หลังจากที่คุณพ่อหลุยส์ โชแรง  ได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งพระสังฆราชปกครองม ิสซังกรุงเทพฯ    ต่อจากพระสังฆราชเรอเน แปร์รอสแล้ว  ท่านโชแรงได้ย้ายสำนักพระสังฆราชจากวัดอัสสัมชัญมาสร้างที่บริเวณใกล้กับโรงพยาบาลเซนต์หลุยส์   (ปัจจุบัน  คือ สำนักพระสมณทูต)       ท่านสังเกตเห็นว่ามีคริสตังแถบเซนต์หลุยส์อยู่จำนวนมากที่ต้องไปร่วมพิธีกรรมที่วัดอื่นๆ เช่นวัดอัสสัมชัญ, วัดกาลหว่าร์   ซึ่งวัดที่กล่าวมานี้ก็มีสัตบุรุษมากอยู่แล้ว ดังนั้นในวันที่ 1 พฤศจิกายน 1955 ท่านจ ึงประกาศว่าท่านตั้งใจที่จะสร้างวัดเซนต์หลุยส์บนที่ดินที่พระสังฆราชหลุยส์ เวย์ กับคุณพ่อหลุยส์ โรมิเออ ซื้อไว้เมื่อปี 1895 ซึ่งท่านทั้งสองตั้งใจจะให้ที่ดินตรงนี้เป็นที่ตั้งของวัดใหญ่ในอนาคต

 ในวันที่  25  สิงหาคม 1956 มีพิธีเสกไม้กางเขนปักไว้ตรงที่ซึ่งจะก่อสร้างพระแท่น การก่อสร้างวัดเซนต์หลุยส์นี้ได้ใช้งบประมา ณจาก 3  ฝ่ายด้วยกันคือ  เป็นเงินส่วนตัวของพระสังฆราชหลุยส์โชแรง,  จากเงินของญาติพี่น้องของพระสังฆราชโชแรงจากต่างประเทศ   และอีกส่วนหนึ่งเป็นเงินสมทบจากพี่น้องคริสตัง ในประเทศไทย 

 วัดเซนต์หลุยส์ได้ตั้งชื่อตามศาสนนามของผู้สร้างวัดนี้ทำพิธีเสกและเปิดวัดอย่างสง่าที่สุดในวันที่25สิงหาคม1957 มีพระสังฆราชทุกองค์ในประเทศไทย และบางองค์จากประเทศลาว และพม่ามาร่วมพิธีด้วย 

 วันที่ 15 สิงหาคม 1957พระสังฆราชโชแรงได้แต่งตั้งคุณพ่อมีแชล ลังเยร์ เป็นเจ้าอาวาสองค์แรกของวัดเซนต์หลุยส์ เนื่องจากคุณพ่อเคยอยู่ในประเทศจีนมาก่อน รู้นิสัยใจคอของคนจีนและภาษาจีนอยู่ไม่น้อย  จึงสามารถดูแลทั้งคริสตังชาวจีนแถบเซนต์หลุยส์ และชาวต่างประเทศที่มาติดต่อด้วย    พระสังฆราชโชแรงสร้างวัดนี้ให้เป็นของสังฆมณฑลกรุงเทพฯ     แต่ท่านต้องการใ ห้มิชชันนารี M.E.P. เป็นเจ้าอาวาสตลอดไปจึงทำสัญญากับแขวง M.E.P.ในประเทศไทย ซึ่งจะเป็นผู้เสนอมิชชันนารีของคณะให้พระสังฆราชรับรองเป็นเจ้าอาวาส  ดังนั้นหลังจากคุณพ่อลังเยร์  ก็มีคุณพ่อลาบอรี, คุณพ่อมังซุย  มาเป็นเจ้าอาวาส  ที่สุดทางแขวง M.E.P.   (กรุงเทพฯ)  ได้แจ้งแก่พระอัครสังฆราช     มีชัย  กิจบุญชู   ว่าเป็นการยากสำหรับคณะที่จะสนองความต้องการขอ งพระสังฆราชโชแรงได้    จึงขอมอบวัดเซนต์หลุยส์ให้อัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯโดยสมบูรณ์ เป็นผู้แต่งตั้งพระสงฆ์ไทยเป็นเจ้าอาวาสต่อไป

• ปี  1957- 1967 พณฯ โชแรง   เป็นเจ้าอาวาส
   ผู้ช่วยเจ้าอาวส 
   คุณพ่อถาวร กิจสกุล 1960 - 1962
   คุณพ่อฮ้าช 1961 - 1965
   คุณพ่อกูตังค์ 1965- 1968
   คุณพ่อซาฮึก 1967  - 1967
   คุณพ่อลาเวนัง 1967 - 1969
   คุณพ่อเตรบาออล 1968 - 1969
• 1967 - 1972 คุณพ่อลาบอรี เป็นเจ้าอาวาส
   ผู้ช่วยเจ้าอาวาส
   คุณพ่อฟรังชีโน  1969 - 1971
• คุณพ่อลังเยร์    (1957-1967)   ได้สร้างโรงเรียนเซนต์หลุยส์ศึกษาขึ้นในปี 1958   เป็นเรือนไม้ชั้นเดียว   เปิดสอนเฉพาะ     ป.1-ป.4   ต่อมาในปี 1964 ได้ขอเปิดโรงเรียนอีกแห่งหนึ่งให้ชื่อว่าโรงเรียนวิริยาลัย   เป็นโรงเรียนชาย   และ ย้ายนักเรียนชายจากโรงเรียนเซนต์หลุยส์ศึกษามาไว้ที่โรงเรียนใหม่           เปิดสอนถึงชั้นมัธยมปีที่สาม (ม.3) นอกจากนี้คุณพ่อยังได้ตั้งคณะพลมารี, คณะนักร้อง, คณะเด็กช่วยมิสซา, สมาคมนักบุญวินเซนต์เดอปอล กับ คณะสวดผู้ตาย
• ปี  1972  - 1976  คุณพ่อมังชุย
• คุณพ่อลาบอรี (1967-1972) ได้จัดตั้งโรงเรียนวิริยพณิชย์, เปลี่ยนแท่นบูชาในวัด, ปรับปรุงบ้านพักพระสงฆ์, ตั้งเครดิตยูเนียนเซนต์หลุยส์
• คุณพ่อมังซุย (1972-1976) ตั้งกลุ่มพัฒนาสังคม, สร้างกำแพงวัด
• คุณพ่อลออ สังขรัตน์ (1976-1979) ได้ปรับปรุงกิจการโรงเรียนโดยขอซิสเตอร์จากคณะเซนต์ปอล เดอชาร์ตรมาดูแลโ รงเรียนเซนต์หลุยส์ศึกษา    ปรับปรุงพิธีกกรรมในวัด  และในวันที่  15  ตุลาคม 1978  วัดเซนต์หลุยส์ได้มีโอกาสต้อนรับสมเด็จพระบรมโอรสาธิราช สยามกุฏราชกุมาร    ซึ่งเสด็จมาเป็นองค์ประธาน ในวาระครบรอบ 80 ปีของโรงพยาบาลเซนต์หลุยส์
• คุณพ่อดาเนียล ธานี วงศ์พานิช(1979-1987) ได้สร้างอาคารเรียน "หลุยส์" ของโรงเรียนเซนต์หลุยส์ศึกษา, สร้างอา คารเรียน "ยอห์นปอลที่ 2",สร้างศาลาอเนกประสงค์  "หลุยส์-มารี"
• คุณพ่อสำรวย  กิจสำเร็จ (1987-1994)ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาส
• คุณพ่อสุเทพ พงษ์วิรัชไชย (1995) รับตำแหน่งเจ้าอาวาสองค์ต่อมา
• คุณพ่อทวีศักดิ์  กิจเจริญ (1996- 2000) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส
• คุณพ่อวิวัฒน์    แพร่ศิริ    (2001-2002)   ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส   ไปทำหน้าที่ผู้อำนวยการฝ่ายการศึกษาฯ    ทำหน้าที่เต็มเวลา  จิตตาภิบาลคณะภคินีศรีชุมพาบาล และพักประจำที่วัดแม่พระฟาติมา ดินแดง
• คุณพ่อเอกพร นิตโย (2002 - 2005) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส
• คุณพ่อศักดิ์ชัย ทรัพย์อัประไมย ( 2006 -2012 ) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส และประธานสำนักมาตราฐานและประกันคุณภาพการศึกษาของฝ่ายการศึกษาอัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯ วันที่ 5 พฤษภาคม 2012  ย้ายไปเป็นเจ้าอาวาสวัดพระคริสตประจักษ์ เกาะใหญ่
• คุณพ่อสุพจน์ ฤกษ์สุจริต ( 5 พฤษภาคม 2012 - ปัจจุับัน ) ย้ายจากผู้จัดการโรงพิมพ์อัสสัมชัญ มาเป็นเจ้าอาวาสวัดเซนต์หลุยส์