เมื่อทหารพม่าบุกเข้าทำลายกรุงศรีอยุธยาในปี ค.ศ.1767 คริสตังที่กรุงศรีอยุธยาต่างก็หลบหนีกระจัดกระจายไปในที่ต่างๆ จนกระทั่งสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชกู้อิสรภาพจากพม่าได้สำเร็จ และได้ทำพิธีราชาภิเษกขึ้นเป็นพระเจ้ากรุงธนบุรีแล้ว คุณพ่อก อรร์ (Corre) ซึ่งลี้ภัย ไปอยู่ประเทศเขมรจึงได้เดินทางกลับมายังเมืองบางกอก วันที่ 4 มีนาคม ค.ศ.1769 พร้อมด้วยคริสตัง 4 คน เป็นญวน 3 คน และไทย 1 คน ชาวโปรตุเกสคนหนึ่งที่บางกอกได้รับ คุณพ่อที่บ้านของตน ในวันรุ่งขึ้น คุณพ่อกอรร์ได้เข้าเฝ้าสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช และได้รับการต้อนรับอย่างดี พระองค์ได้ประทานเงิน  20 เหรียญ (กษาปณ์) กับเรือหนึ่งลำ แก่คุณพ่อ และยังสัญญาจะพระราชทานที่ดินแปลงหนึ่งสำหรับสร้างวัด

     คุณพ่อกอรร์เป็นพระสงฆ์ที่ขยัน เข้าใจการทำงาน และมีใจร้อนรนเพื่อการศาสนาโดยแท้ คุณพ่อได้พบคริสตังจำนวน 14 คน รวมกันอยู่ใกล้ๆ ป้อมแห่งหนึ่งที่บางกอก และคริสตังจากที่อื่นๆ อีก 108  คน  ได้มาหาคุณพ่อ คุณพ่อกอรร์คาดหวังว่าถ้ารวบรวมคริสตังที่หนีกระจัดกระจายกลับมาแล้ว คงจะรวบรวมได้ราว 400 คน ซึ่งคริสตังเหล่านี้ส่วนใหญ่เป็นลูกหลานชาวโปรตุเกส
 
 
       ในที่สุด คุณพ่อกอรร์ก็ได้รับพระราชทานที่ดินซึ่งเป็นที่ดอนแห่งหนึ่งตามที่สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชทรงสัญญาไว้ และการโอนที่ดินได้ทำสำเร็จเด็ดขาด  เมื่อวันที่ 14 กันยายน
ค.ศ.1769 คุณพ่อกอรร์จึงตั้งชื่อที่ดินผืนนี้ว่า “ค่ายซางตาครู้ส” เพื่อระลึกถึงวันที่ได้รับพระราชทานที่ดิน ซึ่งตรงกับวันฉลองเทิดทูนไม้กางเขน และคุณพ่อกอรร์ก็ได้จัดสร้างวัดน้อยชั่วคราวขึ้นหลังหนึ่งบนที่ดินผืนนี้ พร้อมกับตั้งชื่อวัดนี้ว่า  “วัดซางตาครู้ส” ในเวลา นั้นสัตบุรุษที่นี้ส่วนมาเป็นเชื้อสายโปรตุเกส
       เนื่องจากปี ค.ศ.1767-1769 ไม่มีพระสงฆ์อยู่ในเมืองไทย จึงทำให้ชีวิตคริสตังตกต่ำลงอย่างมาก เมื่อคุณพ่อกอรร์กลับมาจากประเทศเขมร คุณพ่อจึงพบว่าบ้านเมืองไม่เพียงแต่ถูกข้าศึกทำลายเท่านั้น แต่ยังมีความอดอยากด้วย เพราะฝนฟ้าไม่ตกตามฤดูกาล คุณพ่อจึงได้ให้ความช่วยเหลือเล็กๆ น้อยๆ เท่าที่คุณพ่อจะช่วยได้

         ความช่วยเหลือดังกล่าวได้ทำให้หลายคนมาเรียนคำสอนกับคุณพ่อ ซึ่งคุณพ่อก็ยอมรับพวกเขาเข้าศาสนา แต่ก็ต้องเฝ้าระวังดูพวกเขาไว้ ดังคำกล่าวของคุณพ่อที่ว่า “เราคอยระวังเล่ห์ และการโกงของเขา เราใช้มาตรการที่เที่ยงธรรมที่สุดเพื่อมิให้ถูกหลอก” จากความเมตตาของคุณพ่อเช่นนี้ ทำให้สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชได้ตรัสอย่างเปิดเผยในวันหนึ่งว่า “ไม่มีศาสนาใดเหมือนศาสนาคร ิสตัง  และไม่มีคุณพ่อองค์ใดเหมือนคุณพ่อของเขา” คุณพ่อได้รีบบันทึกถ้อยคำนี้ไว้  เพราะทำให้คุณพ่อมีความหวังมากขึ้น

       วันที่ 25 พฤษภาคม ค.ศ.1770 สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชได้เสด็จเยี่ยมคุณพ่อกอรร์ที่วัด นับเป็นเหตุการณ์ที่ไม่เคยได้ยินได้เห็นตั้งแต่พระศาสนาคาทอลิกเข้ามาในเมืองไทย และยังผิดกฎราชสำนักด้วย สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชทรงสั่งให้รื้อกระต๊อบ หลังหนึ่งลงเพื่อขยายสนามที่คุณพ่อกอรร์จะใช้ให้กว้างขวางขึ้น และพระองค์ยังทรงรับสั่งให้สร้างกำแพงวัด  ซึ่งขณะนั้นมีแค่เสาและหลังคาเท่านั้น  ในสมัยที่กล่าวถึงนี้ดูเหมือนว่าสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชจะทรงมีพระเมตตาและมีความไว้ใจพวกคริสตัง พระองค์จึงทรงเรียกให้ไปทำงานในพระราชวัง พระองค์โปรดให้คริสตังหลายคนรับราชการในกองทหารรักษาพระองค์ ติดตามพระองค์อย่างใกล้ชิดเวลาออกศึกด้วย การที่สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชทรงวางพระทัยพวกคริสตังเช่นนี้ ก็ทำให้เกิดความยุ่งยากลำบากด้วยเหมือ นกัน เพราะหลายครั้งที่ทรงใช้ให้พวกคริสตังทำกิจการนอกรีต  (ซูแปร์ตีซัง)
 
 
       ในเดือนพฤษภาคม ค.ศ.1771 พระสังฆราชเลอ บ็อง (Mgr. Le Bon) เดินทางถึงเมืองบางกอก พระสังฆราชได้เข้าเฝ้าสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช และถวายของกำนัลจากผู้สำเร็จราชการเมืองปอนดีเชอรี สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชทรงต้อนรับพระสังฆราชเป็นอย่างดี และเพื่อขอบใจสำหรับของขวัญที่ผู้สำเร็จราชการฝากมา  พระองค์จึงทรงพระราชทานที่ดินให้
วัดซางตาครู้สเพิ่มขึ้น และเรืออีก 2 ลำให้แก่มิสซัง

     ในวันที่ 25 กรกฎาคม ค.ศ.1773 คุณพ่อกอรร์ถึงแก่มรณภาพ ซึ่งนับเป็นการสูญเสียที่ยิ่งใหญ่ไม่เพียงแต่สำหรับวัดซางตาครู้ส
เท่านั้น แต่ยังสำหรับมิสซังด้วย เพราะคุณพ่อเป็นคนทำงานที่เข้มแข็ง และเป็นธรรมทูตคนเดียวที่พูดภาษาไทยได้ หลังจากที่
คุณพ่อกอรร์ได้มรณภาพแล้ว พระสังฆราช เลอ บ็อง จึงรับหน้าที่ดูแลวัดซางตาครู้ส ผลัดกันระหว่างคุณพ่อการ์โนลต์(Garnault) และค ุณพ่อกูเด (Coud?) เนื่องจากขณะนั้นในสยามมีมิชชันนารีเหลืออยู่เพียง 3 คนเท่านั้น คุณพ่อกูเดเป็นคนหนึ่งที่มีความคิดอ่าน ปฏิภาณเฉียบแหลมเกินอายุ  หนึ่งปีหลังจากคุณพ่อมาถึงเมืองไทย คุณพ่อได้เขียนถึงสภาพมิสซังไว้ว่า “คริสตังในสยามมีจำนวนน้อยมาก  เกือบทุกคนเป็นเชื้อสายโปรตุเกส  และเข้ากับธรรมทูตฝรั่งเศสได้ไม่ดีนัก ข้าพเจ้าเชื่อว่าพวกเขาคงชอบ
พระสงฆ์โปรตุเกสมากกว่า” อย่างไรก็ตาม คุณพ่อการ์โนลต์ได้บอกว่า สภาพเช่นนี้กำลังจะเปลี่ยนไป  และ... “พวกนี้เริ่มไว้ใจเรามากข ึ้น  ไม่จำเป็นแล้วที่ต้องรู้ภาษาโปรตุเกส เพราะเกือบทุกคนเข้าใจภาษาไทย และในไม่ช้าทุกคนก็จะเข้าใจ เราสอนคำสอนทั้งหมดเป็นภาษาไทย และเด็กๆ เรียนภาษาไทย เพื่อเรียนคำสอน...” คุณพ่อกูเดยังให้ข้อสังเกต เกี่ยวกับงานธรรมทูต ซึ่งก่อนหน้านั้นไม่มีใครคิดถึง คุณพ่อเขียนไว้ว่า “ที่นี่ (ซางตาครู้ส) มีคนจีนอยู่มาก ดูเหมือนจะสอนคนจีนให้กลับใจได้ง่ายกว่าคนไทย พวกนี้อยู่ในประเทศสยามเหมือนกับคนไม่มีศาสนา เขาถือศาสนาของคนไทยเป็นพิธีมากกว่า พระเจ้าแผ่นดินไม่ได้ห้ามเขาเป็นคริสตัง และถือ ว่าเขาเป็นเหมือนคนต่างด้าว มิชชันนารีที่รู้จักภาษาจีนจะทำประโยชน์ได้มากในเมืองสยาม” ข้อสังเกตของคุณพ่อกูเดเกี่ยวกับการกลับใจของคนจีนนั้นเป็นความเข้าใจที่ถูกต้อง เพราะการกลับใจของคนไทยนับวันมีแต่จะยากขึ้น อุปนิสัย การอบรม ขนบธรรม เนียมประเพณี ล้วนแต่กีดกันไม่ให้คนไทยมาถือศาสนาคาทอลิก มิหนำซ้ำสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชยังทรงชอบใช้อำนาจบังคับ อุปสรรคในการเข้านับถือศาสนาจึงยิ่งทวีมากขึ้น

     ในปี ค.ศ.1775 พระสังฆราชเลอ บ็อง ตัดสินใจไม่ส่งเณรไปบ้านเณรที่ปอนดีเชอรี จึงได้เปิดบ้านเณรที่บางกอก คือ
บ้านเณรซางตาครู้ส ซึ่งมีเณร 6 คน และท่านพระสังฆราชตั้งใจจะเรียกเณรจากปอนดีเชอรีกลับมาด้วย ทั้งนี้เพราะค่าใช้จ่ายในการส่งเณรไปแพงมากเกินไปสำหรับมิสซังซึ่งยากจน โดยพระสังฆราชได้มอบหน้าที่ให้คุณพ่อการ์โนลต์เป็นอธิการบ้านเณร

       ทุกปีในเดือนกันยายน มีพิธีถือน้ำพิพัฒน์สัตยา เป็นธรรมเนียมการสาบานของบรรดาข้าราชการต่อพระเจ้าแผ่นดิน ซึ่งเป็นการทำกิจการนอกรีต (ซูแปร์ติซัง) พระสังฆราชจึงห้ามข้าราชการคริสตังกระทำ ในเดือนมีนาคม ค.ศ.1773 พระสังฆราชเลอ บ็อง ได้ถวายฎีกาต่อพระเจ้าแผ่นดิน ทูลขออนุญาตให้พวกคริสตังทำพิธีสาบานตนตามจารีตในศาสนาของตนแทนทำพิธีถือน้ำพิพัฒน์สัตยา พระเจ้าแผ่นดินไม่ทรงตอบ อีกไม่กี่เดือนต่อมา  สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชได้เรียกประชุมพระภิกษุ ชาวมุสลิม และมิชชันนารีองค์หนึ่ ง เพื่อถกเรื่องการห้ามฆ่าสัตว์ตัดชีวิตตามที่พุทธศาสนาสอน ซึ่งพระภิกษุได้อภิปรายแสดงว่าการห้ามนั้นถูกต้อง แต่ชาวมุสลิมและมิชชันนารีได้โต้แย้ง จึงทำให้สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชทรงไม่พอพระทัยอย่างมาก  ในวันที่ 13 ตุลาคม ค.ศ.1774 พระองค์ได้ทรงประกาศกฤษฎีกาห้ามคนไทย และคนมอญนับถือคริสต์ศาสนาคริสต์และอิสลาม พระองค์สั่งว่า... “ถ้าสังฆราช มิชชันนารี หรือคริสตัง หรือมุสลิมคนใดทำคนไทยหรือคนมอญ แม้แต่คนเดียวไปเข้ารีตมุสลิม หรือคริสตัง ก็ให้จับกุมสังฆราชหรือมิชชันนารีหรือคริสต ัง หรือชาวมุสลิมคนนั้น และให้ถือว่าสมควรจะต้องตาย ให้จับกุมคนไทยหรือคนมอญที่อยากเข้ารีตมุสลิมหรือคริสตัง และให้ถือว่าสมควรจะต้องตายด้วย”
 
 
       ในปี ค.ศ.1778 สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชทรงรับสั่งให้มีการแห่ในแม่น้ำเป็นเวลา 3 วัน เป็นการเฉลิมฉลอง ประมวลข้อเชื่อถืองมงายที่ทรงแต่งขึ้น ในพิธีดังกล่าวไม่มีคริสตังไปร่วมงานด้วย  จึงทำให้พระองค์ทรงกริ้วพวกคริสตัง ร้องว่า “ข้ารู้หรอกว่า เพราะเหตุใดพวกคริสตังจึงไม่มา แต่ข้าจะต้องบังคับให้พวกนี้เชื่อฟังให้จงได้  ถ้าพระสังฆราช และพวกมิชชันนารีขัดสู้ข้า
ข้าจะฆ่าเสีย แต่เขาคงยอมให้ฆ่าเหมือนกับสัตว์” จากการกระทบกระทั่ง และการยุแหย่ต่างๆ ที่สุด ในวันที่ 1 พฤศจิกายน
ค.ศ.1779 สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช ได้ทรงมีบัญชาให้ขับพระสังฆราช และพวกมิชชันนารีทั้งสองออกไปจากราชอาณาจักร เพราะพวกมิชชันนารีขัดขวางไม่ให้คริสตังไม่ให้เข้าร่วมพิธีศาสนาของคนไทย  ในวันที่ 1 ธันวาคม  พระสังฆราชและมิชชันนารีทั้งสองไ ด้ลงเรือไปยังมะละกา  คุณพ่อกูเดเขียนว่า  “เราได้พยายามทุกอย่างเท่าที่สามารถจะทำได้ เพื่ออยู่กับคริสตังของเราต่อไป  แต่ก็ไร้ผล...”
 
 
       เป็นอันว่าตั้งแต่ปี ค.ศ.1779 ไม่มีพระสงฆ์ มิชชันนารีสักองค์เดียวในพระราช อาณาจักรไทย บ้านเณรที่ซางตาครู้สก็ล่มสูญในปี ค.ศ.1780 คุณพ่อการ์โนลต์และคุณพ่อกูเดได้เดินทางไปยังเมืองปอนดีเชอรี  เพื่อหาเรือเดินทางไปเมืองถลาง (ภูเก็ต) ส่วนพระส ังฆราชเลอ บ็อง ถึงแก่มรณภาพที่เมืองกัว ในวันที่ 27 ตุลาคม ค.ศ.1780 คุณพ่อกูเดจึงได้รับแต่งตั้งเป็นพระสังฆราชแห่งเรชี (Rh?si) และเป็นประมุขมิสซังสยาม เมื่อวันที่ 20 มกราคม ค.ศ.1782

       วันที่ 7 เมษายน ค.ศ.1782 พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกได้สำเร็จโทษสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชซึ่งมี
พระสติวิปลาส และได้ทรงขึ้นครองราชย์เป็นปฐมบรมกษัตริย์แห่งราชวงศ์จักรี พระองค์ทรงแสดงน้ำพระราชหฤทัยดีต่อชาวต่างประเทศแ ละพวกคริสตัง ในขณะเดียวกัน พระองค์ทรงยกเว้นให้ทหารคริสตังไม่ต้องถือน้ำพิพัฒฯสัตยา เมื่อทรงทราบว่า
พระสังฆราชกูเด ซึ่งทรงรู้จักเป็นส่วนพระองค์อยู่ที่ตะกั่วทุ่ง (ภูเก็ต)  จึงทรงมีพระบัญชาให้ไปเชิญพระสังฆราชมาบางกอก เพื่อปกครองพวกคริสตังที่วัดซางตาครู้ส  แต่ท่านพระสังฆราชกูเดก็มิได้มาโดยทันที  ต้องรอไปอีก 2 ปี  ในระหว่างที่พระสังฆราชยังไม่ได้มาที่บางกอกได้มีคนขอกลับใจเป็นอันมาก พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวจึงส่งทูตไปเจรจากับเจ้าเมืองมาเก๊า เพื่อขอมิชชันนารีโปรต ุเกสมาปกครองคริสตังที่วัดซางตาครู้ส  ในวันที่ 11 มีนาคม ค.ศ.1784 มีคุณพ่อฟรังซิสโก พระสงฆ์คณะโดมินิกันองค์หนึ่งเป็นชาวโปรตุเกส เดินทางมาบางกอก  ซึ่งเป็นเหตุทำให้คริสตังชาวโปรตุเกสมีความหวังว่าจะมีพระสงฆ์ชาวโปรตุเกสมาปกครองพวกเขา พวกเขาจึงยุยงให้พวกคริสตังวัดซางตาครู้ส ปฏิญาณตนจะเชื่อฟังกษัตริย์โปรตุเกสตามลัทธิ Padroado และกระพือข่าวว่ามิชชันนารีฝรั่งเศสจะไม่กลับมากรุงสยามอีกแล้ว เมื่อพระสังฆราชกูเดมาถึงบางกอกในวันที่ 4 เมษายน ค.ศ.1784 ได้เห็นสภาพที่น่าเศร้านี้ พระสังฆ ราชก็ได้แสดงพระสมณสาสน์แต่งตั้งท่านเป็นประมุขมิสซัง ซึ่งทำให้พวกคริสตังวัดซางตาครู้สส่วนมากต้อนรับท่านด้วยความยินดี  เนื่องจากท่านเป็นเจ้าอาวาสเก่าของพวกเขา แต่ก็มีบางคนหัวดื้อต่อต้านอย่างเดียวกับที่พวกโปรตุเกสได้ทำ
 
 
       ตลอดสัปดาห์ศักดิ์สิทธิ์ในปีนั้น พวกโปรตุเกสไม่มาร่วมศาสนพิธีเลย แต่ในวันอาทิตย์ปัสกา แต่ละฝ่ายขอร่วมพิธีมิสซา เฉพาะของ พระสงฆ์ที่ยอมรับนับถือว่าเป็นผู้ปกครองของตนเท่านั้น พวกโปรตุเกสได้นำเรื่องขึ้นร้องทูลกับพระอนุชาของพระเจ้าแผ่นดิน พระองค์จึงมีพระบัญชาให้พระสังฆราชกูเดมอบวัดซางตาครู้สแก่พวกโปรตุเกส พระสังฆราชกูเดจึงเรียกพวกคริสตังมาประชุมพร้อมกันและประกาศว่าท่านจะปฏิบัติตามคำสั่งของพระอนุชาของพระเจ้าแผ่นดิน คือ จะสละวัดซางตาครู้ส และท่านจะสร้างโรงสวดใหม่ แต่จะไม่ยอมให้อำนาจใดๆ แก่นักบวชโดมินิกันองค์นั้นกับชาวโปรตุเกสทั้งหมด การที่พระสังฆราชกล่าวเช่นนี้ก็มิได้มุ่งหมายเล่นงานคุณพ่อฟร ังซิสโก ความจริงคุณพ่อก็ไม่กล้าเข้าครอบครองวัดซางตาครู้ส และปฏิบัติศาสนกิจโดยไม่ได้รับอนุญาตจากประมุขมิสซัง เมื่อเกิดการแตกแยกกันขึ้นเช่นนี้  

       คุณพ่อฟรังซิสโกจึงเดินทางกลับมาเก๊าในปี ค.ศ.1785 และเพื่อเป็นการขจัดปัญหาความขัดแย้งในปี ค.ศ.1786 พระเจ้าอยู่หัวก็ได้พระราชทานที่ดินสำหรับสร้างวัดให้พวกคริสตังโปรตุเกส วัดนี้มีชื่อว่า  วัดกาลหว่าร์  พวกคริสตังเหล่านี้มีความหวังว่าสักวันห นึ่งจะมีพระสงฆ์ชาวโปรตุเกสมาปกครองพวกเขา แต่แม้ว่าจะมีผู้แทนไปมาเก๊าหลายครั้ง เพื่อขอให้ส่งพระสงฆ์โปรตุเกสมาปกครองที่วัดกาลหว่าร์ แต่ก็ไม่มีพระสงฆ์ชาวโปรตุเกสมาที่บางกอกอีกเลย ตามเหตุผลที่เจ้าเมืองมาเก๊าได้ให้ว่า พวกเขามีผู้ปกครองอยู่แล้ว คือ พระสังฆราชชาวฝรั่งเศส ซึ่งพระสันตะปาปาทรงแต่งตั้ง ที่สุดในปี ค.ศ.1808  เมื่อพวกคริสตังขาวโปรตุเกสเห็นว่าพวกตนไม่สามารถมีพระสงฆ์ชาวโปรตุเกสมาปกครองแน่แล้ว จึงค่อยๆ กลับใจยอมรับอำนาจการปกครองของมิชชันนารีฝรั่งเศส เมื่อพระสัง ฆราชกูเดถึงแก่มรณภาพในวันที่ 8 มกราคม ค.ศ.1785 คุณพ่อวิลล์แม็ง (Willemin)  จึงได้รับแต่งตั้งเป็น
เจ้าอาวาสวัดซางตาครู้สและบ้านเณรซางตา  ครู้สด้วย และคุณพ่อการ์โนลต์ก็ได้รับการอภิเษกเป็นพระสังฆราชสืบต่อมาเมื่อวันที่ 15 เมษายน ค.ศ.1787 ในปี ค.ศ.1788 พระสังฆราชการ์โนลต์ได้แต่งตั้งคุณพ่อฟลอรังส์ (Florens) เป็นเจ้าอาวาสวัดซางตาครู้ส
แทนคุณพ่อวิลล์แม็ง ซึ่งเดินทางไปปกครองคริสตังที่ไทรบุรีตั้งแต่ ปี ค.ศ.1786 จึงทำให้วัดซางตาครู้สไม่มีพระสงฆ์ปกครองอยู่ช่ว งหนึ่ง แต่ก็ยังโชคดีที่มีคุณพ่อ ลีโอต์ (Liot) ซึ่งหนีมาจากแคว้นโคชินจีน ได้มาอยู่ที่จันทบุรีชั่วคราวแวะมาที่บางกอก พวกคริสตังที่วัดซางตาครู้สจึงยังมีโอกาสได้รับศีลแก้บาปและทำปัสกา คุณพ่อฟลอรังส์ไม่เพียงแต่ดูแลวัดซางตาครู้สเท่านั้น คุณพ่อยังได้เดินทางไปดูแลที่จันทบุรีด้วย คุณพ่อจึงได้ร่วมงานกับคุณพ่อลีโอต์ ผลัดเปลี่ยนกันดูแลวัดทั้งสอง
 
 

           ในประมาณปลายปี ค.ศ.1795 หรือต้นปี  ค.ศ.1796  พระสังฆราชการ์โนลต์ได้เดินทางมาถึงบางกอก ท่านพระสังฆราชได้รวบรวมสามเณรทั้งเล็กและใหญ่ให้มาอยู่ที่บ้านเณรซางตา ครู้ส นอกจากนั้น ท่านพระสังฆราชยังได้จัดตั้งโรงพิมพ์ขึ้นที่วัดซางตาครู้สด้วย โรงพิมพ์แห่งนี้ได้พิมพ์หนังสือคำสอนซึ่งนับเป็นหนังสือเล่มแรกที่พิมพ์ขึ้นในสยาม หนังสือเล่มนี้พิมพ์ด้วยอักษรโรมัน แต่อ่าน ออกเสียงเป็นภาษาไทย หรือเรียกว่า “ภาษาวัด” (Romanized Siamese Language) หนังสือเล่มนี้มีชื่อว่า “Khamson Christang” (คำสอนคริสตัง) พระสังฆราชการ์โนลต์กับคุณพ่อฟลอรังส์ได้ช่วยกันปกครองดูแลวัดและบ้านเณรซางตาครู้สจนถึงปี ค.ศ.180 คุณพ่อฟลอรังส์  จึงเป็นเจ้าอาวาสวัดซางตาครู้สองค์เดียว  ซึ่งคุณพ่อได้มีคุณพ่อผู้ช่วยเจ้าอาวาส คือ คุณพ่อราโบ (Rabeau) คุณพ่อปาสกัลป์ และคุณพ่อเยเรมิอัส
       เมื่อพระสังฆราชการ์โนลต์มรณภาพในวันที่ 4 มีนาคม ค.ศ.1811 คุณพ่อฟลอรังส์จึงเป็นผู้ได้รับการอภิเษกเป็นพระสังฆราชสืบต่อมา  โดยคุณพ่อไปรับการอภิเษกที่เมืองโคชินจีน พิธีอภิเษกกระทำในวันที่ 12 เมษายน ค.ศ.1812 ในระหว่างที่คุณพ่อเดินทางไปรับอภิเษก คุณพ่อเยเรมิอัสซึ่งเป็นผู้ช่วย
เจ้าอาวาสวัดซางตาครู้ส ก็ได้ทำหน้าที่รักษาการแทนเจ้าอาวาส และต่อมาได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสวัดซางตาครู้สจนถึงปี ค.ศ.1814 จึงถึงแก่มรณภาพ พระสงฆ์ที่ปกครองวัดซางตาครู้สสืบต่อจากคุณพ่อเยเรมิอัส คือ คุณพ่ออันเดร ตู๊ (Andre Tu) ในปี ค.ศ.1814-1819  คุณพ่อรอดริเกส  ในปี ค.ศ.1819-1823 และคุณพ่อกราซิอานู เดอแซงต์  ซาวีเอร์  ในปี  ค.ศ.1823-1834

 ในปี ค.ศ.1820 พระสังฆราชฟลอรังส์ ได้ย้ายบ้านเณรจากวัดซางตาครู้สมาอยู่ที่อัสสัมชัญ และดำรงตำแหน่งอธิการบ้านเณรด้วย ต่อมาท่านได้ซื้อที่ดินแปลงหนึ่งติดกับบ้านเณร และได้สร้างวัดอัสสัมชัญขึ้น พระสังฆราชฟลอรังส์ถึงแก่มรณภาพในวันที่ 30 มีนาคม ค. ศ.1834 ศพของท่านได้ถูกฝังไว้ในวัดซางตาครู้ส
พระสังฆราชองค์ต่อมาคือ พระสังฆราช กูรเวอซี (Mgr.Courvezy) ได้รับการอภิเษกที่กรุงเทพฯในวันที่ 30 พฤศจิกายน ค.ศ.1833 และสืบตำแหน่งประมุขมิสซังสยามในวันที่ 30 มีนาคม ค.ศ.1834 พระสังฆราชกูรเวอซี ได้เห็นว่า วัดซางตาครู้สมีสภาพคล้ายโรงชื้นๆ เป็นที่อยู่ของอสรพิษ ในปี ค.ศ.1834 ท่านจึงมอบหมายให้คุณพ่อปัลเลอกัว(Pallegoix) เป็นผู้ดำเนินการสร้างวัดใหม่หลังที่สอง

         และพระสังฆราชได้ทำพิธีเสกวัดใหม่ในวันที่ 1 กันยายน ค.ศ.1835 เมื่อการสร้างวัดเสร็จสิ้นแล้วในปี ค.ศ.1836
คุณพ่อปัลเลอกัว ก็ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสวัดคอนเซ็ปชัญ ส่วนที่วัดซางตาครู้สมีคุณพ่อกรางยัง (Grandjean) เป็นเจ้าอาวาสสืบต่อมา

       ในปี ค.ศ.1841 กรุงโรมได้แบ่งมิสซังสยามเป็นมิสซังสยามตะวันตกและมิสซังสยามตะวันออก โดยพระสังฆราชกูรเวอซี เป็นประ มุขมิสซังสยามตะวันตก (มิสซังมะละกา) และพระสังฆราชปัลเลอกัว ซึ่งได้รับอภิเษกเป็นพระสังฆราชผู้ช่วยในวันที่ 3 มิถุนายน ค.ศ.1838 เป็นประมุขมิสซังสยามตะวันออก (มิสซังสยาม) ในเดือนกรกฎาคม ค.ศ.1849 ได้เกิดอหิวาตกโรคระบาด  ทำให้ชาวบางกอกล้มตายเป็นอันมาก พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงได้ขอให้พระสังฆราชปัลเลอกัวถวายสัตว์บางอย่างแด่พระองค์ แต่บรรดามิชชันนารีคิดว่าพระเจ้าอยู่หัวใคร่จะเลี้ยงสัตว์เหล่านี้สำหรับรักษาชีวิตของพระองค์เอง ซึ่งถือว่าเป็นกิจการนอกรีต (ซูแปร์ติซัง) จ ึงได้คัดค้านไม่ให้พระสังฆราชทำตามพระราชประสงค์ พระเจ้าแผ่นดินทรงกริ้วมาก จึงทรงสั่งให้จับมิชชันนารีทุกองค์ และให้ทำลายวัดทั้งหมด  รวมทั้งบังคับให้พวกคริสตังละทิ้งศาสนา พระสังฆราชปัลเลอกัวพอทราบถึงพระบรมราชโองการ ก็ได้ตัดสินใจนำนกยูงหนึ่งตัว  แพะ 2 ตัว กับห่าน 2 ตัว ไปถวายพระเจ้าแผ่นดิน พระองค์จึงทรงสั่งให้ยกเลิก

พระบรมราชโองการนั้น  แต่ทรงสั่งในเนรเทศมิชชันนารีอื่นๆ อีก 8 คนที่คัดค้านพระสังฆราชไม่ให้ทำในสิ่งที่พระเจ้าแผ่นดินทรงประส งค์ออกจากแผ่นดินสยาม ดังนั้นคุณพ่อกรางยัง เจ้าอาวาสวัดซางตาครู้สก็ถูกเนรเทศด้วย
 

       ในปี ค.ศ.1851 พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวเสด็จสวรรคต  และเจ้าฟ้ามงกุฎขึ้นครองราชย์แทน โดยทรงพระนามว่า พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เนื่องจากพระองค์ท่านทรงมีสัมพันธภาพอันดีกับพระสังฆราชปัลเลอกัว พระองค์จึงทรงอนุญาตให้บรรดามิชชันนารีที่ถูกเนรเทศกลับเข้าสู่ประเทศสยามได้ พร้อมกันนั้น พระองค์ยังได้ทรงยกเว้นข้าราชการที่เป็นคริสตังทุกคนไม่ต้องถ ือน้ำพิพัฒน์สัตยา  ในวันที่  28 กรกฎาคม  ค.ศ.1851  บรรดามิชชันนารีจึงได้กลับบางกอก ยกเว้นคุณพ่อกรางยังซึ่งสุขภาพไม่ดี  ในระหว่างนี้ได้มีคุณพ่อปอล ฮอย (Paul Hoi) เป็นเจ้าอาวาสวัดซางตาครู้สแทนจนถึงปี ค.ศ.1854 จากนั้นมี
คุณพ่อดือกาต์เป็นเจ้าอาวาสจนถึงปี ค.ศ.1862 แต่ยกเว้น 2 ปี คือ ในปี ค.ศ.1856-1857 เพราะคุณพ่อดือกาต์ต้องเดินทางไปแพร่ธรรมที่เมืองถลาง จึงมีคุณพ่อแต๊สซิเอร์เป็นเจ้าอาวาสแทนในปี ค.ศ.1857 ในปี ค.ศ.1862 ได้เกิดอัคคีภัยร้ายแรงทำลายหมู่บ้านแ ละวัดซางตาครู้ส คุณพ่อดือกาต์จึงได้สร้างที่พักชั่วคราว และพยายามจัดหาเสื้อผ้าและเสบียงให้พวกคริสตัง หลังจากนั้นคุณพ่อดือกาต์ก็เริ่มเสาะหาคนวางเพลิง ในขณะที่สืบหาคนวางเพลิงอยู่นี้ คุณพ่อถูกผลักตกแม่น้ำเจ้าพระยาถึงแก่ความตาย
 
 
       ในปี ค.ศ.1862 พระสังฆราชดือปองค์ (Mgr. Dupond) ได้แต่งตั้งคุณพ่อเกี๊ยฟแฟร์ (Kieffer) เป็นเจ้าอาวาสวัดซางตาครู้ส แ ต่เนื่องจากคุณพ่อไม่สบายจึงต้องกลับฝรั่งเศส  เจ้าอาวาสองค์ต่อมา  คือ คุณพ่อรุสโซ (Rousseau)  แต่คุณพ่อไม่ชอบอยู่ที่กรุงเทพฯ ฉะนั้นในปี ค.ศ.1871  จึงแต่งตั้งคุณพ่อเชอวิญารด์ (Chevillard)  เป็นเจ้าอาวาสวัดซางตาครู้ส ในขณะเดียวกันคุณพ่อก็เป็นเจ้าอาวาสวัดหาดสะแกด้วย

   ในปี  ค.ศ.1900  คุณพ่อกูเลียลโม กิ๊น ดา ครู้ส (Gulielmo Kinh Da Cruz) ได้รับแต่งตั้งจากพระสังฆราชหลุยส์ เวย์ (Mgr. Louis Vey) ให้เป็นเจ้าอาวาสวัดซางตาครู้ส ในปี  ค.ศ.1906  พระสังฆราชหลุยส์  เวย์ ได้สร้างโรงเรียนหลังหนึ่งบริเวณริมแม่น้ำเจ้าพระยา ใกล้ๆตัววัดซางตาครู้ส  คือ โรงเรียนซางตาครู้สคอนแวนท์  โดยเชิญคณะภคินีเซนต์ปอล เดอ ชาร์ตร มาจัดการศึกษาในโรงเรียน โดยมี เซอร์อองแชล ลากรองซ์ (Sr. Angel? Lagrange) เป็นอธิการิณีผู้ดูแลโรงเรียนคนแรก  มีนักเรียนรุ่นแรกประมาณ 30 คน สอนวิชาศิลปหัตถกรรม ภาษาฝรั่งเศส และภาษาอังกฤษ
 
       ในปี  ค.ศ.1913 คุณพ่อกูเลียลโม กิ๊น ดา ครู้ส เจ้าอาวาสได้เล็งเห็นว่าตัวอาคารวัดซางตาครู้สได้ชำรุดทรุดโทรมมาก  และจะทำการบูรณะได้ยาก  คุณพ่อจึงตัดสินใจสร้างวัดหลังใหม่ขึ้น โดยคุณพ่อได้สร้างวัดชั่วคราวขึ้นที่โรงเรียนหน้าวัด แล้วลงมือรื้อตัวอาคารวัดหลังเก่าลงเมื่อวันที่ 8 เมษายน  ค.ศ.1913 และเริ่มสร้างวัดหลังใหม่ขึ้น วัดหลังใหม่ ซึ่งเป็นวัดปัจจุบันได้สร้างแล้วเสร็จและเข้ าถวายมิสซาในวัดใหม่เป็นครั้งแรก เมื่อวันที่ 28 กรกฎาคม ค.ศ.1916 วัดหลังใหม่ได้รับการเสกอย่างสง่าโดยพระสังฆราชแปร์รอส (Mgr. Ren? Perros) ในวันที่ 17 กันยายน  ค.ศ.1916
 
 

 นอกจากนั้น คุณพ่อยังได้สนใจเกี่ยวกับด้านดนตรี คุณพ่อจึงได้ตั้งวงซอและวงขับร้องของวัดขึ้น โดยมีครูนันท์  ทรรทรานนท์  เป็นผู้ประสานงาน  และสอนเรื่องดนตรี ที่สุดตั้งวงซอเป็นวงชื่อ “วงนันทสังคีต” แต่น่าเสียดายที่หลังจากนั้นครูนันท์ได้สิ้นชีวิต ทำให้วงนันทสังคีตต้องสลายวง

ในปี ค.ศ.1918 พระสังฆราชแปร์รอส เห็นว่านักเรียนที่โรงเรียนซางตาครู้สคอนแวนท์ มีเพิ่มขึ้นมาก  จึงได้ย้ายโรงเรียนไปสร้างในสถานที่ใหม่  ตรงด้านหลังวัดซางตาครู้ส  ซึ่งเป็นสถานที่ตั้งของโรงเรียนในปัจจุบัน ในสมัยที่คุณพ่อกูเลียลโมเป็นเจ้าอาวาส  ได้มีคุณพ่อยาโกเบ แจง เกิดสว่าง เป็นผู้ช่วยเจ้าอาวาสในปี
ค.ศ.1940-1941

       ภายหลังก็ได้รับศีลบวชเป็นพระสังฆราชชาวไทยองค์แรก  และดำรงตำแหน่งเป็นประมุขแห่งสังฆมณฑลจันทบุรี  ในปี
ค.ศ.1942 คุณพ่อกูเลียลโมได้เกษียณอายุ เพราะชราภาพมากแล้ว พระสังฆราชแปร์รอสจึงได้แต่งตั้งคุณพ่ออังแซล์ เสงี่ยม  ร่วมสมุห์ เป็นเจ้าอาวาสวัดซางตาครู้ส
 
 
       ในวันที่ 14 เมษายน ค.ศ.1955 คุณพ่อกูเลียลโมได้ถึงแก่มรณภาพ และได้บรรจุศพของคุณพ่อไว้ที่ด้านหลังของวัด  ในปี ค.ศ.1954 คุณพ่ออังแซลม์  ได้ก่อตั้งโรงเรียนอีกแห่งหนึ่งเป็นโรงเรียนของวัด  ชื่อโรงเรียนซางตาครู้สศึกษา ตั้งอยู่บริเวณริมฝั่งแ ม่น้ำเจ้าพระยา ซึ่งเป็นสถานที่ตั้งเดิมของโรงเรียนซางตาครู้สคอนแวนท์  ได้เริ่มเปิดสอนในระดับประถมศึกษาในปี ค.ศ.1955 มีนักเรียนรุ่นแรกเป็นชายและหญิง จำนวน 258 คน โดยมีนางลมัย รัตนไพบูลย์  เป็นผู้จัดการและครูใหญ่คนแรก  ในปี ค.ศ.1956 คุณพ่อลออ สังขรัตน์ เป็นผู้ช่วยเจ้าอาวาส ได้มีการบูรณะทาสีวัดใหม่ โดยได้มีการขอบริจาคเรี่ยไรเงินจากชาวบ้าน ได้เป็นเงินหนึ่งหมื่นสองพันบาท ต่อมาในปี
ค.ศ.1958 คุณพ่ออังแซลม์จึงได้ขยายชั้นเรียนของโรงเรียนซางตาครู้สศึกษา ถึงระดับมัธยมศึกษาตอนต้น ในปี ค.ศ.1977 คุณพ่อถาวร กิจสกุล  เป็นเจ้าอาวาสวัดซางตาครู้ส  จึงได้เชิญคณะภคินี  เซนต์ปอล เดอ ชาร์ตร มาจัดการศึกษาในโรงเรียนซางตาครู้สศึกษา
      
 ในปี ค.ศ.1983 คุณพ่ออดุลย์ คูรัตน์ เป็นเจ้าอาวาสวัดซางตาครู้ส ต่อจากคุณพ่อเสวียง ศุระศรางค์ ซึ่งในปีนั้นได้เกิดอุทกภัยใหญ่เ ป็นเวลาประมาณ 3 เดือน คุณพ่อได้พยายามจัด ระบบทางระบายน้ำรอบวัด และภายในโรงเรียนซางตาครู้ส
ศึกษาใหม่ทั้งหมด ทำการขุดลอกคูคลอง สร้างเขื่อนประตูน้ำ และติดตั้งเครื่อง
สูบน้ำ จนสามารถป้องกันน้ำท่วมได้เป็นผลสำเร็จ ในปีค.ศ.1985 เกิดอุทกภัยใหญ่อีกครั้งหนึ่ง ครั้งนี้รอบวัดน้ำไม่ท่วม แต่กำแพงสุสานด้านซ้ายถูกแรงดันของน้ำ ทำให้พังลงมาทับกุฏิบางกุฏิพังลงมาด้วย น้ำทะลักเข้าเต็มสุสาน คุณพ่ออดุลย์รีบปิดประตูสุสาน เทปูนปิดตายทันที จัดการดูดน้ำออกหมดจนแห้ง และเริ่มเก็บศพจากกุฏิที่พังเข้าช่องเก็บไว้
 
จากนั้นได้ขออนุญาตญาติของศพที่อยู่ริมกำแพงด้านที่พังลงมา ย้ายมาไว้อีกด้านหนึ่งเพื่อสะดวกในการทำงาน
 
 

 คุณพ่อคิดว่าถึงเวลาแล้วที่จะต้องสร้างที่ฝังศพเป็นช่องเก็บศพ โดยสร้างครั้งแรก 1 แถว 4 ชั้น 80 ช่อง เริ่มจากด้านที่กำแพงพังลงมา ทำกำแพงใหม่ให้แข็งแรงโดยใช้เป็นด้านหลังของช่องเก็บศพด้วย ก่อนที่คุณพ่อจะเริ่มขุดศพ คุณพ่อได้ทำการประชาสัมพัน ธ์ให้ชาวบ้านทราบหลายครั้ง ซึ่งชาวบ้านส่วนใหญ่ให้ความร่วมมือเป็นอย่างดี แต่ก็มีบางคนที่ไม่เห็นด้วย และต่อต้านการปรับปรุงสุสานของคุณพ่อ คุณพ่ออดุลย์คาดหวังที่จะปรับปรุงสุสานใหม่ให้สวยงาม สงบ เหมาะสำหรับเป็นที่สวดภาวนา  และที่สำคัญอีกประการหนึ่ง คือ เมื่อปรับปรุงสุสานเสร็จแล้วจะได้มีทางสำหรับรถดับเพลิงที่จะเข้าถึงหมู่บ้านได้ถ้าหากเกิดอัคคีภัย เนื่องจากซอยเดิมที่ใช้เป็นทางเข้าวัดข้างสุสาน เป็นซอยเล็กๆ คุณพ่อจึงได้ดำเนินการล้างสุสาน ปรับพื้นที่
 
       สร้างช่องเก็บศพด้านซ้ายและขวา ส่วนตรงกลางทำเป็นทางเดินกว้างประมาณ 3 เมตร ได้ปลูกต้นไม้และหญ้าบริเวณหน้าช่องเก็บศพ เพื่อให้เกิดความร่มรื่นสวยงาม
 
 
       ในปี ค.ศ.1989 คุณพ่อศวง ศุระศรางค์ ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสวัดซางตาครู้สต่อจากคุณพ่ออดุลย์ คูรัตน์ โดยมีคุณพ่อประเสริฐ ตรรกเวศม์ เป็นผู้ช่วยเจ้าอาวาส ในเดือนกรกฎาคม ค.ศ.1989 คุณพ่อศวงต้องไปประชุมที่บ้านอภิรติถชน ซาเลเซียน หัวหิ น  เป็นเวลาประมาณ 6 เดือน ในขณะนั้น  คุณพ่อประเสริฐ  ตรรกเวศม์ จึงรักษาการแทนเจ้าอาวาส คุณพ่อได้ปรับปรุงชั้นล่างของตึกบ้านพักพระสงฆ์ ซึ่งเดิมเป็นที่เก็บสัมภาระต่างๆ ให้เป็นสำนักงานของวัด สำนักงานของเครดิตยูเนี่ยน และเป็นห้องทำงานของคุณพ่อ  หลังจากนั้น คุณพ่อประเสริฐก็ได้เริ่มปรับปรุงพื้นที่ภายในสุสานในส่วนที่ยังไม่เรียบร้อย โดยคุณพ่อได้ทำกำแพงด้านหน้าสุสา นติดกับซอยเทศบาลสายหนึ่ง 1 ทำประตูให้รถวิ่งผ่านเข้าสุสานได้ และได้ถมดินในส่วนที่เป็นหลุมเป็นบ่อ เมื่อคุณพ่อปรับพื้นที่ภายในสุสานเรียบร้อยพอสมควร ได้มีชาวบ้านและผู้ปกครองนักเรียนมาร้องขออนุญาตให้นำรถเข้ามาจอดในบริเวณสุสาน ภายใต้เงื่อนไขให้เป็นการจอดเพียงชั่วคราวจนกว่าทางวัดจะประกาศยกเลิก
 
 
       ในปี ค.ศ.1990 เจ้าหน้าที่สำนักงานเขตธนบุรีได้มาพบคุณพ่อศวง และขอความร่วมมือจากคุณพ่อให้จัดตั้งคณะกรรมการชุมชนก ุฎีจีน เพื่อเป็นตัวแทนชาวบ้านรับรู้ระเบียบการทางราชการ และเป็นตัวแทนของทางการที่จะช่วยพัฒนาสภาพความเป็นอยู่ของหมู่บ้านให้ดีขึ้น  ในปีนั้นจึงมีการเลือกตั้งคณะกรรมการชุมชนกุฎีจีนเป็นปีแรก และผู้ที่ได้รับเลือกเป็นประธานกรรมการชุมชนกุฎีจีนคนแรก คือ คุณมงคล บุญเต็ม คุณพ่อศวงจึงได้แต่งตั้งคณะกรรมการชุมชนกุฎีจีนให้เป็นส่วนหนึ่งของคณะกรรมการสภาอภิบาลของวัดซางตาครู้ส จะได้ร่วมมือกันพัฒนาวัดและหมู่บ้าน

       วันที่ 25 ธันวาคม ค.ศ.1991 ประมาณเที่ยงวัน ได้เกิดเพลิงไหม้หมู่บ้านในบริเวณกำแพงด้านขวาของสุสานติดทางด้านหลังของโรงเรียนซางตาครู้สคอนแวนท์ คุณพ่อศวงจึงได้สร้างแฟลตขึ้น 2 หลัง  บนพื้นที่ที่ถูกเพลิงไหม้  ในขณะเดียวกันก็เริ่มมีปัญหาเกี่ยวกับเรื่องสุสาน เพราะชาวบ้านนำรถเข้ามาจอดในบริเวณสุสานมากขึ้น และมีกองขยะที่ชาวบ้านนำมาทิ้งในบริเวณสุสาน ซึ่งเป็นสภา พที่ไม่น่าดู ทางวัดจึงมีโครงการย้ายสุสานไปอยู่ด้านหลังวัด ซึ่งคุณพ่อศวงได้นำเรื่องเข้าที่ประชุมสภาอภิบาลของวัด คณะกรรมการสภาอภิบาลส่วนใหญ่ได้รับรู้และยอมรับในหลักการ แต่ก็มีบางคนไม่เห็นด้วย คุณพ่อศวงจึงได้ไปปรึกษากับเจ้าหน้าที่สำนักงานเขตธนบุรี ทางเจ้าหน้าที่ก็แนะนำว่าสามารถย้ายสุสานได้ คุณพ่อศวงจึงได้เริ่มสร้างกำแพงในบริเวณที่จะทำสุสานใหม่ และตอกเสาเข็มเพื่อทำช่องเก็บศพ ในเวลาเดียวกันได้มีชาวบ้านบางคนไปร้องเรียนกับเจ้าหน้าที่สำนักงานเขตธนบุรี เมื่อมีชาวบ้านไปร้องเรียนจึงทำใ ห้เกิดปัญหา คุณพ่อศวงจึงได้นำเรื่องเสนอต่ออัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯ ในขณะนั้น ทางอัครสังฆมณฑลฯ มีโครงการสร้างสุสานรวมของอัครสังฆมณฑลฯที่สามพราน  และเนื่องจากทางสำนักงานกรุงเทพมหานครมีแนวโน้มจะไม่ให้มีสุสานอยู่ในกรุงเทพฯ ทางอัครสังฆมณฑลฯ จึงเห็นว่าถ้าเรื่องสุสานของวัดซางตาครู้สมีปัญหาเช่นนี้  ก็ให้ย้ายศพและอัฐิไปยังที่สุสาน สามพราน เพราะสุสานของวัดมีสภาพไม่เหมาะสมที่จะเป็นสุสานอีกต่อไปแล้ว  ชาวบ้านส่วนใหญ่เห็นด้วยและให้ความร่วมมือในการขนย้ายเป็นอย่างดี  แต่ก็ยังมีชาวบ้าน อีกบางคนที่ยังคัดค้านอยู่  ในวันฉลองวัดปี ค.ศ.1992 พระคาร์ดินัลไมเกิ้ล มีชัย
กิจบุญชู มาเป็นประธานในวันฉลอง หลังพิธีจบแล้วได้มีตัวแทนชาวบ้านเข้าพบเพื่อปรึกษาพูดคุยถึงเรื่องสุสานเป็นเวลาประมาณสามชั่วโมง แต่ก็ยังหาข้อสรุปตกลงกันไม่ได้
 
 
 
       ในปี ค.ศ.1993 คุณพ่อศวงได้เห็นตัวอาคารวัดหลังปัจจุบันซึ่งมีอายุเกือบ 80 ปีแล้ว ไดชำรุดทรุดโทรมไปตามกาลเวลา
คุณพ่อจึงได้เสนอโครงการบูรณะวัดต่ออัครสังฆมณฑลฯ  ซึ่งทางอัครสังฆมณฑลฯได้อนุมัติโครงการ คุณพ่อจึงได้ติดต่อให้บริษัท มรดกโลก  จำกัด เป็นผู้รับเหมาดำเนินการบูรณะวัด แต่คุณพ่อยังไม่ทันได้เริ่มทำการบูรณะวัด ในปี ค.ศ.1994 ต่อมาคุณพ่อศวงก็ได้รับแต่งตั้งไปเป็นจิตตาธิการคณะภคินีพระหฤทัยของพระเยซูเจ้าแห่งกรุงเทพฯ (คลองเตย) และคุณพ่อสมศักดิ์ ธิราศักดิ์ ได้รับแต่งตั้งให้มาเป็นเจ้าอาวาสวัดซางตาครู้สแทนคุณพ่อศวง คุณพ่อสมศักดิ์ก็ได้สานต่อนโยบายของอัครสังฆมณฑลฯ  ซึ่งคุณพ่อศวง ยังท ำไม่เสร็จสิ้น
 
 
         ในวันที่ 5 มิถุนายน ค.ศ.1994 ได้มีชาวบ้านกลุ่มหนึ่งได้มาขอพบ คุณพ่อในฐานะเจ้าอาวาสวัดคนใหม่ เพื่อคัดค้านเรื่องการย้ายสุสาน  คุณพ่อจึงได้ชี้แจงถึงความจำเป็นที่จะต้องย้ายสุสาน พร้อมทั้งแจ้งถึงสวัสดิการที่ได้รับในการโยกย้าย แต่ชาวบ้านกลุ่มนี้ก็ยังไม่พอใจ จึงได้มีการชุมนุมประท้วงต่อต้านโครงการย้ายสุสาน  และยังมีการแพร่ข่าวประท้วงตามหน้าหนังสือพิมพ์ด้วย ชาว บ้านจึงแตกแยกเป็นสองกลุ่ม คือ พวกที่เห็นด้วย ก็ให้ความร่วมมือในการย้ายเป็นอย่างดี กับพวกที่ไม่เห็นด้วย ก็ได้ติดใบปลิวโจมตี เพื่อหาแนวร่วมต่อต้านโครงการนี้นับแต่นั้นมา ในวันที่ 31 กรกฎาคม ค.ศ.1994 ได้มีการประชุมร่วมกันระหว่างผู้แทนของอัครสังฆมณฑลกับผู้แทนชาวบ้าน เพื่อเสนอแนวทางปฏิบัติร่วมกันเกี่ยวกับเรื่องการย้ายสุสาน โดยทางวัดยอมให้ผู้ที่ยังไม่พร้อมที่จะย้ายศพไปสุสานที่สามพรานยังคงฝากฝังศพไว้ที่สุสานของวัดได้จนกว่าจะมีการปิดสุสานเป็นทางการ
 
 
       ในวันที่ 14 มกราคม ค.ศ.1995 โรงเรียนซางตาครู้สศึกษา ซึ่งเป็นโรงเรียนของวัด ได้นำครูไปสัมมนาที่โรงเรียนภัทรวิทยา จังหวัดตาก  เพื่อพัฒนาบุคลากรและดูงานชีวิตชาวเขา  เพื่อเป็นการช่วยเหลือทางด้านการศึกษา พร้อมทั้งนำเงินบริจาคให้แก่โรงเรียนดังกล่าว ขณะที่กำลังเดินทางกลับ รถบัสที่นำคณะครูไปนั้น ได้เกิดอุบัติเหตุรถพลิกคว่ำที่บริเวณโรงเรียนหม่อนหินเหล็กไฟ อำเภอพบพ ระ จังหวัดตาก  ได้ทำให้มีครูเสียชีวิต 16 คน  นักเรียน 1 คน และมีครูที่ได้รับบาดเจ็บ 17 คน ซึ่งเหตุการณ์ดังกล่าวได้นำมาซึ่งความเศร้าเสียใจต่อทางวัด  บรรดาญาติพี่น้อง เพื่อนครู และนักเรียน จากเหตุการณ์ที่น่าเศร้าสลดนี้  ทางโรงเรียนซางตาครู้สศึกษาก็ได้รับความช่วยเหลือจากกระทรวงศึกษาธิการเป็นอย่างดี รวมทั้งได้รับกำลังใจและความช่วยเหลือจากโรงเรียนต่างๆ เป็นต้น  โรงเรียนในเครือเซนต์ปอล เดอ ชาร์ตร
 
 
       ส่วนงานเกี่ยวกับการย้ายสุสาน ประมาณเดือนกรกฎาคม ค.ศ.1995 คุณพ่อสุพัฒน์ สรรค์สร้างกิจ  ผู้ช่วยเจ้าอาวาส ซึ่งได้รับการแต่งตั้งให้เป็นผู้จัดการสุสานวัด ได้ทำการย้ายกระดูกจากช่องเก็บกระดูกทางด้านขวาของสุสานไปไว้ทางด้านซ้าย  และได้ติดต่อขอยืมรั้วตาข่ายจากโรงเรียนยอแซฟอุปถัมภ์มาล้อมให้เป็นสัดส่วน และได้รื้อช่องเก็บกระดูกทางด้านขวาของสุสานลง ที่สุดในวันที่ 29 มกราคม ค.ศ.1996  คุณพ่อสุพัฒน์ได้แจ้งเลิกการเป็นสุสานต่อสำนักงานเขตธนบุรี ซึ่งทางสำนักงานเขตธนบุรีได้อนุมัติ และประกาศยกเลิกการเป็นสุสานในวันที่ 1 กุมภาพันธ์ ค.ศ.1996 สุสานของวัดจึงไม่สามารถใช้เก็บหรือฝังศพของผู้ตายได้อีกต่อไป ในวันที่ 27 มีนาคม ค.ศ.1996 ทางอัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯมีประกาศยกเลิกสุสานวัดซางตาครู้สอย่างเป็นทางการ โดยให้เวลาในการจัดย้ายศพออกจากสุสานให้เสร็จสิ้นภายในสิ้นปี โดยให้ทางวัดเป็นผู้จัดการในการย้าย ให้บริการและสวัสดิการตามความเหมาะสม
 
 
       ในปี ค.ศ.1996 ประมาณเดือนเมษายน บริษัท มรดกโลก จำกัด ได้ส่งเจ้าหน้าที่และคนงานเข้ามาที่วัดเพื่อเริ่มดำเนินการบูรณะวัดหลังปัจจุบัน ซึ่งได้ชำรุดทรุดโทรมไปตามกาลเวลาให้ดีขึ้นและสวยงาม แต่ยังคงไว้ซึ่งศิลปกรรมของตัวอาคารวัดให้ทรงคุณค่าทางประวัติศาสตร์สืบต่อไป พร้อมๆ กับการบูรณะวัด ทางอัครสังฆมณฑลฯได้ปรับพื้นที่โรงเรียนซางตาครู้สศึกษา ซึ่งเป็นโรงเรียนของวั ด สร้างอาคารเรียนใหม่  โดยมีบริษัท ช.นนทชัยก่อสร้าง เป็นผู้รับเหมาสร้างอาคารเรียนห้าชั้น เพื่อเป็นการขยายงานด้านการศึกษาสำหรับเด็กและเยาวชน ส่วนงานบูรณะวัด นอกเหนือจากการบูรณะซ่อมแซมตัวอาคารวัดแล้ว ยังได้มีการปรับปรุงบริเวณพื้นที่รอบวัดด้วย โดยมีการสร้างถ้ำแม่พระใหม่  และสร้างพระสัญลักษณ์ของวัด คือ รูปไม้กางเขน (Santa Cruz) ปลูกต้นไม้ ทำสวนหย่อม เพื่อความสงบ เรียบร้อย เหมาะที่จะเป็นสถานที่สักการะพระเป็นเจ้า

       ในปี ค.ศ.1996-1997  เป็นปีที่ตัวอาคารวัดซางตาครู้สหลังปัจจุบัน  ซึ่งเป็นหลังที่สามมีอายุครบ 80 ปี คุณพ่อสมศักดิ์ ธิราศักดิ์ พร้อมด้วยคณะกรรมการจัดงานฉลองวัด 80 ปี ได้จัดกิจกรรมต่างๆ เพื่อเป็นการเทิดเกียรติและโมทนาคุณพระเป็นเจ้าสำหรับพระพรต่างๆที่พระเป็นเจ้าได้โปรดประทานให้แก่วัดและหมู่บ้านตลอดมา ได้มีการจัดงานฉลองวัด และรื้อฟื้นการเสกวัดที่ได้รับการบูรณะขึ้นใหม่ โดยพระคาร์ดินัลไมเกิ้ล มีชัย กิจบุญชู ในวันอาทิตย์ที่ 14 กันยายน ค.ศ.1997


คุณพ่อ กอรร์ (รวบรวมคริสตชน, ได้รับพระราชทานที่ดิน)     
พระสังฆราช เลอบ็อง - 1769-1773
คุณพ่อ การ์โนลต์   1773-1779
คุณพ่อ กูเด  1775-1779
พระสังฆราช กูเด  1784-1785
คุณพ่อ วิลล์แม็ง 1785-1786
คุณพ่อ ฟลอรังส์  1788-1810
พระสังฆราช การ์โนลต์ 1794-1801
       ผู้ช่วยเจ้าอาวาส       คุณพ่อ ราโบ  1801-1809   คุณพ่อ ปาสกัล (ไทย-โปรตุเกส) 1802-1807  คุณพ่อ เยเรมิอัส (ไทย-โปรตุเกส)  1808-1811
 คุณพ่อ เยเรมิอัส  1811-1814
 คุณพ่อ อันเดร ตู๊ (ญวน) 1814-1819
 คุณพ่อ รอดริเกส (ไทย-โปรตุเกส) 1819-1823
 คุณพ่อ กราซิอานุส เดอ แซงต์  ซาวี  เอร์  (ไทย-โปรตุเกส)  1823-1834
 คุณพ่อ ปัลลเลอกัว (สร้างวัดหลังที่ 2 ปี ค.ศ.1835) 1834-1836
 คุณพ่อ กรางยัง  1836-1849
 คุณพ่อ ปอล ฮอย 1851-1854
 คุณพ่อ ดือกาต์  1854-1855
 คุณพ่อ แต๊สซิเอร์ 1856-1857
 คุณพ่อ ปอล ฮอย  1857-1858
 คุณพ่อ ดือกาต์  1858-1862
 คุณพ่อ เกี๊ยฟแฟร์ 1862-1870
 คุณพ่อ รุสโซ  1870-1871
 คุณพ่อ เชอวิญารด์ 1871-1874
 คุณพ่อ ลมบารด์  1872-1874
 คุณพ่อ ยออากิม  1876-1878
คุณพ่อ ยิบาร์ตา  1878-1886
คุณพ่อ ปีโอ  1888-1893
                 ผู้ช่วยเจ้าอาวาส    คุณพ่อ อัมบรอซิโอ (แก้ว) 1888-1890 
                 คุณพ่อ กูเลียลโม กิ๊น ดาครู้ส  1890-1894
                 คุณพ่อ แปร์โรซ์  (Perraux) 1894-1899
                 ผู้ช่วยเจ้าอาวาส    คุณพ่อ มาตราต์  1897
 คุณพ่อ หลุยส์ เล็ตแชร์ 1899-1900
 คุณพ่อ กูเลียลโม กิ๊น ดาครู้ส 1900-1942
                 ผู้ช่วยเจ้าอาวาส   คุณพ่อ นอร์แบรต์ วิทยา  สาทรกิจ 1935-1936  และ
                 คุณพ่อ ยาโกเบ  แจง เกิดสว่าง 1940-1941
                 คุณพ่อ อังแซลม์  เสงี่ยม ร่วมสมุห์ 1941-1942

คุณพ่อ อังแซลม์  เสงี่ยม ร่วมสมุห์ 1942-1968
                   ผู้ช่วยเจ้าอาวาส  คุณพ่อ สำอาง ผิวเกลี้ยง 1955-195 
                   คุณพ่อ ลออ สังขรัตน์ 1956-1957 
                   คุณพ่อ ถาวร กิจสกุล 1958-1959 
                   คุณพ่อ วิเวียน เดอซูซา(ไทย-โปรตุเกส)  1959-1961
                   คุณพ่อ สังวาลย์ ศุระศรางค์ 1963-1965 และ 
                   คุณพ่อ บุญเลิศ เกตุพัตร์  1965-1968

คุณพ่อ มีแชล ส้มจีน ศรีประยูร 1968-1971
                   ผู้ช่วยเจ้าอาวาส คุณพ่อ สนัด  วิจิตรวงศ์ 1968-1971  และ คุณพ่อ ปิแอร์  แด  บัวส์ 1970-1971

คุณพ่อ สังวาลย์  ศุระศรางค์1971-1973
                   ผู้ช่วยเจ้าอาวาส  คุณพ่อ มอริส เชอวาลิเอร์ 1971-1973

คุณพ่อถาวร กิจสกุล 1973-1979
                   ผู้ช่วยเจ้าอาวาส  คุณพ่อ ซิลวาโน (P.I.M.E.)  1973-1975

คุณพ่อ เสวียง  ศุระศรางค์  1979-1983
                   ผู้ช่วยเจ้าอาวาส  คุณพ่อ ซิลวาโน (P.I.M.E.) 1979-1980
                   คุณพ่อ สมโภชน์ พูลโภคผล 1980-1981 
                   คุณพ่อ ธนันชัย กิจสมัคร 1981-1983

คุณพ่อ อดุลย์  คูรัตน์ 1983-1989
                   ผู้ช่วยเจ้าอาวาส  คุณพ่อ ประเวศ  พันธุมจินดา 1983-1985 
                   คุณพ่อ ชาญชัย ทิวไผ่งาม  1985-1986  
                   คุณพ่อ เดชา อาภรณ์รัตน์  1986-1987  
                   คุณพ่อ ศรีปราชญ์ ผิวเกลี้ยง 1987-1989

คุณพ่อ ศวง ศุระศรางค์  1989-1994
                 ผู้ช่วยเจ้าอาวาส   คุณพ่อ ประเสริฐ ตรรกเวศน์  1989-1990
                 คุณพ่อ สุรนันท์  กวยมงคล 1990-1992 
                 คุณพ่อ ธีระ  กิจบำรุง  1992-1993
                 คุณพ่อ ธีรพล กอบวิทยากุล 1993-1994

คุณพ่อ สมศักดิ์  ธิราศักดิ์  1994-1999
                 ผู้ช่วยเจ้าอาวาส  คุณพ่อ สุพัฒน์ สรรค์สร้างกิจ  1994-1996 
                 คุณพ่อ อนุรัตน์ ณ สงขลา  1996-1999

คุณพ่อ วิจิตร  ลิขิตธรรม 1999-2004
                 ผู้ช่วยเจ้าอาวาส  คุณพ่อ จินตศักดิ์ ยุชัยสิทธิกุล 1999-2001
                 คุณพ่อ สุทธิชัย บุญเผ่า 2001-2002 
                 คุณพ่อ ชูศักดิ์ บุญอนันตบุตร  2002-2003 
                 สังฆานุกร อิทธิพล ศรีรัตน์  2003

คุณพ่อ สุทศ ประมวลพร้อม 2004-2009 
                 ผู้ช่วยเจ้าอาวาส คุณพ่อ สุทธิ ปุคะละนันท์  2004-2005
                 คุณพ่อ สราวุธ อมรดิษฐ์   2005-2007
                 คุณพ่อ เกรียงชัย ตรีมรรคา  2007-2008
                 คุณพ่อ เทิดศักดิ์ กิจสวัสดิ์   2008-2009

คุณพ่อ วิทยา คู่วิรัตน์  2008-ปัจจุบัน

                                                                                                               ข้อมูล / รูปภาพ ห้องเอกสาร อัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯ