ในปี ค.ศ. 1850 มีคริสตังจีนบางครอบครัวมาทำมาหากินอยู่ที่ปากลัด และปากน้ำ   คุณพ่อดานิแอล ซึ่งเป็นเจ้าอาวาสวัดกาลหว่าร์ ได้มาเยี่ยมและประกาศพระวรสารในหมู่ชาวจีนเหล่านี้     เมื่อเห็นว่ามีผู้กลับใจพอสมควร ท่านจึงได้สร้างวัดน้อยไม้ไผ่ที่ปากลัดก่อน   และตั้งใจที่จะเปิดกลุ่มคริสตังที่ปากน้ำต่อไป แต่ท่านเกิดล้มป่วยต้องกลับไปรักษาตัวที่ประเทศฝรั่งเศสเสียก่อน

  ต่อมาในปี 1874 คุณพ่อซาลาแด็ง ซึ่งเป็นเจ้าอาวาสวัดกาลหว่าร์  ได้มาเยี่ยมกลุ่มคริสตชนที่ปากลัดและปากน้ำ    ที่ปากน้ำนี้เองท่านได้สร้างวัดน้อยด้วยไม้ไผ่แล้วส่งคุณพ่อปลัดมาแพร่ธรรมต่อ  ตั้งแต่นั้นมาวัดปากน้ำก็เป็นสาขาของวัดกาลหว่าร์

 เมื่อคุณพ่อแดซาลล์  เป็นเจ้าอาวาสวัดกาลหว่าร์ต่อจากคุณพ่อซาลาแด็งในปี 1878 ท่านก็มา เย ี่ยมกลุ่มคริสตังที่ปากลัดและปากน้ำ     พร้อมทั้งได้ส่งคุณพ่อปลัดมาดูแลโดยเฉพาะคุณพ่อยวงเฮียง แซ่ลิ้มในต้นปี 1888 คุณพ่อแดซาลล์สามารถซื้อที่ดินสำหรับสร้างวัดใหม่  เป็นที่ดินแปลงใหญ่อยู่ริมแม่น้ำเจ้าพระยา บนที่ดินผืนนี้ท่านได้สร้างวัดไม้แทนวัดไม่ไผ่หลังเดิม แบบคล้ายๆกับวัดที่ท่านสร้างไว้ที่ปากลัดเมื่อปี      1880  นอกจากนี้ท่านยังได้สร้างบ้านพักพระสงฆ์เ ป็นไม้ด้วยเช่นกัน  ท่านถวายวัดนี้แด่ "อารักขเทวดา" ทำพิธีเสกในวันที่ 2  ตุลาคม  1888  โดยพระสังฆราช เวย์ (ท่านเวย์ได้บันทึกในรายงานประจำปีของคณะ  M.E.P. โดยใช้คำว่า "วัดนักบุญราฟาแอล" ทั้งที่ทราบว่าคุณพ่อแดซาลล์ได้ตั้งชื่อวัดนี้ว่า "วัดอารักขเทวดา" ต่อมาปี 1897 ท่านส่งคุณพ่อยวงเฮียงไปสร้างวัดในกลุ่มใหม่ที่ลำไทร ส่วนที่ปากน้ำท่านได้ส่งคุณพ่อปลัดองค์อื่น มาดูแล   แต่ที่สำคัญคือคุณพ่อริชาร์ด ซึ่งเป็นปลัดช่วยดูแลวัดปากน้ำและวัดปากลัด และได้ไปเปิดวัดใหม่ที่หัวตะเข้ ในปี 1907 คุณพ่อแดซาลล์และคุณพ่อริชาร์ดต้องเดินทางกลับไปประเทศฝรั่งเศสและกรุงโรม เนื่องจากพินัยกรรมของคุณพ่อแก็นตริก

 ตั้งแต่ปี 1907  วัดปากน้ำไม่ได้เป็นสาขาของวัดกาลหว่าร์ชั่วระยะหนึ่ง มีเจ้าอาวาสปกครองคือคุณพ่อเบเชต์ (1907-1911), คุณพ่ อชันลิแอร์ (1911-1912)  , คุณพ่อเอมมานูแอล  (1912-1913) แล้วจึงกลับไปเป็นสาขาของวัดกาลหว่าร์อีกครั้งหนึ่งตั้งแต่ปี 1914   ถึงปี 1919  โดยคุณพ่อกิยูเจ้าอาวาสวัดกาลหว่าร์ ได้ส่งปลัดมาดูแล

 ในปี 1919"วัดปากน้ำกลับเป็นอิสระอีกครั้งโดยไม่ต้องขึ้นกับวัดกาลหว่าร์" มีเจ้า อาวาสเฉพาะคือคุณพ่อดอมินิก (1919-1928) และคุณพ่อวิกตอร์ (1928-1942)วันที่7สิงหาคม1937พระสังฆราชแปร์รอสมาเยี่ยมวัดปากน้ำ และได้เซ็นชื่อในบัญชีวัดและเปลี่ยนชื่อวัดจาก"อารักขเทวดาเป็น"อัครเทวดาราฟาแอล"

ต่อจากคุณพ่อวิกตอร์  วัดปากน้ำก็ขึ้นกับวัดกาลหว่าร์ใหม่ โดยคุณพ่อโอลลิเอร์   และคุณพ่ออาแมสตอย เจ้าอาวาสวัดกาลหว่าร์ได้ส่งปลัดมาดูแล    ที่มาเป็นระยะเวลา นานมี คุณพ่อศิรินทร์ (1942-1946),  คุณพ่อบอนิฟาส (1946-1950) ตั้งแต่ปี 1950-1955 วัดปากน้ำมีคุณพ่อเลาแรนเตเป็นเจ้าอาวาส       และในที่สุด เมื่อเดือนมีนาคม   1958    วัดปากน้ำก็พ้นจากการเป็นสาขาของวัดกาลหว่าร์โดยสิ้นเชิง    ซึ่งเป็นสมัยที่คุณพ่อบัณฑิต    ปรีชาวุฒิ     เป็นเจ้าอาวาส  (1958-1962)   ท่าน ได้ขยายวัดให้กว้างกว่าเดิม         พร้อม ทั้งสร้างหอระฆังและได้สั่งระฆัง 3 ใบ สำหรับวัดปากน้ำและพระสังฆราชหลุยส์โชแรงได้เสกเมื่อวันที่ 24 ตุลาคม 1961

• คุณพ่อบุญไทย สิงห์เสน่ห์(1962-1979) ท่านได้สร้างวัดใหม่คือวัดหลังปัจจุบัน เป็นตึกสวยงาม ตั้งอยู่ริมแม่น้ำเ จ้าพระยา ทำพิธีเสกเมื่อวันที่ 23 ตุลาคม 1979 โดยพระอัครสังฆราช มีชัยกิจบุญชู นอกจากนี้ท่านยังได้สร้างบ้านพักพระสงฆ์ใหม่เป็นตึก และโรงเรียนราฟาแอล ช่วยงานอภิบาล คุณพ่อวิจิตร    ลิขิตธรรม  1972 -  1973 คุณพ่ออติญาณ     พงศ์หว่าน 1973 -1973
   คุณพ่อปิยะ    โรจนมารีวงศ์ 1973 - 1973  คุณพ่อพิบูลย์   พิสิฐนนทชัย  1973 -1979
• คุณพ่อวิจิตร ลิขิตธรรม (1979-1984) ช่วยงานอภิบาล คุณพ่อทวีศักดิ์   กิจเจริญ 1979 -  1981 คุณพ่อวิชัย    บุญเผ่า  1981 -1982  คุณพ่อสุทศ    ประมวลพร้อม 1982 -1983 คุณพ่อธีรวัฒน์     เสนางค์นารถ 1983 - 1985
• คุณพ่อทวีศักดิ์    กิจเจริญ   (1984-1989)     เป็นเจ้าอาวาส   คุณพ่อทั้งสองนอกจากจะเน้นเรื่องความศรัทธาแล้ว  ท่านยังได้รับช่วงงานตกแต่งวัดใหม่ ให้สมบูรณ์ยิ่งขึ้น  พร้อมทั้งดำเนินงานสร้างถนนคอนกรีต จากปากซอยเข้าถึงวัด ช่วยงานอภิบาล คุณพ่อปรีชา    รุจิพงษ์ 1985 - 1987 และ คุณพ่อประทีป     สุทธินาวิน 1987 - 1989
• คุณพ่ออดุลย์ คูรัตน์ เป็นเจ้าอาวาส (1989-1994)   ได้จัดทำเขื่อนกั้นน้ำ และจัดบริเวณหน้าวัดให้สวยงามยิ่งข ึ้น ปรับปรุงบ้านซิสเตอร์ ตระเตรียมสถานที่สำหรับโครงการใหม่ของวัด และที่สำคัญที่สุดได้จัดสถานที่สำหรับสุสานของวัดเสียใหม่ ช่วยงานอภิบาล  คุณพ่อศิริพจน์    สกุลทอง  1989 -  1991 คุณพ่อสมชาย    อัญชลีพรสันต์ 1991 -  1993 และ
   คุณพ่อสุนัย   สุขชัย 1993 -  1998
• คุณพ่อวิศิษฎ์ หริพงศ์  เป็นเจ้าอาวาส(1992-1998) ช่วยงานอภิบาล คุณพ่อบัญชา    ศรีประมงค์ 1996 - 1999
• คุณพ่อบัญชา  ศรีประมงค์ พักประจำตั้งแต่ปี ค.ศ. (1997-1998) แต่ไปทำมิสซาที่โรงเรียนเซนต์โยเซฟทิพวัลย์
• คุณพ่อปิยะชาติ มะกรครรภ์ (1998 – 2002) ย้ายไปช่วยงานที่สังฆมณฑลนครสวรรค์ ช่วยงานอภิบาล  คุณพ่อสุรนัน ท์     กวยมงคล 1998 - 2001 และ คุณพ่อเอกรัตน์     หอมประทุม 2001 -2003
• คุณพ่อปรีชา รุจิพงษ์ (2002 - 2007 ) ย้ายไปเป็นเจ้าอาวาสวัดแม่พระประจักษ์ สองพี่น้อง และวัดนักบุญบาร์โธโลมิว ดอนตาล ช่วยงานอภิบาล  สังฆนุกร กนก    สิทธิสันต์ 2003 -2004 และ คุณพ่อเกรียงชัย    ตรีมรรคา  2004 - 2007
• คุณพ่อยอแซฟ ไพโรจน์ หอมจินดา ( 2007 - 1 กรกฎาคม 2007  )เสียชีวิตแล้ว มีคุณพ่อสราวุธ อมรดิษฐ์  รักษาการแทนเจ้าอาวาส   ช่วยงานอภิบาล คุณพ่อสราวุธ     อมรดิษฐ์  2007 -2008  และ คุณพ่อวินัย   ฤทธิบุญไชย 2008 - ปัจจุบัน
• คุณพ่อยอแซฟ  วิทยา ลัดลอย  ( 1 พฤษภาคม 2008 - 30 เมษายน 2013) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส และย้ายไปเป็นเจ้าอาวาสวัดนักบุญอันนา ท่าจีน
• คุณพ่อประทีป กีรติพงศ์ ( 1 พฤษภาคม 2013 - ปัจจุบัน ) ย้ายจากอธิการบ้านเณร มาเป็นเจ้าอาวาสองค์ปัจจุบัน