เปาโลถูกจับและถูกส่งมาที่กรุงเยรูซาเล็ม เปาโลถูกจับเมื่อกลับมาถึงกรุงเยรูซาเล็ม
ท่านร้องขอให้ไต่สวนท่านที่กรุงโรม เพราะท่านเป็นพลเมืองโรมัน หลังจากชักช้าอยู่นาน พวกข้าราชการส่งท่านไปกรุงโรมโดยทางเรือและทางบก ขณะที่รอการไต่สวนพิจารณาอยู่สองปี ท่านเทศน์สอนและเขียนจดหมาย จากนั้นไม่พบว่าท่านมีความผิด ดังนั้นท่านจึงออกเดินทางอีกครั้ง ในการเดินทางธรรมทูตครั้งที่สาม เปาโลรวบรวมเงินจำนวนหนึ่งสำหรับกลุ่มคริสตชนที่กรุงเยรูซาเล็ม เมื่อท่านเดินทางมาถึง
พบกับหัวหน้ากลุ่มคริสตชนที่นั่น จึงมอบเงินบริจาคนั้นให้กับพวกเขา อย่างไรก็ตาม วันหนึ่งขณะที่อยู่ในพระวิหาร มีชาวยิวบางคนจากแคว้นอาเซียจำท่านได้ จึงยุยงฝูงชนให้ต่อต้านท่าน (กจ 21:23) พวกเขาแจ้งผู้บัญชาการกองทหารโรมันให้จับกุมท่าน เปาโลชี้แจงว่าท่านเป็นพลเมืองโรมัน ซึ่งหมายความว่าจะไม่ถูกลงโทษจนกว่าจะถูกตัดสินว่าผิดตามกฎหมาย ท่านเรียกร้องที่จะรับการพิพากษาคดีตัดสินโดยจักรพรรดิที่กรุงโรม หลังจากชักช้าอยู่หลายวัน
(กจ 23-27) เปาโลถูกนำขึ้นเรือร่วมกับนักโทษคนอื่นๆ มุ่งสู่กรุงโรม ภายใต้การควบคุมโดยยูเลียส นายร้อยโรมัน ยูเลียสหวังจะไปให้ถึงกรุงโรมภายในต้นเดือนตุลาคม เพราะจะไม่ปลอดภัยเดินทางหากข้ามทะเลในช่วงปลายฤดูหนาว แต่พวกเขามาถึงแค่เกาะครีตในเดือนตุลาคม เมื่อออกจากเกาะครีต เรือก็ถูกลมพายุและคลื่นทะเลกระหน่ำ
ผู้โดยสารหลายคนหวาดกลัวว่าจะต้องจมน้ำตาย เปาโลให้ความมั่นใจกับพวกเขาว่าจะไม่มีใครเสียชีวิต หลังจากสิบสี่คืนที่อยู่ในทะเล พวกเขามองเห็นหาดทรายและพยายามนำเรือเข้าไปจอด แต่เรือแตกอยู่ที่บริเวณสันทราย และทุกคนพยายามว่ายน้ำเข้าหาฝั่ง พวกเขาขึ้นฝั่งของเกาะมอลต้าอย่างปลอดภัย และได้รับการปฏิบัติอย่างดีจากชาวเกาะในระหว่างฤดูหนาว เมื่อฤดูใบไม้ผลิมาถึง พวกเขาออกเดินทางไปอิตาลีด้วยเรืออีกลำ
หลังจากหยุดพักหลายครั้ง ที่สุดเปาโลมาถึงกรุงโรม พบกับสมาชิกหลายคนของกลุ่มคริสตชน ทางรัฐบาลอนุญาตให้ท่านหาที่พักเอง แต่มีทหารคนหนึ่งคอยเฝ้า ในช่วงเวลานั้นเปาโลประกาศพระวรสารอย่างต่อเนื่อง ต้อนรับผู้มาเยี่ยมเยียนและเขียนจดหมายหลายฉบับ หลังจากนั้นสองปี ทางรัฐบาลยกฟ้องคดี จึงปล่อยท่านเป็นอิสระ จากนี้ท่านอาจไปเยี่ยมประเทศสเปนตามที่ท่านเคยหวังตั้งใจไว้ แต่ก็เป็นไปได้ว่าท่านอาจเดินทางไปทางทิศตะวันออกแทน ธรรมประเพณีโบราณเล่าว่า
เปาโลถูกจองจำที่กรุงโรมอีกครั้งหนึ่ง และถูกประหารเป็นมรณสักขีในค.ศ.67 | 
