คริสตชนบางคนรับเอาแนวความคิดและวิถีดำเนินชีวิต ที่ไม่สอดคล้องกับคำสอนของอัครสาวกเข้ามาในชีวิต บางคนหาหนทางที่จะทำให้คริสต์ศาสนาใกล้ชิดมากขึ้นกับบัญญัติของโมเสส และการปฏิบัติของชาวยิว  บางคนเรียกร้องว่าต้องมีความรู้พิเศษ จึงมีเพียงส่วนน้อยเท่านั้นที่เข้าถึงได้ คนอื่นๆ ก็รวบรวมความคิดหลากหลายเข้าไปในศาสนาพิเศษของพวกเขา มาร์ซิออน เป็นคนหนึ่งที่ตั้งศาสนาของตัวเอง โดยบิดเบือนคริสต์ศาสนา

มีการคุกคามคำสอนของพระเยซูเจ้าและของอัครสาวก จากภายในคริสต์ศาสนาเองด้วย  จากช่วงแรกๆ ดูเหมือนว่ากลุ่มชาวยิวที่กลับใจพยายามให้คริสตชนถือตามบัญญัติของโมเสสและข้อปฏิบัติอื่นๆ ของชาวยิว แม้ว่าพระศาสนจักรแยกตัวออกมาจากศาสนายิวอย่างชัดเจนแล้ว กลุ่มที่ถือตามจารีตประเพณีของชาวยิว ยังคงยืนยันว่าคริสตชนต้องปฏิบัติตามข้อปฏิบัติทั้งหมดของศาสนายิว

การคุกคามอื่นๆ มาจากประชาชนที่เรียกร้องความรู้ในระดับที่สูงกว่า เรียกว่า พวกญอสติก (Gnostic ลัทธิจินไตยนิยม) ซึ่งได้รับการถ่อยทอดความรู้ต่อกันมาอย่างลับๆ ในกลุ่มเพียงไม่กี่คน แนวความคิดแบบนี้ได้รับอิทธิพลจากความคิดของศาสนาตะวันออก และความคิดของโลกกรีก-โรมัน ที่มีมาตั้งแต่ก่อนพระเยซูทรงบังเกิด  ในค.ศ.150 กลุ่มนี้เริ่มต้นการท้าทายอย่างรุนแรง ต่อความคิดเรื่องพระเจ้าและโลกของคริสตชน การมองโลกวัตถุเป็นเหมือนความชั่ว ลัทธิจินไตยนิยมสอนว่าความรอดมาถึงมนุษย์ที่เป็นอิสระจากร่างกาย พระเยซูเป็นมนุษย์ที่สูงกว่า แต่ไม่ได้เป็นมนุษย์อย่างแท้จริง ที่เปิดเผยพระเจ้าองค์ใหม่หรือองค์ที่ไม่เป็นที่รู้จักแก่มนุษย์ ลัทธิจินไตยนิยมคิดว่าการค้นพบความรู้ใหม่ของพวกเขา การล่วงรู้ความลับ สามารถพาพวกเขาไปถึงความสว่างและความครบครันอย่างสมบูรณ์แบบได้

การคุกคามที่สามมาจากประชาชน ที่รวบรวมความคิดหลากหลายจากแหล่งต่างๆ เข้าด้วยกัน แล้วพัฒนาขึ้นมาเป็นคริสต์ศาสนาตามแบบของพวกเขา  บุคคลสำคัญคนหนึ่งที่ทำเช่นนี้ คือ มาร์ซิออน เกิดที่เมืองซีโนป ในแคว้นปอนตัส ประมาณค.ศ.85 บิดาของเขาเป็นพระสังฆราชที่ถูกขับไล่ออกมาจากพระศาสนจักรท้องถิ่น เพราะแนวความคิดและการปฏิบัติแบบผิดๆ มาร์ซิออนกลายเป็นเจ้าของเรือที่ร่ำรวย และมาถึงกรุงโรมประมาณค.ศ.139 เข้าร่วมกับพระศาสนจักรท้องถิ่นที่นั่น และช่วยบริจาคด้วยความใจบุญ แต่ 5 ปีต่อมา เขาเริ่มเสนอความคิดเห็นส่วนตัวของเขาเอง และแยกตัวออกจากพระศาสนจักร เขารวบรวมผู้ติดตาม และตั้งพระศาสนจักรเอง เป็นพระสังฆราชเอง มีพระสงฆ์เอง สมาชิกหลายคนของเขาเป็นคนศรัทธาและกระตือรือล้น และบางคนได้รับการทรมานแบบมรณสักขี พระศาสนจักรแบบมาร์ซิออนแพร่หลายไปอย่างรวดเร็วและกว้างขวาง และยังคงมีอยู่ในบางรูปแบบ ต่อมาแนวความคิดนี้ จะถูกปฏิเสธจากพระศาสนจักรคริสต์อย่างเป็นทางการ

ตามแนวความคิดของมาร์ซิออน พระเจ้า พระผู้สร้างในพันธสัญญาเก่า ไม่ได้เป็นพระเจ้า พระผู้ไถ่ในพันธสัญญาใหม่ พระเจ้า พระผู้สร้างเป็นพระเจ้าที่รุนแรง ที่โกรธแค้น และศาสนายิวถูกปฏิเสธและถูกดูหมิ่นอย่างมาก เพียงพระเจ้าแห่งความรักที่เปิดเผยโดยพระเยซูเจ้า ผู้ที่ดูเหมือนว่ารับเอาร่างกายของมนุษย์ และเป็นศัตรูกับธรรมบัญญัติของชาวยิวอย่างสิ้นเชิง ได้รับความเชื่อถือ และการถวายบูชา

มาร์ซิออนให้ความสนใจอย่างมากกับการปฏิบัติในศาสนา แต่เขาได้กำหนดข้อเรียกร้องที่เคร่งครัดมากเกินไป สมาชิกที่เติบโตเต็มที่ในศาสนาของเขาถูกบังคับให้เลิกชีวิตแต่งงาน เป็นต้น และสิ่งของวัตถุภายนอกถูกมองอย่างสงสัย แต่ก็ไม่ได้เป็นความชั่วร้ายทั้งหมด

การต่อสู้กับแนวความคิดที่สุดโต่งเช่นนี้ พระศาสนจักรคริสต์ถูกเรียกร้องให้มีกระบวนการจัดการภายในที่เข้มแข็ง และประกาศคำสอนออกมาให้ชัดเจนมากยิ่งขึ้น