กลุ่มคริสตชนวัดสามเสน  เป็นกลุ่มของคริสตังญวณที่หนีการเบียดเบียนศาสนา  ในประเทศอันนัมเข้ามาในประเทศไทยพร้อมกับกองทัพไทย ที่พระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงส่งไปสู้รบกับกองทัพของพระเจ้ามินหม่างเมื่อปี1834 พระยาวิเศษสงคราม และพระยาณรงค์ฤทธิ์ โกษา นายทหารชั้นผู้ใหญ่ในกองทัพ ซึ่งเป็นคาทอลิก ได้กราบทูลขอชาวญวณคริสตังเหล่านี้ไปชุบเลี้ยง   พระเจ้าอยู่หัวทรงมีพระทัยเมตตา ต่อพวกเขาที่หนีร้อนมาพึ่ง   พระองค์ได้พระราชทานที่ดินซึ่งอยู่ติดกับวัดคอนเซปชัญให้พวกเขาสร้างศาลาใหญ่เป็นที่อยู่อาศัย    พร้อมทั้ง พระราชทานเครื่องอุปโภคบริโภคให้อีกเป็นจำนวนมาก นอกจากนี้ยังทรงพระราชทานทรัพย์ส่วนพระองค์ให้สร้างโบสถ์หลังหนึ่ง  เพื่อใช้เป็นที่ประกอบศาสนกิจ โบสถ์หลังนี้สร้างด้วยไม้ไผ่ในปี 1835 ใช้ชื่อว่าวัดแซงต์ฟรังซัวซาเวียร์

พระสังฆราชตาแบรด์ ประมุขมิสซังโคชินไชน่า ซึ่งได้หนีภัยการเบียดเบียนศาสนาจากประเทศญวณมาอยู่ที่กรุงเทพฯก่อนหน้าพวกญว ณเหล่านี้  ได้จัดหา พระสงฆ์ที่มีเชื้อสายญวณสามองค์มาดูแลคริสตังเหล่านี้ ได้แก่ คุณพ่อปอล, คุณพ่อดัด และคุณพ่อยวง วัดหลังแรก นี้อยู่ได้เพียง 3 ปี ครั้นถึงปี 1837 เกิดพายุใหญ่พัดวัดพังเสียหายหมด พระสังฆราชกรูเวอซีได้ออกเงินให้สร้างวัดใหม่เป็นไม้    พระคุณเจ้ากรูเวอซีได้นำพระรูปแม่พระและรูปนักบุญฟรังซิสเซเวียร์    จากมะนิลามาตั้งในวัดหลังที่สองนี้ นอกจากนี้ยังได้สร้างบ้านพักพระสง ฆ์ บ้านพักซิสเตอร์ และสร้างโรงเรียนสองหลังสำหรับเด็กชายและเด็กหญิง สอนภาษาญวณแก่เด็กๆ เพื่อสะดวกในการสอนคำสอนคริสตังแก่พวกเขาในบรรดาคริสตังญวณที่อพยพมานั้น มีซิสเตอร์คณะรักไม้กางเขนจากโคชินไชน่าจำนวนหนึ่งอพยพมาด้วย พระคุณเจ้ากูรเวอซีจึงให้สร้างอารามเซนต์ฟรังซิสเซเวียร์ขึ้นสำหรับนางชีเหล่านี้

ในปี 1845 พระสังฆราชปัลเลอกัว ได้มอบหมายให้คุณพ่อโกลแดต์ เจ้าอาวาสวัดคอนเซปชัญ รับหน้าที่เป็นเจ้าอาวาสวัดสามเสนด้วย คุณพ่อดัดก็ยังคงอยู่ช่วยดูแลคริสตังที่นี่และช่วยสอนภาษาญวณให้คุณพ่อโกลแดต์

ปี1849คุณพ่อโกลแดต์มีความจำเป็นต้องเดินทางไปต่างประเทศ คุณพ่อดัดจึงรับหน้าที่เป็นเจ้าอาวาส แทน คริสตังที่สามเสนมีจำนวนเพิ่มมากขึ้นเรื่อยๆ ทำให้ที่อยู่อาศัยคับแคบลง ประกอบ กับพวกเขามีความกระตือรือร้นที่จะหาแหล่งประกอบอาชีพที่มั่นคง   คริสตัง เหล่านี้มีความถนัดในการทำการประมง  จึงพยายามหาทำเลใหม่ๆอยู่เสมอ  คริสตังกลุ่มแรกได้อพยพไปอยู่รวมกับคริสตังญวณของวัดนักบุญแซฟที่อยุธยา  คุณพ่อ โกลแดต์กลับมาปกครองวัดสามเสนอีกครั้งหนึ่งในปี 1851 ท่านได้จัดให้คริสตังวัดสามเสนได้เรียนภาษาไทย  ให้อ่านออกเขียนได้    เพื่อจะได้ปรับตัวให้เป็นคนไทย  ท่านดูแลวัดสามเสนจนถึงปี 1853 ก็ถึงแก่มรณภาพและฝังในวัดสามเสน

คุณพ่อยิบาร์ตา
ได้รับแต่งตั้งให้เป็นเจ้าอาวาสองค์ต่อมาในปี  1853-1871   ท่านเห็นว่าวัดไม้หลังที่สองนี้เล็กเกินไปสำหรับสัตบุรุษที่เพิ่มมากขึ้นเรื่อย ๆ จึงสร้างวัดใหม่ด้วยอิฐมีขนาดใหญ่กว่าเดิมมาก โดยได้รับความช่วยเหลือจากเงินบริจาคทั้งจากคริสตังและคนต่างศาสนา ใช้เวลาในการก่อสร้างนานถึง 10 ปี   จึงเสร็จ ทำพิธีเสกอย่างสง่าในวันฉลองนักบุญฟรังซิสเซเวียร์

ในปี 1867 โดยพระสังฆราชดือปองด์ คริสตังญวณจากวัดสามเสนได้อพยพไปหาแหล่งทำการประมงตามชนบทอยู่เรื่อยๆ โดยไปกันเป็นกลุ่มๆ อาศัยอยู่ตามริมแม่น้ำลำคลอง เช่นที่ เจ้าเจ็ด, บ้านปลายนา, เกาะใหญ่, บ้านแป้ง, สองพี่น้อง และปากน้ำโพ คุณพ่อยิบาร์ตาได้ไปเยี่ยมเยือนพวกเขาเป็นครั้งคราว เพื่อทำมิสซา โปรดศีลศักดิ์สิทธิ์ และสอนคำสอนให้แก่พวกเขา

คุณพ่อปิโอ ด็อนต เป็นเจ้าอาวาสในปี 1871-1916  ท่านได้สถาปนาซิสเตอร์คณะรักไม้กางเขนของวัดสามเสนให้มีความมั่น คง สร้างอารามหลังใหม่ แทนหลังเก่าซึ่งชำรุดทรุดโทรม    รับผู้สมัครเข้ารับการอบรมเป็นภคินี    และเชิญภคินีคณะเซนต์ปอลเดอชาร์ตรมาช่วยอบรมภคินีรักไม้กางเขนเหล่านี้ในปี   1900 เมื่อท่านมรณภาพในปี 1916 ตามสถิติของมิสซังวัดสามเสนมีคริสตังจำนวน 600 คน

คุณพ่อบรัวซาต์ เป็นเจ้าอาวาสในปี 1917-1926 ท่านเห็นว่ามีหญิงสาวมาสมัครเข้ารับการอบรมเป็นภคินีมากขึ้น   สถานที่เดิ มเริ่มคับแคบ   ท่านจึงสร้าง อาคารเพิ่มขึ้นอีกหนึ่งหลังเป็นอาคาร 2  ชั้นนอกจากนี้ยังได้สร้างบ้านสำหรับเลี้ยงเด็กกำพร้าอีก 1 หลัง  ในปี 1922 ได้ซื้อระฆังสำหรับวัดสามเสน ปี  1923  ทำรั้ว รอบสุสาน  ซ่อมแซมและขยายบ้านพักพระสงฆ์  เนื่องจากคุณพ่อเจ้าวัดสามเสนมีงานที่ต้องรับผิดชอบมากอยู่แล้ว ดังนั้นในปี 1924 พระสังฆราชแปร์รอส จึงได้จัดการให้ภคินีรักไม้กางเขนพ้ นจากการปกครองดูแลของเจ้าอาวาสวัดสามเสน ให้ขึ้นตรงต่อมุขนายกมิสซังและต่อมาได้ย้ายไปอยู่ที่คลองเตย

คุณพ่อตาปี เป็นเจ้าอาวาสในปี 1926-1967 ปี 1933 ท่านได้ปฏิสังขรณ์วัดเพื่อเตรียมฉลอง 100  ปี  ของกลุ่มคริสตชนสามเสนวันที่ 3 ธันวาคม 1934 ปี   1949  จัดสร้างหอระฆังและนำระฆังที่แขวนไว้ชั่วคราวขึ้นไปไว้บนหอใหม่ ปรับปรุงและขยายบ้าน ซิสเตอร์ จัดสร้างอนุสาวรีย์เพื่อใช้เป็นที่ประดิษฐานพระรูปพระเยซูเจ้ารักษาคนตาบอดซึ่งทำด้วยทองสัมฤทธิ์   มีพิธีเสกพระรูปนี้เมื่อวันที่ 11 ธันวาคม 1949   ท่านต้องดูแลทั้งวัดสามเสนและวัดสาขาซึ่งคริสตังวัดสามเสนอพยพไปอยู่ จึงจำเป็นต้องมีพ่อปลัดมาช่วยงาน คุณพ่อตาปีเป็นพระสงฆ์องค์สุดท้ายของคณะ M.E.P. ที่ปกครองวัดสามเสน

เมื่อคุณพ่อตาปีปลดเกษียณแล้ว คุณพ่อบุญเลิศ ธาราฉัตร ซึ่งทำหน้าที่พ่อปลัด(1967-1973) ได้รับตำแหน่งเจ้าอาวาสแทน เนื่องจากอาคารเรียนของโรงเรียนยออันนาด๊าร์ค ไม่เพียงพอกับ จำนวนนักเรียน    ท่านจึงได้สร้างอาคารเรียนหลังใหม่เป็นตึก  4   ชั้น  ตั้งชื่ออาคารเรียนหลังนี้ว่า    อาคารตาปีอนุสรณ์  เพื่อเป็นที่ระลึกถึงคุณพ่อตาปี อาคารหลังนี้ทำการเสกวันที่ 4 ธันวาคม 1970 โดยคุณพ่อตาปีและเพื่อให้ชื่อขอ งโรงเรียนถูกต้องตามภาษา  คุณพ่อจึงเปลี่ยนชื่อโรงเรียนจากเดิมว่า โรงเรียนยออันนาด๊าร์ก  เป็น โรงเรียนโยนออฟอาร์ค เมื่อวันที่ 15 มกราคม 1971

คุณพ่อลออ  สังขรัตน์ (1974-1976) ได้ขยายการศึกษาระดับก่อนวัยเรียนขึ้นให้ชื่อว่าโรงเรียนนักบุญโยนออฟอาร์คแผนกอนุบาล เมื่อปี 1975

คุณพ่อสังวาลย์ ศุระศรางค์ (1976-1979)อนาคตพระสังฆราชสังฆมณฑลเชียงใหม่ มุ่งเน้นงานด้านอภิบาลสัตบุรุษและการแพร่ ธรรม

คุณพ่อคมทวน มุ่งสมหมาย (1979-1983) ได้เริ่มรับนักเรียนชาย และย้ายโรงเรียนนักบุญโยนออฟอาร์คแผนกมัธยม  มารวมกับแผนกประถม เปลี่ยนชื่อใหม่ว่าโรงเรียนโยนออฟ  อาร์ค   และที่สุดคุณพ่อได้เปิดโรงเรียนอาชีวะขึ้นภายในบริเวณเดิมของโรงเรียนโยนออฟอาร์คแผนกมัธยม  ตั้งชื่อโรงเรียนใหม่ว่า  โรงเรียน โยนออฟอาร์คพณิชยการ

คุณพ่อศวง ศุระศรางค์ (1983-1989) ได้จัดฉลองครบรอบ 150 ปี ของกลุ่มคริสตชนสามเสนขึ้นในวันฉลองวัดเมื่อวันที่ 3  ธัน วาคม 1984   คุณพ่อ ได้จัดทำหนังสือทวีธาวัชรสมโภชวัดนักบุญฟรังซิสเซเวียร์ขึ้น พร้อมทั้งได้กราบบังคมทูลขอพระราชทานอัญเชิญพระบามสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวเสด็จพระราชดำเนินมาในงานฉลองครั้งนี้ด้วย ซึ่งทรงพระกรุณาโปรดเกล้าให้สมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฏราชกุมารเสด็จแทนพระองค์มาในงานในวันศุกร์ที่ 28 ธันวาคม 1984 นอกจากงานสำคัญนี้แล้วเพื่อให้สัตบุรุษมีความรักเป็นน้ำหนึ่งใจเดียวกัน คุณพ่อได้ส่งเสริมกิจการเครดิตยูเนียนของวัดให้เจริญก้าวหน้า

คุณพ่อชุมภา    คูรัตน์   (1989-1994)   ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาส     งานที่สำคัญของคุณพ่อได้แก่งานด้านอภิบาล       และปรับปรุงงานบริหารโรงเรียน ให้มี  ประสิทธิภาพดีขึ้น

คุณพ่อประวิทย์ พงษ์วิรัชไชย (1994-1998) เป็นเจ้าอาวาส

คุณพ่อสุรสิทธิ์ ชุ่มศรีพันธุ์ (1999-2004 ) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส

คุณพ่อประทีป กีรติพงศ์ ( 2005 - ปัจจุบัน ) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสองค์ปัจจุบัน