เดิมที มีคริสตังจีนหลายครอบครัว ซึ่งมาจากเมืองจีนบ้าง มาจากคลองสิบสองลำไทรบ้าง     มาทำการค้าขายอยู่ในตลาดหนองจอก  ต่อมาในปี 1918 คุณพ่อดือรังด์ เจ้าอาวาสวัดลำไทร ได้มาเช่าที่ดินแปลงหนึ่งอยู่ใกล้ๆตลาดหนองจอก และปลูกบ้านหลังหนึ่งแบ บห้องแถว ห้องหนึ่งใช้เป็นโรงสวด เพื่อให้บรรดาคริสตังมาประชุมสวดภาวนาทุกวันอาทิตย์  และอีกห้องหนึ่งใช้เป็นที่พักของพระสงฆ์ที่มาประกอบพิธีมิสซา และโปรดศีลศักดิ์สิทธิ์   คุณพ่อดือรังด์ได้มาทำมิสซา แปลคำสอน ตามปกติอย่างน้อยเดือนละครั้ง   และโปรดศีลล้างบาป     เมื่อมีเด็กเกิดใหม่   การโปรดศีลล้างบาปที่หนองจอกจะบันทึกไว้ในบัญชีศีลล้างบาปของวัดลำไทร แต่จะเขียนชื่อวัดว่า "ในโรงสวดหนองจอก"

 ปี  1921คุณพ่อฟูยาต์ได้มาดูแลวัดหนองจอกแทนคุณพ่อดือรังด์ ท่านมาดูแลคริสตังที่นี่เป็นประจำและในบางครั้งก็ส่งพ่อปลัดมาพักอยู่หลายๆ วันติดต่อกัน เป็นระยะๆ    เพื่อจะได้มีเวลาเยี่ยมเยือนบรรดาคริสตัง และทำงานแพร่ธรรม

  ในปี 1935 คุณพ่อฟูยาต์ถูกเรียกไปฮ่องกง คุณพ่อดือรังด์จึงเป็นผู้มาดูแลแทน   และได้ไปเยี่ยมเยือนคริสตังที่นี่เหมือนเช่นเดิ ม  พร้อมกับส่งพ่อปลัดมาด้วย คือคุณพ่ออาแบล เก็ง พานิชอุดม ปลายปี1940 เกิดกรณีพิพาทอินโดจีน คุณพ่อดือรังด์ต้องย้ายเข้ากรุงเทพฯก่อน คุณพ่ออาแบลจึงต้องรับเป็นเจ้าอาวาสวัดลำไทรแทน  และไม่ได้มาทำมิสซาโปรดศีลในโรงสวดที่ตลาดหนองจอกอีกเลย

 ในเดือนตุลาคม 1943 พระสังฆราชแปร์รอส ได้ย้ายคุณพ่ออังเดร พลอย โรจนเสน จากวัดคอนเซป ชัญ มาดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสว ัดหนองจอก และบัญชีศีลล้างบาปของวัดหนองจอกก็เปิดในปีนี้เองในตอนแรกท่านทำมิสซาโปรดศีลในโรงสวดเก่าใกล้ตลาด  ท่านตั้งใจที่จะสร้างวัดใหม่แทนโรงสวดเก่าจึงเริ่มมองหาที่  และทำเลที่เหมาะสม  

 ท่านเห็นว่าที่เก่าซึ่งใกล้ตลาดและใกล้คริสตังดีก็คับแคบเกินไป  ส่วนที่สามแยกกระทุ่มรายซึ่งมีคริสตังมาตั้งหลักแหล่งอยู่ ก็ ห่างจากกลุ่มคริสตังเดิมที่ตลาดหนองจอกเกินไปพระสังฆราชแปร์รอสจึงเลือกที่ดินบริเวณกึ่งกลางระหว่างตลาดและสามแยกเป็นสถานที่สร้างวัดใหม่ และในปี 1945 คุณพ่ออังเดรก็ลงมือสร้างวัด ใหม่เป็นเรือนไม้  2 ชั้น   ชั้นบนใช้เป็นวัด  ส่วนชั้นล่างใช้เป็นที่พักอาศัย   ทำพิธีเสกและถวายแด่นักบุญเทเรซาแห่งพระกุมารเยซูในเดือนตุลาคม  1945  ท่านเห็นว่าบริเวณรอบวัดยังไม่ บ้านคริสตังเลย   จึงได้ขอร้องให้คริสตังแถวคลอง 15, 16 มาปลูกบ้านอยู่ในบริเวณรอบวัด     ต่อมาอาศัยความร่วมมือจากสัตบุรุษที่นั่น   ท่าน ได้ซื้อไม้กระดานมาต่อเติมหลังวัดและใช้เป็นที่พักพระสงฆ์ ต่อจากนั้นก็ได้สร้างโรงเรียน    และตั้งชื่อว่า "โรงเรียนเซนต์เทเรซา" ท่านเป็นเจ้าอาวาสปกครองดูแลวัดหนองจอกจนถึงเดือนมีนาคม 1963 จึงลาเกษียณเมื่ออายุ 80 ปี  ในสมัย ที่คุณพ่ออังเดรเป็นเจ้าอาวาสนั้นมีพ่อปลัดมาช่วยที่วัด ได้แก่ คุณพ่อลออ สังขรัตน์ ซึ่งได้เป็นผู้วิ่งเต้นหาเงินซื้อเครื่องกำเนิดไฟฟ้า และสร้างหอระฆัง คุณพ่อกีรติ บุญเจือ และคุณพ่อเสวียง ศุระศรางค์ ซึ่งเป็นปลัดวัดลำไทร ก็มาช่วยบ่อยครั้ง

ในปี   1963  วัดหนองจอกก็กลับไปอยู่ภายใต้การดูแลของคุณพ่ออาแบล  เจ้าอาวาสวัดลำไทรอีกครั้งหนึ่ง       ท่านพิจารณาเห็นว่ าเรือนไม้ที่คุณพ่ออังเดร ได้สร้างไว้ เก่าและทรุดโทรมไปมากไม่เหมาะที่จะเป็นที่พำนักของพระเป็นเจ้าจึงได้มีความคิดที่จะสร้างวัดใหม่    และเนื่องจากทางวัดไม่มีเงินทุนพอจึงต้องขายที่นา เพื่อนำเงินมาก่อสร้างวัดใหม่ ในโอกาสฉลองวัดวันที่ 17 พฤศจิกายน 1968 พระอัครสังฆราชยวง นิตโย  ได้เสกศิลาฤกษ์  และเดือนมีนาคม 1969   ก็ลงมือก่อสร้างวัดใหม่ ทำพิธีเสกในวันที่ 6 พฤศจิกายน 1969 นอกจากการสร้างวัดแล้วยังได้สร้างบ้านพักพระสงฆ์และอาคารโรงเรียนใหม่ด้วย

• คุณพ่อสังวาลย์ ศุระศรางค์ (1970-1971)เป็นเจ้าอาวาส และรวมทั้งเป็นเจ้าอาวาสวัดหัวตะเข้ด้วย
• คุณพ่อเจ้าอาวาสองค์ต่อๆมาของวัดหนองจอกก็ได้รับหน้าที่อันเดียวกันจนถึงปี  1985 เจ้าอาวาสวัดหนองจอกก็ได้ทำงานบร ิหารวัดของตนเองอย่างเต็มที่  มีการปรับปรุงอาคารเรียนต่างๆอย่างสม่ำเสมอ จนในปี 1989
• คุณพ่อกิตติศักดิ์ กาญจนธานินทร์ (1989-1994)เป็นเจ้าอาวาส ได้เริ่มปรับปรุงวัดและโรงเรียนครั้งใหญ่ ดำเนินงานถมดินและก่อสร้างโรงอาหารหลังใหม่ขึ้นแล้วเสร็จในปี 1991 คุณพ่อได้เริ่มนำคอมพิวเตอร์เข้ามาใช้ในการเรียนการสอนของโรงเรียน และในการบริหารงานวัดด้วย
• คุณพ่อสมพร เส็งเจริญ (1994-1998) เป็นเจ้าอาวาส
• คุณพ่อพจนารถ นิรมลทินวงศ์ (1999-2004 ) เป็นเจ้าอาวาส
• คุณพ่อสุขุม กิจสงวน ( 10 พฤษภาคม 2004 - 12 พฤษภาคม 2009  ) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส และได้รับแต่งตั้งให้เป็นเจ้าอาวาสวัดดวงหทัยนิรมลของแม่พระ
• คุณพ่อบัณฑิตย์ ประจงกิจ ( 13 พฤษภาคม 2009 - ปัจจุบัน) ย้ายมาจากวัดคอนเซ็ปชัญ ปัจจุบันได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแ หน่งเจ้าอาวาสองค์ปัจจุบัน