คุณพ่อบุญเลิศ  ธาราฉัตร   เจ้าอาวาสวัดเซนต์ฟรังซิสเซเวียร์ สามเสน   และเป็นผู้ปกครองคาทอลิกที่มีภูมิลำเนาอยู่ในบริเวณชา นพระนครด้านเหนือ ได้รับเงินบริจาคจากคุณยายสุด ประดิษฐจุสินจำนวนหนึ่งล้านบาท เพื่อสร้างวัดคาทอลิกหนึ่งวัดในที่ใดก็ได้   

คุณพ่อจึงได้เริ่มสำรวจที่ดินในเขตจังหวัดนนทบุรี    และพบว่าที่ดินบริเวณตำบลบ้านใหม่จะมีโรงเรียนคาทอลิกสร้างขึ้นในอนาคต 3 โรงเรียน คือโรงเรียนเซนต์คาเบรียล, โรงเรียนพระหฤทัยคอนแวนต์  และโรงเรียนเซนต์ดอมินิก   จึงได้นำเรื่องการสร้างวัดมาปรึกษากั บคุณสนอมและคุณลาวัณย์มีนานนท์ ซึ่งมีที่ดินอยู่ติดกับบริเวณโรงเรียนดังกล่าว

ทั้งสองมีความเห็นตรงกับคุณพ่อ  และทั้งคุณสนอม,  คุณลาวัณย์,   หม่อมเจ้าหญิงมารยาตรกัญญาดิศกุล ได้ร่วมกันซื้อที่ดินเมื่อปี 1958 เพื่อจัดสรรให้แก่มิตรสหาย ณ หมู่ที่ 1 ต. บ้านใหม่ ปากเกร็ดนนทบุรี บริเวณติดกับถนนริมคลองประปา และได้ดำเนินกิจการจัดสรรมาโดยตลอดจนถึงปี 1971

 ดังนั้นในปี 1971 คุณสนอม  และคุณลาวัณย์ มีนานนท์ จึงได้บริจาคที่ดินซึ่งถมเสร็จเรียบร้อยแล้วจำนวน 6  ไร่ ให้แก่มิสซังกรุงเทพฯ โดยมีคุณพ่อบุญเลิศ ธาราฉัตร เป็นผู้รับมอบ     และในโอกาสเดียวกันได้มีสัตบุรุษอีกจำนวนหนึ่งร่วมกันซื้อที่ดินบริจาคอีกจำนวน  3  ไร่เศษ   ฉะนั้น  ที่ดินสำหรับสร้างวัดจึงมีทั้งหมด 9 ไร่เศษ 

คุณพ่อบุญเลิศ        ได้รับอนุมัติจากพระอัครสังฆราชยวง   นิตโย       ให้เริ่มดำเนินการสร้างวัดได้      โดยคุณพ่อได้ขอบริจาคเพ ิ่มเติมจากผู้มีจิตศรัทธาด้วย   พระอัครสังฆราชยวง นิตโย ได้เป็นผู้วางศิลาฤกษ์เมื่อวันที่ 25 พฤศจิกายน 1971 และลงมือสร้างเมื่อวันที่ 13 กุมภาพันธ์ 1972

พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ ได้เสด็จพระราชดำเนินมาทำพิธีเปิดวัดเมื่อวันเสาร์ที่ 16   กุมภาพันธ์  1974    และหลังพิธีเปิดใน วันนั้น  พระอัครสังฆราชมีชัย กิจบุญชู ได้ทำพิธีเสกวัดและให้ชื่อว่า "วัดพระแม่มหาการุณย์" พร้อมทั้งถวายบูชามิสซาร่วมกับพระสงฆ์อีกจำนวนมาก(สำหรับการตั้งชื่อวัดนั้นได้มีการประกาศทางหนังสืออุดมสาสน์ให้ส่งชื่อวัดมาประกวด  วัดนี้มีพระรูป Pieta เป็นองค์อุปถัมภ์   มีผู้ส่งรายชื่อมาร่วมประกวดเป็นจำนวนมาก คณะกรรมการตัดสินได้ประชุมลงมติให้วัดนี้ชื่อว่า"วัดพระแม่มหาการุณย์")

• คุณพ่อบุญเลิศ  ธาราฉัตร ได้มาทำมิสซาที่วัดนี้เป็นประจำทุกวันอาทิตย์ จนถึงปี 1980 ต่อมาได้มีพระสงฆ์จากวัดสามเสนมาดูแลวัดนี้ตั้งแต่ปี 1980-1986 คือ
• คุณพ่อสมสุข แดงเดช (1980-1983)
• คุณพ่อคมทวน  มุ่งสมหมาย (1983-1986)
• คุณพ่ออูร์บานี (1986 – 2007) ในวันที่ 1 เมษายนก็ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสวัดพระแม่มหาการุณย์
• คุณพ่อราฟาแอล มาแนนติ ( 2007 - ปัจจุบัน ) ดำรงตำแหน่งเจัาอาวาส องค์ปัจจุบัน มีคุณพ่ออังเยโล กัมปาญอลี และคุณพ่ออาดรีอาโน เปาโลซิน ช่วยงานอภิบาล