เมื่อปี 1896 คุณพ่อแดซาลส์ เจ้าอาวาสวัดกาลหว่าร์ ต้องการที่จะเปิดกลุ่มคริสตชนใหม่ เพื่อขยายพระศาสนจักรในประเทศสยาม ท่านพิจารณาเห็นว่า ได้มีการขุดคลองหลายสายผ่านทุ่งราบว่างเปล่าทางตะวันออกของแม่น้ำเจ้าพระยา ท่านจึงเรียกประชุมบรรดาเถ้าแ ก่วัดกาลหว่าร์เพื่อปรึกษาในเรื่องนี้ และได้ตกลงให้จัดตั้งบริษัทขึ้นมีชื่อว่า บริษัททำนาลำไทร      เพื่อจะได้รับพระราชทานสิทธิ์ในการซื้อที่ดิน แปลงใหญ่จากรัฐบาลมาทำเป็นทุ่งนา

เมื่อได้ที่ดินมาแล้วในปี 1897 คุณพ่อแดซาลส์ได้เรียกพ่อปลัดของท่านคือ คุณพ่อยวงเฮียง      ซึ่งในเวลานั้นกำลังทำงานแพร่ธรรมอย ู่ แถบปากลัด     และปากน้ำหลายปีแล้ว    ให้เป็นผู้แทนของท่านมาอยู่ลำไทรที่ลำไทรนี้    คุณพ่อยวงเฮียงได้จัดการแบ่งที่ดินให้คริสตังจีนหลายครอบครัวที่มาขอทำมาหากินได้ทำนา    และในคราวเดียวกันก็มีชาวจีนที่เป็นคนต่างศาสนามาขออาศัยอยู่ด้วย    ซึ่งคุณพ่อยวงเฮียงก็ยินดีต้อนรับท่านเริ่มสร้างโรงสวดเป็นไม้ และใช้ห้องหนึ่งเป็นที่พักอาศัยของท่าน และศูนย์แพร่ธรรม ในไม่ช้า จำนวนคริสตังและผู้สมัครเรียนคำสอนก็ทวีขึ้นเรื่อยๆ        ทำให้คุณพ่อแดซาลส์ต้องส่งพ่อปลัดมาช่วยคุณพ่อยวงเฮียงอีกองค์หนึ่งคือ คุณพ่อมัทธิอัส บุญ ตั้งแต่ปี 1899 ถึงปี 1903

• ปี 1903 คุณพ่อแดซาลส์ป่วยต้องกลับไปรักษาตัวที่ประเทศฝรั่งเศส คุณพ่อฟูยาต์ได้รับแต่งตั้งให้เป็นผู้รักษาการณ์แทนเจ้าอ าวาสวัดกาลหว่าร์   และดูแลวัดลำไทรด้วย คุณพ่อยวงเฮียงเห็นว่ามีตลาดอีกแห่งหนึ่งซึ่งกำลังขยายตัว เหมาะที่จะไปตั้งกลุ่มคริสตชน ท่านจึงขอผู้ช่วยอีกคนหนึ่งเพื่อท่านจะได้มีเวลาว่างพอที่จะไปตั้งศูนย์แพร่ธรรมแห่งใหม่ที่คลอง 17 ได้  ในปีนั้นเองท่านก็ได้คุณพ่อกีญารด์มาเป็นผู้ช่วยจนถึงปี   1904  คุณพ่อกีญารด์ก็ได้ย้ายไปวัดคอนเซปชัญ     ส่วนตัวท่าน ได้ไปเปิดวัดใหม่ที่เสาวภา (หัวควาย)
• ปี 1905 คุณพ่อดือรังด์ มาเป็นเจ้าอาวาสวัดลำไทร ในเวลานี้วัดลำไทรเป็นอิสระไม่ต้องขึ้นกับวัดกาลหว่าร์อีกต่อไปแล้ว      ค ุณพ่อยวงเฮียงก็ยังคงทำหน้าที่พ่อปลัดอยู่โดยช่วยที่ลำไทรบ้าง ไปที่คลอง 17 (หัวควาย)     เพื่อตั้งกลุ่มคริสตชนใหม่ให้มั่นคง และตั้งแต่ปี 1906 ท่านก็ต้องไปดูแลวัดบ้านเล่า (นครนายก)    ด้วย ปี  1907  คุณพ่อยวงเฮียงก็ยังคงมาช่วยงานที่วัดลำไทรทุกๆเดือน   ต่อมาในปี   1911  ท่านต้องไปบุกเบิกวัดหนองรี ดังนั้นคุณพ่อดือรังด์จึงต้องขอพ่อปลัดองค์อื่นมาช่วยงา นอีก เพราะท่านกำลังก่อสร้างวัดใหม่ เนื่องจากวัดเก่าเล็กเกินไปสำหรับคริสตชนที่นี่ซึ่งกำลังขยายตัว ท่านได้สร้างวัดใหม่เป็นอิฐ แข็งแรงสวยงาม ทำพิธีเสกวันที่ 21 กันยายน1911ถวายแด่ครอบครัวศักดิ์สิทธิ์ วัดนี้จึงมีชื่อว่า"วัดพระวิสุทธิวงส์"นอกจากนี้ท่านยังได้สร้างบ้านพักพระสงฆ์อีกด้วย จำนวนคริสตังกำลังทวีขึ้น เรื่อยๆ จนคุณพ่อดือรังด์ต้องสร้างโรงสวดอื่นๆ เพื่อใช้เป็นที่ประชุมแปลคำสอน เช่น ที่คลองสิบ และที่สกัดห้า ปี 1918 ท่านได้ไปเปิดโรงสวดที่หนองจอก    คุณพ่อดือรังด์ ดูแลคริสตังที่วัดลำไทรจนถึงปี1921 ก็ได้เดินทางไปพักผ่อนที่ประเทศฝรั่งเศส
• คุณพ่อฟูยาต์ได้เป็นเจ้าอาวาสองค์ต่อมาแทนคุณพ่อดือรังด์ นอกจากท่านจะต้องดูแลวัดลำไทรแล้ว ยังต้องปกครองดูแลวัดหนองจอกด้วย   ทั้งไปดูแลเองและส่งพ่อปลัดไปแทน จนถึงปี 1935 ท่านได้เดินทางออกจากประเทศไทยไปอยู่ที่บ้านนาซาแร็ธ ที่ฮ่องกง
• คุณพ่อดือรังด์ได้มาเป็นเจ้าอาวาสวัดลำไทรอีกเป็นครั้งที่สองจนถึงกรณีพิพาทอินโดจีน   ในปี 1941 ท่านต้องออกเดินทางพ ร้อมด้วยเพื่อนมิชชันนารีอีก 13 องค์ ไปลี้ภัยอยู่ในโคชินไชน่า ปี 1940 คุณพ่ออาแบล ซึ่งเป็นพ่อปลัดก็ได้รับแต่งตั้งให้เป็นเจ้าอาวาส และนับเป็นพระสงฆ์ไทยองค์แรกที่เป็นเจ้าอาวาสของวัดลำไทร นอกจากจะดูแลวัดลำไทรแล้วคุณพ่อยังต้องดูแลวัดหนองจอกด้วย แต่ท่านก็มีพ่อปลัดเป็นผู้ช่วยแบ่งเบางานอยู่เสมอ จนถึงปี 1970 ท่านได้ย้ายไปวัดนครชัยศรี
• คุณพ่อบัณฑิต ปรีชาวุฒิ(1970) เป็นเจ้าอาวาส ท่านได้ปรับปรุงบูรณะวัดให้อยู่ในสภาพดี
• คุณพ่ออติญาณ พงศ์หว่าน (1979-1984)ได้ปรับปรุงบริเวณรอบวัดและหารายได้เข้าวัดโดยการเลี้ยงปลางานที่สำคัญได้แก่ การดำเนินงานก่อสร้างสะพานข้ามคลองเพื่อให้รถสามารถเข้ามาถึงบริเวณวัดได้
• คุณพ่อวิจิตร ลิขิตธรรม (1984-1989) ได้รื้อบ้านพักพระสงฆ์หลังเก่าออกไป และย้ายมาอยู่ในอาคารเรียนซึ่งไม่ได้ใช้ทำกา รสอนแล้ว   และปรับปรุงบริเวณบ้านพักพระสงฆ์หลังเก่านั้นให้เป็นถ้ำแม่พระ
• คุณพ่อประสาร คูรัตนสุวรรณ (1989-1995)เป็นเจ้าอาวาสได้ซ่อมแซมบูรณะวัดครั้งใหญ่ ทั้งภายนอกและภายในภายนอกได้ทาสี       และซ่อมแซมประตูหน้าต่าง รวมทั้งหอระฆังเสียใหม่ ส่วนภายในได้ปรับปรุงบริเวณพระแท่น รวมทั้งได้วาดภาพฝาผนังหลังพระแท่น โดยใช้รูป การตัดสินครั้งสุดท้าย (The Last Judgement) ของไมเคิ้ล อันเจโล ในปี 1991
• คุณพ่อประทีป กีรติพงศ์ (1995-1998) เป็นเจ้าอาวาส
• คุณพ่อธนันชัย กิจสมัคร(1999- 2004) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส
• คุณพ่อสมพร  เส็งเจริญ (2004 - 2006) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส
• คุณพ่อธนากร เลาหบุตร ( 2006 -12 พฤษภาคม 2009 ) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส ได้รับแต่งตั้งให้ศึกษาต่อต่างประเทศในด้า นการศึกษาคาทอลิก
• คุณพ่อศุภกิจ เลิศจิตรเลขา (13 พฤษภาคม 2009 - ปัจจุบัน ) ย้ายจากวัดแม่พระประจักษ์เมืองลูร์ด บางสะแก ปัจจุบันได้รับแต่งตั้งให้เป็นเจ้าอาวาสองค์ปัจจุบัน
• คุณพ่อเอกชัย โสรัจจกิจ ( 5 พฤษภาคม 2012 - ปัจจุบัน) ช่วยงานอภิบาลวัดพระวิสุทธิวงส์ ลำไทร จิตตาภิบาลคณะธิดาเมตตาธรรม