเชื่อว่าอำนาจปกครองของพระสันตะปาปานั้นกว้างไกลออกไปนอกจากกรุงโรมด้วย ซึเปรียนรู้สึกว่าความเป็นหนึ่งเดียวของพระศาสนจักรเป็นสิ่งสำคัญมาก และท่านเขียนหนังสือที่มีชื่อเสียงมากเกี่ยวกับเรื่องนี้ ซีเปรียนเป็นหนึ่งในบรรดานักเขียนคริสตชนรุ่นแรก ที่ยืนยันว่าพระศาสนจักรแห่งกรุงโรมมีความสำคัญเป็นพิเศษ ในท่ามกลางพระศาสนจักรคริสตชนในที่อื่นๆในงานเขียนชิ้นหนึ่งของท่าน
ซีเปรียนบรรยายถึงสังฆมณฑลแห่งกรุงโรมว่าเป็นเหมือน"ธรรมาสน์ของนักบุญเปโตรและหัวหน้าพระศาสนจักร จากสิ่งนี้เองจึงนำมาซึ่งความเป็นเอกภาพของสังฆภาพ" ในงานเขียนสำคัญที่มีชื่อว่า "เอกภาพของพระศาสนจักร" (The Unity of the Church) ซีเปรียนกล่าวว่า
องค์พระผู้เป็นเจ้าของเราทรงตั้งทรงตั้งพระศาสนจักรแรกเริ่มบนบุคคลหนึ่งนั่นคือเปโตร และจากนี้เองที่เป็นแบบอย่างตั้งแต่เริ่มแรกเสมอมาซีเปรียนยังได้เรียกร้องให้คริสตชน เสริมสร้างเอกภาพในพระศาสนจักรท้องถิ่นและให้นอบน้อมเชื่อฟังและซื่อสัตย์ต่อพระสังฆราชของพวกเขา ในปีต่อมา ซีเปรียนได้ยินถึงปัญหาใหญ่ประการหนึ่ง คือ มาร์ซีออน พระสังฆราชแห่งอาร์เลส
(ปัจจุบันอยู่ในประเทศฝรั่งเศส) ปฏิเสธที่จะอภัยโทษแก่พวกที่ละทิ้งศาสนา (Lapsi) แม้ว่าพวกเขาได้สำนึกผิดแล้ว และกำลังจะตาย Lapsi เป็นคริสตชนที่ได้ละทิ้งศาสนาในระหว่างการเบียดเบียน พระศาสนจักรมีกฎอยู่ว่าหลังจากช่วงเวลาหลายปีของการสำนึกผิดเสียใจและใช้โทษบาป พวกเขาสามารถถูกรับกลับเข้ามาในพระศาสนจักรได้ แม้ว่าพวกที่ละทิ้งศาสนากำลังอยู่ในช่วงสำนึกผิด เสียใจ และใช้โทษบาป แต่พวกเขาอยู่ในอันตรายอันอาจจะถึงแก่ความตาย Lapsi เป็นคริสตชนที่ได้ละทิ้งศาสนาในระหว่างการเบียดเบียน พระศาสนจักรมีกฎอยู่ว่า หลังจากช่วงเวลาหลายปีของการสำนึกผิดเสียใจและใช้โทษบาป พวกเขาสามารถถูกรับกลับมาในพระศาสนจักรได้ แม้ว่าพวกที่ละทิ้งศาสนากำลังอยู่ในช่วงสำนึกผิดเสียใจแลใช้โทษบาป แต่พวกเขาอยู่ในอันตรายอันอาจจะถึงแก่ความตาย พวกเขาสามารถรับการอภัยโทษได้ทันที แพระสังฆราชมาร์ซีออนปฏิเสธที่จะอภัยโทษให้พวกเขา
เวลานี้ ซีเปรียนขอร้องพระสันตะปาปา ในฐานะที่เป็นบุคคลที่มีอำนาจเหนือพระสังฆราชมาร์ซีออน ท่านเขียนจดหมายถึงพระสันตะปาปาสเทเฟนและขอร้องให้พระองค์ขับไล่พระสังฆราชมาร์ซีออน กล่าวคือให้ปลดเขาออกจากตำแหน่งพระสังฆราช เช่นนี้เองที่ซีเปรียนแสดงให้เห็นว่า ท่านเชื่อว่าอำนาจของพระสันตะปาปาอยู่นอกเหนือไปจากกรุงโรมด้วย ในกรณีนี้ ซีเปรียนสนับสนุนอำนาจของพระสันตะปาปา แม้ว่าในเวลาอื่นๆ ท่านอาจจะโต้แย้งกับพระสันตะปาปาบ้าง แต่ตลอดชีวิตของท่านซีเปรียนให้คุณค่ากับความเป็นเอกภาพของพระศาสนจักรเป็นเหมือนของขวัญล้ำค่า ท่านยืนยันว่าสันตะสำนักหรือสังฆมณฑลแห่งกรุงโรมมีความสำคัญเป็นพิเศษ เพราะเป็นบัลลังก์ของนักบุญเปโตรอัครสาวก ผู้ซึ่งได้รับการเรียกจากพระคริสตเจ้าให้เป็นผู้นำของอัครสาวก | 
