ราวปี  ค.ศ.1900 มีคนจีนอพยพมาตั้งหลักแหล่งทำมาหากินในประเทศไทยเป็นจำนวนมากหลาย ๆ  ครอบครัวเป็นคริสตังอยู่แล้ว ปี 1910  คุณพ่อยวงเฮียง แซ่ลิ่ม ปลัดวัดลำไทร เห็นว่ามีที่ดินว่างเปล่าอยู่แถวๆหนองรีจึงไปจับจองเพื่อต้อนรับคนจีน    มีครอบ ครัวแซ่ลิ้ม (นิตตะโย) มาตั้งบ้านเรือนอยู่ที่หนองรีได้ช่วยคุณพ่อยวงเฮียงทำการถางป่าที่จับจองและเตรียมที่สร้างวัด    เพราะคุณพ่อยวงต้องเดินทาง ไป ๆ มา ๆระหว่างลำไทร บ้านเล่า เสาวภา และหนองรี มีคริสตังจากวัดบ้านเล่าย้ายมาอยู่ในบริเวณที่ที่จับจองนี้ปี 1912    คุณพ่อยวงเฮียง  เริ่มสร้างวัดนักบุญยอแซฟหลังแรกเนื่องจากคุณพ่อยวงเฮียงไม่ได้อยู่ประจำที่บ้านหนองรีจึ งไม่ได้เปิดบัญชีศีลศักดิ์สิทธิ์ของวัดนักบุญยอแซฟต่างหาก แต่ได้จดรวมในบัญชีของวัดบ้านเล่าจนถึงปี 1929 คุณพ่อโอลลิเอร์ ปลัดวัดลำไทรและวัดบ้านเล่าสร้างวัดนักบุญยอแซฟหลังที่สองที่หนองรีเป็นไม้และมาอยู่ประจำที่วัด จึงแยกบัญชีต่างหาก

 นอกจากสร้างวัดแล้วคุณพ่อยังสร้างบ้านพักพระสงฆ์ และบ้านซิสเตอร์ด้วย  ในสมัยคุณพ่อโอลลิเอร์เป็นต้นมา มีทั้งคริสตังจีน   แล ะคริสตังไทยจำนวนมากมาอยู่หนองรี  ย้ายมาจากปราจีนหรือแหลมโขดบ้าง    มาจากเมืองจีนโดยตรงบ้าง บางครอบครัวก็อยู่ชั่วคราว    และอพยพไปที่อื่นต่อ  ในปี 1937  คุณพ่อซามูแอลมาปกครองดูแลคริสตังที่หนองรี   ท่านได้สร้างโรงเรียนหลังแรกขึ้นที่นี่    จากความช่วยเหลือและเงินบริจาคของสัตบุรุษวัดหนองรี     ได้ขออนุญาตทางกระทรวง เปิดเป็นโรงเรียนประชาบาล

• ปี   1945 ได้สถาปนามิสซังจันทบุรีขึ้นโดยแยกออกจากมิสซังกรุงเทพฯ   คุณพ่อลารเกได้รับแต่งตั้งให้เป็นเจ้าอาวาสวัดหนองรีอย่างเป็นทางการตั้งแต่เดือน เมษายน 1945 ถึงปี 1947 เนื่องจาคุณพ่อกำลังเตรียมสร้างวัดใหม่ที่บ้านนา ดังนั้น ท่านจึงขอพระสังฆราชให้ช่วยส่งพ่อปลัดมาช่วยดูแลที่หนองรี  คุณพ่อเลโอนารด์ สิงหนาท จึงมาอยู่ในฐานะพ่อปลัด ต่อมาคุณพ่อลารเกได้มอบหน้าที่เจ้าอาวาสทั้งหมดให้แก่คุณพ่อเลโอนารด์  ปี 1946 คุณพ่อเลโอนารด์ได้ทำการซ่อมแซมโรงเรียนของคุณพ่อซามูแอล และยื่นคำร้องขอเปลี่ยนเป็นโรงเรียนราษฎร์ ใช้ชื่อว่า โรงเรียนสิงห์ประสาทวิทยา ปี 1947
• คุณพ่อเลโอนารด์ ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสอย่างเป็นทางการจนถึงปี  1950   ปี 1956 คุณพ่อโกเชต์    เจ้าอาาสได้ร่วมมือกับชาวบ้านซื้อรถไถนามาดันดินถมถนน กับสร้างสะพาน 2 แห่งเชื่อมวัดหนองรีกับถนนสุวรรณศร  นำความเจริญมาสู่หมู่บ้านหนองรี     ในเวลานั้นชาวจีนได้อพยพไปอยู่ในจังหวัดอื่นเกือบหมดแล้ว เนื่องจากถนนสายนี้สร้างช้าไป คุณพ่อโกเชต์เห็นความจำเป็นที่จะต้องสร้างวัดและบ้านพักซิสเตอร์ใหม่ เพราะวัดไม้ของคุณพ่อโอลลิเอร์        และบ้านซิสเตอร์ชำรุ ดทรุดโทรมมาก   ถูกปลวกทำลายฝาผนัง    และเพดานจนเกือบหมด  แต่ไม่มีงบประมาณสร้าง คุณพ่อโกเชต์จึงต้องไปเรี่ยรายตามวัดต่างๆทั่วประเทศหลายครั้งจนวัด สามารถสร้างเสร็จ และทำการเสกในปี 1957
• คุณพ่อวิศิษฏ์    หริพงศ์ (1968) มาเป็นเจ้าอาวาสท่านได้สร้างบ้านพักพระสงฆ์ใหม่    และเป็นผู้ขอโฉนดที่ดินวัดห นองรีได้เป็นผลสำเร็จ   ในปี    1969 พระอัครสังฆราชยวง นิตโย ได้อนุญาตให้คุณพ่อแวร์ดิเอร์ เปิดอารามฤษี    ซึ่งอยู่ใกล้กับวัดนักบุญยอแซฟ  คุณพ่อวิศิษฏ์จึงยกที่ดินแปลงหนึ่งเนื้อที่ประมาณ 33 ไร่ ให้เป็นที่พักและที่ทำกินของฤษีใหม่ อารามพระคริสตารามนี้
• สมัยคุณพ่อลารเกกลับมาเป็นเจ้าอาวาสในปี 1975 ในเวลานั้นรัฐบาลมีนโยบายให้ผู้เช่านาได้เป็นเจ้าของที่ดิน    ดังนั้น พระสังฆราชจึงสั่งให้ขายที่นาของวัดหนองรีแก่ผู้เช่าที่ประสงค์จะซื้อ   คุณพ่อลารเกจึงได้จัดการแบ่งที่นาวัดหนองรีขายให้แก่ผู้เช่าเดิม  และเพื่อให้ชาวบ้านที่ซื้อที่ดินทำนาได้รับความสะดวกท่านจึงตัด และถมถนนหลายๆสายและยกให้เป็นทางสาธารณะ คุณพ่อได้สร้างรั้วล้อมรอบที่วัด โรงเรียน และสุสาน  สร้างอาคารเรียนหลังใหม่และศาลานักเรียน 
• คุณพ่อไพริน        เกิดสมุทร (1983-1986) ท่านได้สร้างศาลาประชาคมซึ่งสร้างค้างไว้ตั้งแต่สมัยคุณพ่อลารเกจนเสร็จสมบูรณ์     นอกจากนี้ยังได้จัดตั้งคณะกรรมการสภาวัดขึ้นเพื่อช่วยเหลือกิจการต่างๆของวัด  คุณพ่อสมพร เส็งเจริญ (1986-1991) ได้เล็งเห็นความสำคัญของโรงเรียนของวัดได้ปรับปรุงห้องเรียน สุขภัณท์ อุปกรณ์การเรียนการสอน เพื่อให้โรงเรียนอยู่ในมาตรฐานที่ดีขึ้น   ส่งเสริมกิจกรรมต่างๆของโรงเรียนเพื่อให้เป็นที่รู้จักของคนทั่วไป นอกจากนี้คุณพ่ อยังได้จัดสร้างถ้ำแม่พระขึ้น เพื่อนำความศรัทธาของบรรดาสัตบุรุษให้เพื่มพูนขึ้นด้วย
• คุณพ่อศิริพจน์ สกุลทอง (1991-1993)เป็นเจ้าอาวาส
• คุณพ่อสุรพันธ์ ดาวพิเศษ (1994-1998) เป็นเจ้าอาวาส
• คุณพ่อคมสันต์  ยันต์เจริญ(1999-ปัจจุบัน) เป็นเจ้าอาวาส
• คุณพ่อพงษ์เกษม สังวาลย์เพ็ชร ( 10 พฤษภาคม 2004 - 2005 ) ย้ายไปเป็นเจ้าอาวาสวัดพระบิดาเจ้า
• คุณพ่อมาโนช สมสุข ( 1 พฤษภาคม 2005  - 12 พฤษภาคม 2009 ) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส ได้รับแต่งตั้งให้เป็นเจ้าอาวาสวัดแม่พระฟาติมา บางวัว
• คุณพ่อสุทศ ประมวลพร้อม ( 13 พฤษภาคม 2009  - 29 เมษายน 2011  คุณพ่อทำหน้าที่เจ้าอาวาสวัดซางตาครู้ส ปี 2009 ได้รับแต่งตั้งให้เป็นเจ้าอาวาส ปี 2011  ศึกษาต่อต่างประเทศ
• คุณพ่อวิจิตต์ แสงหาญ ( 30 เมษายน 2011 - ปัจจุบัน ) ย้ายจากวัดเซนต์จอห์น มาดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดองค์ปัจจุบัน