เมื่อปี ค.ศ.1896 คุณพ่อกียู เจ้าอาวาสวัดนครชัยศรี ได้ทราบว่ามีคริสตังจีน 2-3 ครอบครัวอพยพมาทำมาหากินทำนำ และค้าขาย ในแถบหัวตะเข้เขตพระโขนง ท่านจึงมาดูแลสร้างวัดไม้ไผ่กลางทุ่งนาเพื่อคริสตชนกลุ่มนี้จะได้สามารถมาประชุมสวดภาวนาและร่วมมิสซา ได้ทุกวันอาทิตย์ และท่านตั้งใจที่จะบูรณะวัดนี้ให้เมือกับวัดอื่นๆ

 ท่านดูแลคริสตังที่นี่ได้ไม่นานก็ต้องย้ายไปเป็นเจ้าอาวาสที่หัวไผ่ในปีนั้นเอง   บรรดาคริสตังที่นี่ เมื่อเห็นว่าไม่มีพระสงฆ์ม าเยี่ยมพวกเขา จึงไปติดต่อคุณพ่อแดซาลส์ เจ้าอาวาสวัดกาลหว่าร์ ขอให้ช่วยส่งพ่อปลัดสักองค์มาทำมิสซา โปรดศีล เป็นครั้งคราว

• ปี ค.ศ.1898 เมื่อคุณพ่อแดซาลส์ได้สร้างวัดกาลหว่าร์หลังใหม่เสร็จเรียบร้อยแล้ว ก็ได้มาดูแลทีี่หัวตะเข้ ท่านได้ซื้อท ี่ดินสำหรับสร้างวัดใหม่และซื้อที่นาเพิ่มอีกหลายร้อยไร่ ต่อจากนั้น ท่านได้ส่งคุณพ่อริชาร์ต ปลัดของท่านซึ่งดูแลวัดปากลัดและวัดปากน้ำอยู่ในเวลานั้น ให้มาดูแลคริสตังเขตพระโชนง (หัวตะเข้)ด้วย คุณพ่อริชาร์ดได้สร้างวัดไม้ขึ้นใหม่แทนวัดไม้ไผ่หลังเดิม นับตั้งแต่นั้นมา วัดหัวตะเข้ก็เป็นสาขาของวัดกาลหว่าร์เช่นเดียวกับปากลัด วัดปากนำ้ บางเชือกหนัง ฯลฯ   คุณพ่อริชาร์ดดูแลวัดหัวตะเข้ตั้งแต่ปี ค.ศ.1898 ถึง ค.ศ.1907 ร่วมกับคุณพ่อดอมินิกดอง
• ต่อจากนั้น   คุณพ่อเจ้าอาวาสวัดกาลหว่าร์ก็ได้ส่งพ่อปลัดมาดูแลวัดหัวตะเข้เป็นระยะไป พ่อปลัดที่เคยมาอยู่ประจำเป็นเวลานาน ได้แก่ คุณพ่อเอมิล,  คุณพ่อบุญไทย, คุณพ่อเทโอฟิล มีบรรดามิชชันนารีที่มาอยู่ประจำเพื่อเรียนภาษา คือ คุณพ่อแปร์เรย์ คุณพ่อมีรโก  (เบธาราม) และคุณพ่ออัลบันตอส นอกนั้นก็เป็นพระสงฆ์ที่ไปๆ มาๆ ไม่ได้อยู่ประจำ ได้แก่ คุณพ่อโอลลิเอร์, คุณพ่อซิริล, คุณพ่อยออากิม, คุณพ่อกิมฮั้ง, คุณพ่ออาแมสตอย เป็นต้น
• ในปี ค.ศ.1962 คุณพ่อบัณฑิต ปรีชาวุฒิ ได้มาดูแลวัดหัวตะเข้  ท่านได้รื้อวัดเก่าของคุณพ่อริชาร์ดซึ่งชำรุดทรุดโทรมมาก   และสร้างวัดใหม่กับโรงเรียน   เป็นไม้ ท่านดูแลวัดหัวตะเข้จึงถึงปี ค.ศ.1967 จึงย้ายไปวัดนครชัยศรี วัดหัวตะเข้ยังคงเป็นสาขาของวัดกาลหว่าร์จนถึงปี ค.ศ.1975
• เมืื่อวันที่ 8 สิงหาคม 1975 พระอัครสังฆราชมีชัีย  กิจบุญชู  ได้แต่งตั้งคุณพ่อชวลิต  กิจเจริญ   เป็นเจ้าอาวาสวัดหัวต ะเข้   และวัดหนองจอก ต่อมาวันที่ 8 กุมภาพันธ์ ค.ศ.1985 พระอัครสังฆราชมีชัย  กิจบุญชู ได้แยกวัดหัวตะเจ้จากวัดหนองจอก  และแต่งตั้งให้คุณพ่อประเวศ พันธุมจินดา   เป็นเจ้าอาวาสปกครองดูแลวัดหัวตะเข้ ต่อมาคุณพ่อประเวศประสบอุบัติเหตุเสียชีวิต คุณพ่อพงษ์เกษม สังวาลย์เพชร ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสองค์ต่อมาในปี ค.ศ.1985-1989      และคุณพ่อธีรวัฒน์ เสนางค์นารถ ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสในปี ค.ศ.1989 ได้รื้อวัดหลังเก่าและใช้อาคารเรียนเป็นที่ถวายบ ูชามิสซา   พร้อมกับเริ่มลงมือก่อสร้างวัดใหม่ในปี ค.ศ.1991
• วันที่ 1 พฤษภาคม ค.ศ.1994 ถึง ค.ศ.1998 คุณพ่อศรีปราชญ์ ผิวเกลี้ยง เป็นเจ้าอาวาส
• คุณพ่อ ไพฑูรย์ หอมจินดา  ( 10 พฤษภาคม 2004 - 12พฤษภาคม 2009 ) เจ้าอาวาส ได้รับแต่งตั้งให้เป็นเจ้าอาวาสวัดแม่พระลูกประคำ กาลหว่าร์
• คุณพ่อศุภศิลป์ สุขสุศิลป์ ( 13 พฤษภาคม 2009 -  30 เมษายน 2013 ) คุณพ่อทำหน้าที่เจ้าอาวาสวัดนักบุญเปาโล บ้านนา จ.นครนายก และ ปี 2009 ได้รับการแต่งตั้งให้ทำหน้าที่คุณพ่อเจ้าอาวาส ย้ายไปเป็นเจ้าอาวาสวัดนักบุญยอแซฟ ตรอกจันทน์
• คุณพ่อชูศักดิ์ บุญอนันตบุตร ( 30 เมษายน 2011 - 2011) ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดแม่พระประจักษ์เมืองลูร์ด หัวตะเข้ และย้ายไปช่วยงานอภิบาบวัดนักบุญอันนาท่าจีน
• คุณพ่อสมหมาย มธุรสสุวรรณ ( 5 พฤษภาคม 2012 -  ปัจจุบัน ) ช่วยงานอภิบาลวัดแม่พระประจักษ์เมืองลูร์ด หัวตะเข้
• คุณพ่อเอกพร นิตโย ( 1 พฤษภาคม 2013-  ปัจจุบัน )