ปี 1929 เมื่อคุณพ่อริชารด์มอบวัดดอนกระเบื้อง บ้านโป่ง และบางตาล ให้พระสงฆ์ซาเลเซียนดูแลแล้ว ท่านก็มาอยู่ที่วัดหนองหิน คุณพ่อกิยูเจ้าอาวาสวัดกาลหว่าร์ซึ่งเคยเป็นเจ้าอาวาสวัดนครชัยศรีมาก่อนได้แจ้งให้คุณพ่อริชารด์ทราบว่า ในตลาดบางภาษีมีคริสตังอพยพมาจากนครชัยศรีมาทำมาหากินอยู่หลายครอบครัว และยังกระจัดกระจายอยู่ในบริเวณใกล้ๆกับบางภาษีอีกหลายครอบครัว คุณพ่อริชาร์ดจึง เดินทางไปเยี่ยมคริสตังเหล่านี้ ถึงแม้ว่าท่านจะอายุมากแล้วและทางคมนาคมในสมัยนั้นลำบากมากก็ตาม
ท่านก็ได้สัญญากับพวกเขาว่าจะ กลับมาเยี่ยมอีก และเพื่อสำรวจครอบครัวคริสตังท่านก็กลับมาเยี่ยมพวกเขาบ่อยๆทุกเดือนๆละครั้ง ท่านได้โปรดศีลล้างบาปแก่เด็กๆ 10 คน ซึ่งเป็นลูกหลานของคริสตังที่นั่นเป็นครั้งแรกในเดือนเมษายน 1929โดยบันทึกในบัญชีศีลล้างบาปของวัดหนองหิน มีคนต่างศาสนา หลาย คนมาสมัครเรียนคำสอน
ท่านได้พักที่บ้านของก๋งแดงในเวลาที่ท่านมาที่บางภาษี และใช้ห้องหลังบ้านเป็นที่ทำมิสซาแปลคำสอน ซึ่งไม่สะดวกแก่ผู้ท
ี่มาร่วมมิสซาและเรียนคำสอน จึงปรึกษากับคริสตังที่นั่นและได้ตัดสินใจสร้างวัดขึ้นหลังหนึ่ง ลงมือก่อสร้างในเดือนมีนาคม 1930 วัดนี้เป็นวัดไม้ หลังคามุงสังกะสียกพื้นสูง สร้างอยู่กลางทุ่งนา เสกในเดือนกรกฎาคมปีเดียวกันถวายแด่นักบุญอันเดร นับจากนั้นมาคุณพ่อริชารด์ได้มาเยี่ยมเยือนคริสตังที่บางภาษี ทำมิสซาโปรดศีลศักดิ์สิทธิ์และแปลคำสอนให้ เดือนละ 1-2 ค
รั้งจนถึงปี 1935 เนื่องจากท่านชรามากแล้วทำให้การเดินทางเป็นไปด้วยความยากลำบาก ท่านจึงฝากวัดบางภาษีให้อยู่ภายใต้ความดูแลของ คุณพ่อปีโอ ถัง เจ้าอาวาสวัดสองพี่น้อง คุณพ่อปีโอเดินทางไป-กลับระหว่างสองพี่น้องและบางภาษีเพื่อเยี่อมเยือนสัตบุรุษ และทำมิสซาที่วัดบางภาษีเดือนละครั้ง ต่อมาได้มอบให้คุณพ่อวินแซนเต ปลัดของท่านมาดูแลแทน คุณพ่อปีโอได้เป็นผู้จัดซื้อรูป 14 ภาคสำหรับวัดบางภาษี จนถึงปี 1937 ค
ุณพ่อบอนิฟาสได้รับแต่งตั้งให้มาเป็นเจ้าอาวาสท่านได้ติดต่อกับบราเดอร์ซึ่งเป็นอธิการโรงเรียนอัสสัมชัญ เพื่อขอไม้มาสร้างโรงเรียนและบ้านพักพระสงฆ์ ซึ่งท่านอธิการก็ยินดีให้ตามคำขอ มีคริสตังคนหนึ่งได้บริจาคที่นาซึ่งอยู่ติดกับวัดให้จำนวน 3 ไร่ คุณพ่อบอนิฟาสจึงให้ช่างก่อสร้างบ้านพักพระสงฆ์บนที่ดินผืนนั้น เนื่องจากที่ดินที่เขาบริจาคให้แก่วัดนั้นยังไม่ได้มีการโอนให้เรียบร้อย จึง เกิดความยุ่งยากต่อมาในภายหลัง
- ปี 1940 คุณพ่อหลุยส์ สง่า สังขรัตน์ เจ้าอาวาสวัดบางบัวทองได้รับหน้าที่ดูแลวัดบางภาษีด้วยและส่งพ่อปลัดของท่านมาช่วยในบางเวลา
- ปี 1965 คุณพ่อโรเชอ
โรย้ายมาเป็นเจ้าอาวาส ท่านตั้งใจจะสร้างวัดและโรงเรียนใหม่ แต่เนื่องจากมีเหตุขัดแย้งในเรื่องที่ดินของวัดหลังเก่าอยู่ ท่านจึงซื้อที่ดินใหม่จำนวน 19 ไร่ และรื้อวัดเก่ามาสร้างวัดใหม่ในที่ดินที่ซื้อในปี 1969 เมื่อสร้างวัดและโรงเรียนใหม่เสร็จแล้ว โรงเรียนใหม่ยังไม่ทันเปิด ท่านก็เกิดล้มป่วยและสิ้นใจต้นปี 1971 โรงเรียนนี้ได้ถูกปิดร้างถึง 15 ปี ต่อมาเมื่อ
- คุณพ่อบรรจบ โสภณ
ย้ายมาเป็นเจ้าอาวาส ได้ปรับปรุงอาคารเรียนและขออนุญาตเปิดโรงเรียนอย่างเป็นทางการ ซึ่งได้รับอนุญาตในวันที่ 30 พฤษภาคม 1984 วัดบางภาษีอยู่ภายใต้การปกครองดูแลของเจ้าอาวาสวัดบางบัวทองมาตลอดตั้งแต่ปี 1940 จนถึงปี 1989 วัดบางภาษีไม่ต้องขึ้นกับวัดบางบัวทองอีกต่อไป แล้วพระคาร์ดินัลมีชัย กิจบุญชู ได้ประกาศแต่งตั้ง
- คุณพ่ออติญาณ พงษ์หว่าน(1989-1998)มาเป็นเจ้าอาวาสวัดบางภาษีตั้งแต่ปี 1989
- คุณพ่อไพริน เกิดสมุทร(1999-2004 ) เป็นเจ้าอาวาส
- คุณพ่อธนันชัย กิจสมัคร ( 10 พฤษภาคม 2004 - 12 พฤษภาคม 2009 ) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส ปี 2009 ได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส วัดเซนต์แอนโทนี แปดริ้ว
- คุณพ่อกิตติศักดิ์ กาญจนธานินทร์
( 13 พฤษภาคม 2009 - 30 เมษายน 2013 ) คุณพ่อทำหน้าที่คุณพ่อเจ้าอาวาสวัดคอนเซ็ปชัญ ปี 2009 ได้รับแต่งตั้งให้ทำหน้าที่คุณพ่อเจ้าอาวาส วันที่ 1 พฤษภาคม 2013 ย้ายไปเข้ารับการอบรมต่อเนื่อง ( On Going Formation )
- คุณพ่อวรยุทธ กิจบำรุง ( 1 พฤษภาคม 2013 - ปัจจุบัน ) เจ้าอาวาสองค์ปัจจุบัน และ เลขาธิการคณะกรรมการคาทอลิกเพื่อพระสงฆ์และผู้ถวายตัวสภาพระสังฆราชฯ
- คุณพ่อวุฒิไกร ชินทร์นลัย ( 1 พฤษภาคม 2013 - ปัจจุบัน ) ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดนักบุญอันเดร บางภาษี และวัดนักบุญมัทธิว ทุ่งลูกนก
| 
