อัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯ   ดำริจัดสร้างวัดขึ้นแห่งหนึ่งสำหรับคริสตชนในเขตบางกะปิและใกล้เคียงเนื่องจากเห็นว่าบริเวณแห่งนี้ เป็นชุมชนใหญ่       และมีคริสตชนอยู่อาศัยตามหมู่บ้านต่างๆมากพอสมควร   ในขั้นต้นได้ขอใช้บ้านของคณะภคินีเซนต์ปอล    เดอ  ชาร์ต  ในหมู่บ้านแดนตะวันเป็นสถานประกอบพิธีบูชามิสซาทุกวันเสาร์เวลาเย็น  มีพระสงฆ์ทำหน้าที่ดูแลรับผิดชอบตั้งแต่ปี ค.ศ. 1978 เป็นต้นมา จนกระทั่งครอบครัวปัญจทรัพย์  ได้บริจาคที่ดินจำนวนหนึ่งสำหรับสร้างวัดและโรงเรียนในบริเวณหมู่บ้านโชคชัยคลองจั่น พร้อมทั้งถวายปัจจัยสำหรับการสร้างวัดด้วย

   อัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯ  จึงได้ดำเนินการสร้างโรงเรียนพระมารดานิจจานุเคราะห์ และซื้อที่ดินเพิ่มอีก โดยมอบหมายให้ภคินีค ณะเซนต์ปอล เดอ ชาร์ตร เป็นผู้รับผิดชอบบริหารงานโรงเรียน ในวันที่   16  กุมภาพันธ์   1985  พระคาร์ดินัล   มีชัย   กิจบุญชู  ได้มาเป็นประธานในพิธีวางศิลาฤกษ์วัดซึ่งจะถวายเกียรติแด่พระมารดานิจจานุเคราะห์  และเสกอาคารเรียน ได้ใช้ห้องหนึ่งของอาคารเรียนเป็นวัดชั่วคราว มีคุณพ่อบัณฑิต ปรีชาวุฒิ เป็นผู้ดูแลต่อมาในเดือนเมษายน  1986 อัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯ ได้แต่งตั้ง

• คุณพ่อวิวัฒน์  แพร่สิริ (1986-1988)  เป็นเจ้าอาวาสองค์แรก  และให้เป็นวัดอย่างเป็นทางการสำหรับสัตบุรุษโดยทั่วไป ส่วนการก่อสร้างวัดก็ได้ดำเนินการ เรื่อยมาจนเสร็จในปี  1987  และในวันเสาร์ที่  5 ธันวาคม 1987 ซึ่งตรงกับวันเฉลิมพระชนม พรรษาฯ พระคาร์ดินัล   มีชัย   กิจบุญชู  และพระสมณทูต   อัลแบร์โต ตรีคาริโก ได้มาเป็นประธานในพิธีเสกวัดใหม่   ซึ่งถวายเกียรติแด่พระมารดานิจจานุเคราะห์  และถวายเป็นถาวรวัตถุเทิดพระเกียรติแด่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว-ภูมิพลมหาราช เนื่องในวโรกาสเฉลิมพระชนมพรรษาครบ 5 รอบ
• คุณพ่อสุทศ ประมวลพร้อม (1989-1994)  วันที่ 30 เมษายน  1989  ได้รับแต่งตั้งให้มาเป็นเจ้าอาวาสเป็นองค์ที่สอง  ในปีน ี้เองทางสังฆมณทลฯ ได้เริ่มก่อสร้างหอประชุมและโรงอาหารในอาคารเดียวกัน พร้อมทั้งตึกอนุบาล   การก่อสร้างเสร็จในต้นปี  1991  และมีพิธีเสกโดยพระคาร์ดินัล มีชัย กิจบุญชู ในวันที่ 30  กันยายน  1991  อาคารเหล่านี้ได้เปิดใช้ตั้งแต่ต้นปี  1991 แล้ว ในปีการศึกษา 1990-1991 มีนักเรียนประมาณ 2,600  คน  เปิดสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาลถึง ม.4 และมี โครงการจะเปิดถึง ม.6 
• ในปี 1990 ทางอัครสังฆมณฑลฯ ได้ซื้อที่ดินที่ติดกับวัดเพิ่ม  โดยความดำริของพระคาร์ดินัล  เพื่อจัดเป็นหมู่บ้านคริสตังในวั นข้างหน้า    เนื่องจากสัตบุรุษที่นี่เพิ่มจำนวนมากขึ้นอย่างรวดเร็ว จนถึงปี 1998 วัดพระมารดานิจจนุเคราะห์มีอายุได้ 12 ปีแล้ว
• คุณพ่อประเสริฐ ตรรกเวศม์ เจ้าอาวาสปี(1994-1998)
• คุณพ่อประวิทย์ พงษ์วิรัชไชย (1999 –2005 ) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส
• คุณพ่อประยุทธ ชลหาญ ( 2006 - 12 พฤษภาคม 2009 ) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส ปี 2009 ได้รับมอบหมายให้เป็นเจ้าอาวาสว ัดนักบุญเปาโล บ้านนา จ.นครนายก
• คุณพ่อสุรชัย ชุ่มศรีพันธุ์ ( 13 พฤษภาคม 2009 - ปัจจุบัน ) คุณพ่อได้รับหน้าที่ให้เป็น เลขานุการพระคาร์ดินัล ปัจจุบัน ได้รับมอบหมายให้ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส องค์ปัจจุบัน