คุณพ่อแปรูดง   เจ้าอาวาสวัดอัสสัมชัญ   (1939-1960)  เป็นผู้คิดที่จะขยายมิสซังคาทอลิกในกรุงเทพฯไปทางใต้     โดยตั้งใจที่จะสถาปนากลุ่มคริสตชนใหม่แยกออกมาจากวัดอัสสัมชัญ    ดังนั้นในปี 1951 ท่านจึงได้ซื้อที่ดินแปลงใหญ่ในบริเวณใกล้วัดไผ่เงิน

เมื่อซื้อที่ดินเรียบร้อยแล้วก็ปรับที่ให้เรียบ  และสร้างโรงเรียนหญิงหลังหนึ่งก่อนมอบให้ซิสเตอร์ คณะอุรสุลินเป็นผู้บริหาร เปิดส อนชั้นมัธยมเมื่อปี 1953 (ร.ร.วาสุเทวี) และสร้างอาคารหลังที่สองซึ่งได้มีพิธีเสกวันที่ 7 กันยายน 1954   และในปีเดียวกันนั้นเอง   คุณพ่อ แปรูดงก็ได้สร้างบ้านพักซิสเตอร์สำหรับซิสเตอร์คณะพระหฤทัยแห่งกรุงเทพฯเพื่อพักอาศัย, สร้างโรงเรียนประถม      (ร.ร.เปรมฤดีศึกษา) เพื่อ แยกนักเรียนชายและนักเรียนหญิงคนละแห่ง ซึ่งได้มีการเสกเมื่อวันที่ 21 กรกฎาคม 1955 พร้อมกั นนั้นคุณพ่อแปรูดงยังได้สร้างบ้านพักพระสงฆ์   เพื่อเป็นที่พักของคุณพ่อที่มาประจำและดูแลวัด ทำการเสกวันที่ 23 ธันวาคม 1955

 เมื่อมีที่ดิน     การก่อสร้างโรงเรียน บ้านพัก    และมีสัตบุรุษย้ายมาอยู่บ้างแล้ว   ก็ถึงเวลาที่จะสร้างศูนย์กลางของคริสตชนเสียที ดังนั้นจึงมีพิธีเสกศิลาฤกษ์วัดใหม่เมื่อวันที่ 2 มีนาคม 1955 เมื่อการก่อสร้างเริ่มต้น   ก็จำเป็นที่จะต้องมีผู้ควบคุมการก่ อสร้างต่างๆ  และเพื่ออภิบาลสัตบุรุษซึ่งย้ายมาเรื่อยๆเพื่อหาที่อาศัย และที่ทำงานอยู่ในบริเวณนี้ คุณพ่อแปรูดงจึงต้องการจะมีปลัดองค์หนึ่งมาอยู่ประจำที่นี่ พระสังฆราชหลุยส์ โชแรง จึงสั่งย้ายคุณพ่อบากองปลัดวัดนครชัยศรีมาเป็นปลัดของคุณพ่อแปรูดงและอยู่ประจำที่นี่ตั้งแต่วันที่ 14 ตุลาคม 1954

ในตอนแรก คุณพ่อบากองพำนักอยู่ในโรงเรียนประถมของวัด   และไปทำมิสซาโปรดศีลแก่ซิสเตอร์และบรรดาสัตบุรุษในวัดน้อยของโ รงเรียนวาสุเทวี    เมื่อบ้านพักพระสงฆ์สร้างเสร็จเรียบร้อยแล้ว      จึงย้ายจากโรงเรียนมาอยู่บ้านพักพระสงฆคุณพ่อแปรูดงจึงมอบอำนาจให้คุณพ่อบากองรักษาการณ์  และคุมการก่อสร้าง  ซึ่งต้องใช้เวลาหลายปีเนื่องจากมีทุนทรัพย์ไม่พอ มีพิธีเสกศิลาฤกษ์วันที่ 2 มีนาคม 1955 และเริ่มสร้างตัววัดในปีนั้นเอง

ในปี1960 คุณพ่อวิลเลียม ตัน ได้รับแต่งตั้งให้เป็นเจ้าอาวาสวัดอัสสัมชัญและวัดตรอกจันทน์แทนคุณพ่อแปรูดง  จึงเป็นภาระของ ท่านที่จะต้องรับผิดชอบ ในเรื่องการหาทุนทรัพย์  เพื่อใช้ในการก่อสร้างวัดใหม่จนสำเร็จ ส่วนการอภิบาลสัตบุรุษและคุมการก่อสร้าง ท่านก็มอบให้เป็นธุระของคุณพ่อบากองดังเดิม  ในที่สุดการก่อสร้างวัดใหม่ก็สำเร็จซึ่งใช้เวลานานถึง 8 ปี และในวันที่ 1 พฤษภาคม 1963 ก็ได้มีพิธีเสกวัดใหม่ถวายแด่ท่านนักบุญยอแซฟ

วัดนักบุญยอแซฟ ตรอกจันทน์เป็นวัดโดยสมบูรณ์ ไม่ต้องขึ้นกับวัดอัสสัมชัญอีกต่อไป มีคุณพ่อบากองเป็นเจ้าอาวาสองค์แรก ท่า นปกครองดูแลวัดในทุกด้านทั้งด้านการอภิบาลและด้านเศรษฐกิจ ตั้งแต่วันที่  1 พฤษภาคม 1963 จนถึงเดือนกันยายน 1965   ต่อมาท่านเหนื่อยมากจนต้องกลับไปพักรักษาตัวที่ประเทศฝรั่งเศส และกลับมาอีกเมื่อปี  1969  ท่านพักเกษียณและอยู่ประจำที่วัดตรอกจันทน์ ช่วยฟังแก้บาป และทำมิสซา จนถึงปี 1986 จึงเข้าบ้านพักคนชรา ที่โรงพยาบาลเซนต์หลุยส์  เจ้าอาวาสองค์ต่อมาที่ได้รับการแต่งตั้งให้มาปกครองดูแลวัดตรอกจันทน์คือ คุณพ่อเลโอนารด์ เดอเยซู (ค.ศ.1966-1973), คุณพ่อบุญเลิศ ธาราฉัตร (ค.ศ. 1974-1979, คุณพ่อศวง ศุระศรางค์ (ค.ศ. 1979-1983), คุณพ่อเสวียง ศุระศรางค์ (ค.ศ.1983-1984), คุณพ่อปิยะ โรจนมารีวงศ์ (ค.ศ.1984-1989) , คุณพ่อสมศักดิ์ ธิราศักดิ์ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสในปี ค.ศ. 1989-1994
 

• คุณพ่อแปรูดง 1951- 1960
• คุณพ่อบากอง (รักษาการ) 1954 - 1960
• คุณพ่อวิลเลียม ตัน 1960- 1963
• คุณพ่อบากอง 1963- 1963
  ช่วยเจ้าอาวาส คุณพ่อคุณพ่อแก็งตารด์ 1962- 1962
• คุณพ่อบากอง 1963- 19965
  ช่วยเจ้าอาวาส คุณพ่อบุญเลิศ ธาราฉัตร 1963- 1965
• คุณพ่อเลโอนารด์เดอเยซู (1966-1973)
  ช่วยเจ้าอาวาส
  คุณพ่อบากอง  1966- 1973
  คุณพ่อบุญนาค   ทองอำไพ 1972 -1973
• คุณพ่อสวัสดิ์  พงษ์หว่าน 1973- 1973
• คุณพ่อบุญเลิศ ธาราฉัตร (1974-1979
  ช่วยเจ้าอาวาส คุณพ่อซิลวาโน    มายิสตราลีๆ 1976-1979
• คุณพ่อศวง ศุระศรางค์ (1979-1983)
  ช่วยเจ้าอาวาส
  คุณพ่อบรรจบ โสภณ 1980-1981
  คุณพ่อวิทยา แก้วแหวน 1981- 1983
  
• คุณพ่อเสวียง ศุระศรางค์ (1983-1984)
  ช่วยเจ้าอาวาส
  คุณพ่อสุรชัย   ชุ่มศรีพันธุ์ 1983 - 1984
  คุณพ่อสุรพงษ์  นาแว่น  อนุสงฆ์ 1983- 1984
• คุณพ่อปิยะ โรจนมารีวงศ์ (1984-1989)
  ช่วยเจ้าอาวาส
  คุณพ่อสมพร   เส็งเจริญ 1984 -  1986
  คุณพ่อวิจิตต์    แสงหาญ 1986-1988
  คุณพ่อไพริน    เกิดสมุทร 1988 - 1989
  
• คุณพ่อสมศักดิ์ ธิราศักดิ์ (1989 –1994)
  ช่วยเจ้าอาวาส
  คุณพ่อประทีป   สุทธินาวิน  1989 -1995
  คุณพ่อสุรนันท์   กวยมงคล 1993 - 1993
  คุณพ่อถิรลักษณ์    วิจิตรวงศ์  1994 - 1995
• คุณพ่อสำรวย  กิจสำเร็จ (1994-1998
  ช่วยเจ้าอาวาส
  คุณพ่อพรชัย    บรัศวกุล  1995 - 1997
   คุณพ่อสุทธิชัย  บุญเผ่า 1997 - 2001
• คุณพ่อชุมพา คูรัตน์ (1999 – 2004)
  ช่วยเจ้าอาวาส
  คุณพ่อโชคชัย   ครัตนสุวรรณ 2005 - 2007
   คุณพ่อวรพจน์  วิสิฐนนทชัย  2007 -2009
• คุณพ่อสุรชัย กิจสวัสดิ์  ( 10 พฤษภาคม 2004 - 4 เมษายน 2008 ) ช่วยสังฆมณฑลนครสวรรค์ (อธิการสามเณราลัยเล็กจอห์น-ปอล นครสวรรค์)
• คุณพ่อ วิวัฒน์ แพร่สิริ  ( 1 พฤษภาคม 2008 - 2013 ) ย้ายไปดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดศีลมหาสนิท
  ผู้ช่วยเจ้าอาวาส
  คุณพ่อวุฒิไกร  ชินทร์นลัย  2009 - ปัจจุบัน
• คุณพ่อศุภศิลป์ สุขสุศิลป์ ( 1 พฤษภาคม 2013 - ปัจจุบัน ) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสองค์ปัจจุบัน
  ผู้ช่วยเจ้าอาวาส
  คุณพ่อ ทัศมะ กิจประยูร ย้ายจากผู้ช่วยเจ้าอาวาส วัดมารีย์สมภพ บ้านแพน ( 1 พฤษภาคม 2013 - ปัจจุบัน )